Генетика популяций - Хедрик Ф.
ISBN 5-94836-007-5
Скачать (прямая ссылка):
происхождения из Миннесоты. В 142 исследованных хромосомах было 88 различных гаплотипов, которые объединялись в две основные группы. Эти основные группы присутствовали во всех трех популяциях, и тесты на гомогенность между популяциями не были значимыми. Точный критерий был рассчитан для всех пар из 88 полиморфных нуклеотидных сайтов (рисунок 10.17). Пары сайтов со значимым точным критерием (Р < 0,001), без поправки на множественность сравнений, обозначены закрашенными квадратиками. Между парами на З'-конце гена, начиная с интрона перед экзоном 7, имеется концентрация значимого неравновесия. Однако из-за редких нуклеотидов в одном или обоих сайтах большое количество полиморфных сайтов не имело статистической силы для выявления значимой ассоциации (квадратики с точкой в центре). Тест на общее неравновесие, основанный на количестве положительных и отрицательных наблюдаемых случаев неравновесия (Lewontin, 1995), показал значительный избыток неравновесия в фазе притяжения с ассоциацией редких аллелей в парах сайтов. Это обширное неравновесие было обнаружено, несмотря на доказательства поздней рекомбинации в этом участке хромосомы.
ТАБЛИЦА 10.15. Ряды гамет, наблюдаемые для сайтов рестрикции ВатН! и Xhol в локусе Adh 17-ти хромосом D.melanogaster (а), (по Langley et al., 1982). Вероятность рядов гамет, полученных из уравнения 10.12с, в возрастающем порядке и кумулятивная вероятность (b), (по Weir, 1996)
(а)
BamHI
- +
Xhol - 0 6 6
+ 6 5 11
6 11 17
(Ь)
-- -+ +- ++ Вероятность Кумулятивная
вероятность
6 0 0 11 0,000 0,000
5 1 1 10 0,005 0,005
0 6 6 5 0,037 0,042
4 2 2 9 0,067 0,109
1 5 5 6 0,224 0,333
3 3 3 8 0,267 0,600
2 4 4 7 0,400 1,000
Рисунок 10.17. Значимое неравновесие по сцеплению между 88 полиморфными сайтами в гене липопротеин-липазы человека (закрашенные квадратики). Диагональные линии обозначают локализацию сайта и положение экзонов (от 4 до 9). Квадратики с точками в центре - сайты, где потеряна сила критерия на значимую ассоциацию (по Clark et al., 1998).
Хотя точный критерий Фишера теперь широко используется для определения неравновесия между нуклеотидными сайтами, Цапата и Алварец (Zapata and Alvarez, 1997) считают, что он довольно консервативен и приводит к нежелательной потере статистической силы. Однако, при использовании поправки Точера (Tocher, 1950), точный критерий становится «наиболее сильным среди достоверных критериев». При использовании этой поправки для нескольких выборок данных, исследованных Цапатой и Ал-варецом, пропорция значимых ассоциаций в два - три раза выше, чем без поправки. К тому же, пропорция значимых ассоциаций, которую они обнаружили, с помощью точного критерия с поправкой Точера, очень близка к значению, полученному с помощью критерия %2 (см. выше), поэтому было предложено использовать более простой критерий %2.
Ь. Два кодоминантных локуса
Если в каждом из двух полиморфных локусов содержится два кодоминантных аллеля, то можно определить все гаметы, которые составляют каждый из фенотипов двойных гетерозигот. Для такого фенотипа, два вида двойных гетерозигот (в фазе притяжения и отталкивания) неразличимы (если не проводится контрольное скрещивание). Поэтому в таблице 10.14Ь приведены только девять наблюдаемых фенотипических классов. В примере N означает количество индивидов с генотипом
Для оценки гаметического неравновесия, где фаза двойных гетерозигот неизвестна, можно использовать оценку максимального правдоподобия частоты генотипа А В
2Nu+N,2+N2i+^^-
х,х4 + Х2Х)
(10.13а)
где х,, х3 и х4 - аналогичные выражения для других гамет (Bennett, 1965; Hill, 1974). Поскольку нет точного решения этого уравнения, значение/) должно быть получено повторением (итерацией). Хилл предложил использовать для этого выражение:
D = х, — pq | (10.1 ЗЬ)
и вычислять величину х, с помощью итерации. Это возможно, потому что
Л^1 + 2 N.2 л _ Nl+±N2_
р'= n 11,1 N
Можно сделать следующие подстановки: х2=р1-х,,
х3 — qx — Х\,
*4 = 1 - Р\ ~ Я\ + *1 •
Тогда выражение 10.13а принимает вид:
х, =
— [2W,, +«|2 + N,_, +------------------------------
2 N х,(1-Д-q{-xl) + (pl — х,)(<7, —х,)
(10.13с)
Единственная неизвестная величина в этом выражении -х,. Ее можно вычислить, выбирая значение х, для правой части уравнения и определяя конечное значение х,. Это вычисленное значение можно подставить в правую часть и процесс повторяется, пока не получится желаемая точность. Возможная стартовая точка для этой итерации равна:
' _ 2NU +Nn + N2]
