Физическая биохимия - Фрайфелдер Д.
Скачать (прямая ссылка):
10-3. Вероятно, реакции будут сильно различаться, поскольку трехмерная структура антигенной детерминанты нативного белка скорее всего претерпит значительные изменения при денатурировании.
10-4. Если замена аминокислоты произойдет не в области антигенной детерминанты и если это не повлияет на структуру детерминанты посредством общего изменения структуры белка, то влияния на антигенность не будет. Если же такое условие не соблюдается, то при значительном изменении антигенность будет потеряна, а при небольшом — станет незначительной.
10-5. Следует использовать радиоиммунологический анализ. Для этого можно связать препарат с альбумином бычьей сыворотки и иммунизировать кролика, чтобы получить антитело против препарата. Далее следует получить радиоактивную форму препарата, после чего построить калибровочный график путем прибавления различных количеств нерадиоактивного препарата к постоянному количеству радиоактивного в смеси с антителом. Затем к смеси радиоактивного препарата и антитела нужно прибавить различные аликвоты крови, определяя при этом количество препарата по калибровочному графику.
11-1. Гибкий стержень будет иметь большее значение s, так как он обладает меньшим коэффициентом трения. Полая и сплошная сферы будут иметь одинаковые 5.
11-2. Если во время t молекула с s=sj находится на расстоянии г от мениска (который находится на расстоянии г0 от центра вращения), а молекула с s = s2 — на расстоянии R от Го, можно записать следующие уравнения:
Если разделение d—R—г, то преобразование этих уравнений дает следующее выражение:
ГЛАВ
А И
1п Г — 1п Г0 — Sj/, In R — In r0 — s2t.
11-3.
Время центрифугирования
Е
х
i
2
Направление седиментации
Скорость диссоциации: 1 — низкая; 2— средняя; 3 — высокая.
11-4. Если ДНК подвергли денатурации в формальдегиде, а затем седиментации в растворе с высокой ионной силой, то значение s для нее будет увеличиваться, как показано на рис. 11-17, но не уменьшится, если в ней при* сутствуют внутрицепочечные поперечные связи.
11-5. Если граница гомогенного вещества стала уже, то обычно это показывает, что коэффициент диффузии уменьшился. В свою очередь уменьшение коэффициента диффузии обычно означает, что молекула увеличилась в объеме. Такое увеличение может также привести к уменьшению значения 5. Следовательно, в первом случае реагент разрушил внутренние поперечные связи (например, дисульфидные мостики), так что молекула стала менее компактной. Если граница расширилась, то коэффициент диффузии увеличился и молекула стала более компактной. Это увеличивает s. Следовательно, уменьшение 5 и расширение границы не является просто следствием изменения формы. Молекулярная масса, возможно, уменьшилась, и реагент вызвал диссоциацию на субъединицы.
11-6. Нет. Полосы окажутся слишком широкими.
11-8. Число субъединиц равно или кратно 3. В каждой тройке две субъединицы имеют молекулярную массу 5000, а одна — 15 000.
11-9. Разность плотностей 14N- и 151М-ДНК составляет 0,015 г/мл. Поэтому градиент плотности составляет 0,015:1,32 г-мл-мин-1. Поскольку в E.coli 50% GC, различие в плотности для каждой из них в ДНК Exoli составляет 0,098-0,20—0,0196 г/мл. Это соответствует расстоянию (0,0196 : 0,015) ¦ 1,32= 1,72 мм от ДНК из Е. coli.
11-10. Две трети молекул в препарате ДНК являются ковалентными
11-7.
- __ JuJ______
18s 26s 45s 52s
M
кольцами, одна треть — открытыми кольцами или линейными молекулами. Если имеет место в среднем один разрыв на молекулу, то 1/е=0,37 ковалентных колец не подвергается разрыву. Поэтому 0,37* (2/3) =0,246 молекулы останется ковалентными кольцами, а 0,754 — нет. Соотношение площадей полос более плотного и более легкого вещества составит 0,246:0,754=0,326.
11-11. Так как количество связанных молекул бромида этидия увеличивается, суперспирализованная ДНК разворачивается до тех пор, пока ее совсем не останется, а затем начинает скручиваться в противоположном направлении. В тот момент, когда отсутствует суперспирализация, молекула наименее компактна и ей соответствует минимальное значение s.
11-12. Липопротеин должен обладать меньшей плотностью, чем 1 М NaCI, и поэтому седиментирует в направлении, обратном центробежной силе.
11-13. В части Б реагент осадил ДНК так, что образовался осадок прежде, чем была достигнута скорость. В части В реагент прогидролизовал ДНК до мононуклеотидов или коротких олигонуклеотидов; ни те, ни другие не седи-ментируют при центробежных силах, с которыми обычно встречаются.
11-14. При 20 Ки/ммоль почти каждый тимидиновый остаток содержит один атом трития. Это увеличивает молекулярную массу на две единицы атомной массы. Для молекулы ДНК, в которой 50% пар оснований соответствует А-Т, это будет две единицы атомной массы на массу пары нуклеотидов со •спаренными основаниями, молекулярная масса которой примерно равна 1320. Следовательно, если первоначально плотность составляла 1,698, то теперь она увеличится до 1,698-(1322/1320) = 1,701, т. е. на 0,003 г/мл.
