Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Химия -> Кинг Р. -> "Химические приложения топологии и теории графов " -> 197

Химические приложения топологии и теории графов - Кинг Р.

Кинг Р. Химические приложения топологии и теории графов — М.: Мир, 1987. — 560 c.
Скачать (прямая ссылка): himicheskieprilojeniya1987.djvu
Предыдущая << 1 .. 191 192 193 194 195 196 < 197 > 198 199 200 201 202 203 .. 216 >> Следующая

понятиями тензора отклика и прочими аспектами феноменологического
исчисления. Для подробного обсуждения читатель может обратиться к работам
[2, 3, 5].
Литература
1. Conn Е.Е.у Stumpf Р.К., Outlines of Biochemistry, Third Eds., John
Wiley and Sons, N.Y., 1972.
2. Edelstein L., Rosen R., J. Theor. Biol., 1978, v. 73, p. 181.
3. Louie A.H., Richardson I.W., Swammathan S., J. Theor. Biol., 1982, v.
94, p. 77.
4. Reiner J.M., Behaviour of Enzyme Systems, Second Edn., Van Nostrand
Remhold, 1969.
5. Richardson I.W., Louie A.H., Swammathan S., J. Theor. Biol., 1982, v.
94,
p. 61.
6. Rosen R., Fundamentals of Measurement and Representations of Natural
Systems, Elsevier, Amsterdam, 1978.
7. Taylor A.E., Advanced Calculus, Blaisdell, 1965.
8*. Уэстли Дж. Ферментативный катализ. - М.: Мир, 1972.
9*. Фершт Э. Структура и механизм действия ферментов. - М.: Мир, 1980.
10*. Клёсов А.А., Березин И.В. Ферментативный катализ. Ч. 1. - М.: Изд-во
МГУ, 1980.
11 *. Колмогоров А.Н., Фомин С.В. Элементы теории функций и
функционального анализа. - М.: Наука, 1976.
ДИНАМИКА ОБРАЗОВАНИЯ ВТОРИЧНОЙ СТРУКТУРЫ РНК
X.- Мартинец (Н.М. Martinez)
Department of Biochemistry and Biophysics, University of California at
San Francisco, San Francisco, California 94134, USA
Рассмотрено современное состояние проблемы вторичной структуры РНК и
предложен новый подход, основанный на моделировании динамики процесса
скручивания. В качестве методов определения общих характеристик в
совокупности образуемых структур обсуждены модели скручивания с
ограничениями и без таковых.
1. ВВЕДЕНИЕ
Напомним, что однонитевые ДНК или РНК являются полимерами, образованными
четырьмя различными типами мономеров. Спаривание между "комплементарными"
мономерами полимерной цепи ДНК и мономерами комплементарной ей полимерной
цепи приводит к образованию двухнитевой ДНК7 а спаривание между
мономерами цепи РНК - к возникновению ее вторичной структуры.
Структура молекулы РНК может рассматриваться в виде графа, имеющего
максимум четыре типа вершин и два типа ребер. Обозначим типы вершин как
А, С, G и U и два типа ребер как а и Ь\ введем условие, согласно которому
граф с ребрами типа а составляет цепь, а ребра типа Ъ могут находиться
только между вершинами "комплементарных" типов. Вершины типа А и U
комплементарны друг другу, так же как и вершины типа С и G. Структура,
соответствующая ребрам типа а, называется первичной структурой молекулы,
а соответствующая ребрам типа Ь - ее вторичной структурой.
Первичная структура молекул РНК фиксирована. В то же время ее вторичная
структура потенциально весьма изменчива, но подчиняется двум
ограничениям. Первое из них состоит в том, что никакое ребро типа b не
может быть инцидентным более чем одной вершине, а, согласно второму,
структура с ребрами типа Ь является плоской. Это означает, что если граф
изображен таким образом, что вершины лежат на окружности, соответствуя по
порядку ребрам, а ребра b изображены в виде хорд, то никакие два ребра b
не
Динамика образования вторичной структуры РНК
519
должны пересекаться. Допущение пересечения ребер b соответствует
третичным взаимодействиям, которые в данном случае не учитываются либо по
стерическим .причинам, либо из-за усложнений, к которым они привели бы
при определениях структур.
При учете этой графической схемы проблема вторичной структуры в ее
простейшем виде представляется следующей: какое наибольшее число ребер
типа b может быть изображено для данного графа первичной структуры таким
образом, что никакие два из них не были бы инцидентными одной и той же
вершине и никакие два из них не пересекались бы.
Согласно альтернативной формулировке, в которой выделяется графовая
природа проблемы, изображается данный граф со всеми возможными ребрами
типа Ь и затем ставится вопрос о минимальном числе ребер типа Ь, которые
должны быть удалены таким образом, чтобы никакие из оставшихся ребер b не
были инцидентными одной и той же вершине или же не пересекались бы.
В такой формулировке проблемы скрывается интерес к вторичным структурам,
которые максимальны, т. е. к вторичным структурам, для которых не может
быть изображено большее число ребер b без нарушения ограничений,
касающихся инцидентности и пересечения. С химической точки зрения такие
структуры' являются завершенными в том смысле, что больше никаких пар
оснований не может образоваться. Скручивание молекулы РНК означает, что
образование связей пар оснований уже больше не может происходить, и,
слеДЪвательно, оно определяет завершенные структуры. Очевидно, что
отдельная последовательность скручивания определяет возникающую вторичную
структуру и что в общем случае возможны многочисленные вторичные
структуры. Наиболее стабильной из них будет структура, в которой
используется наибольшее число связей между парными основаниями.
То обстоятельство, что потенциально возможны многие различные
максимальные структуры, приводит к проблеме нахождения не только наиболее
Предыдущая << 1 .. 191 192 193 194 195 196 < 197 > 198 199 200 201 202 203 .. 216 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed