Проблема белка. Том 3: структурная организация белка - Попов Е.М.
ISBN 5-02-001911-9
Скачать (прямая ссылка):
Шейп Конформационная энергия, ккал/моль
1-6 7-22 23-27 ^оОщ ^вдв ^торс
ffefe --- - efef 0 -188,9 10,1 19.1
Me --- --- efef 8.5 -180,1 9,5 19,4
Me --- - ffff 1,2 -188,4 10,2 19,7
Me - (-Mffefeefffffff-1 --- ffff 3,5 -185,3 9,1 19.9
Me - --- efee 4.2 -182,8 10,4 18,1
Шее .--- - efef 4.4 -181,6 8,3 18,0
Шее - --- ffff 6,0 -181,6 8,9 19,0
Шее _ - efee 7,7 -180,8 9,9 20,0
Me --- - ffff 1,6 -192,2 11,9 22,2
Me - - efef 6,5 -188,3 12,6 22,2
Me - --- efee 6,7 -186,2 12,3 22,1
Шее - --- ffff 1,7 -188,9 9,5 21,4
Шее - --- efef 6,1 -184,6 10,3 20,7
Шее --- --- efee 6,9 -182,5 10,0 21,0
ШеГ - [- fffffffffffffffff ---1 --- ffff 3,9 -190,9 11,1 25,2
Mf - - ffff 4,6 ---185,1 9,9 21,3
tiffe - ---~ ffff 5,0 -186,3 11,1 21,7
efeef- --- m 5,3 -185,8 11,4 21,1
feeef_ --- ffff 5,9 -182,8 8,1 22,1
<?M - --- №f 6,1 -184,5 10,9 21,3
eeeef - --- aw 6,9 -183.0 9,9 21,5
feef - --- mf 8,3 -181,6 9,1 22.2
Шее ---. г-ШМеШМ-1 |--- SB 8,5 -180,8 8,9 21,9
ffefe -1 --- ffff 8,7 -184,8 12,0 23.0
Ibix форм. Одна форма (fxl) содержит около пяти витков а-спирали, а •ругая (/6е/ее/7) представляет собой два а-спиральных участка (/б>/7). ¦уединенных между собой нерегулярной цепью (efee), которая может быть реализована двумя различными способами (BRBBR и BBLBR).
& Переход между двумя практически эквивалентными по энергии струк-|урами/17 и/6е/ее/7, по-видимому, имеет строго кооперативный характер, Поскольку любое единичное изменение конформационного состояния Одного из остатков на участке Arg12-Asp15 сопровождается резким увеличением энергии. Например, наименьшее изменение энергии, которое Лфоисходит только при переходе R-формы остатка Arg14 в В-форму, Доставляет более 8 ккал/моль. Кооперативность обращения одной формы t другую неудивительна, так как процесс VN-/17-VC VN-/6e/ee/7-Vc Затрагивает геометрию тетрапептидного фрагмента Arg!2-Leu13—Arg14-Asp15, содержащего три остатка с заряженными боковыми цепями. Кон-формационная энергия в этом случае оказывается чувствительной не Только к взаимному расположению остатков Arg12, Arg14 и Asp15 внутри Данного фрагмента, но и к ориентации их по отношению к остальной части Последовательности, также содержащей заряженные группы.
' На всех стадиях расчета при анализе коротких и длинных участков Последовательности мы руководствовались исключительно энергией внутримолекулярных взаимодействий валентно-несвязанных атомов. Рассматривая каждый раз большое количество вариантов, мы также постоянно стремились найти и отобрать для последующего счета такие структуры, в которых реализовывалось бы максимальное число взаимосогласованных друг с другом контактов между боковыми цепями, элементами основной цепи и между первыми и вторыми. В этой связи интересны результаты теоретического анализа, касающегося конформационных состояний боковых цепей полярных аминокислотных остатков. Так, расчет показал, что боковые цепи четырех остатков аргинина, т.е. всех, имеющихся в последовательности секретина, ориентированы в самых низкоэнергетических пространственных структурах молекулы во внешнюю среду. Иными словами, они автоматически приняли положения, самые Выгодные с точки зрения межмолекулярных взаимодействий гормона с .водой, что не учитывалось в расчете. В то же время эти положения не обеспечивают образования эффективных дисперсионных внутримолекулярных взаимодействий боковых цепей остатков Arg, что, казалось бы, свидетельствует о неудовлетворительности структуры с точки зрения .учитываемых в расчете внутримолекулярных взаимодействий. В действительности противоречие здесь кажущееся и найденные конформации рекретина оптимальны в отношении всех видов взаимодействий.
Теоретический конформационный анализ секретина привел к такой ртруктурной ориентации молекулы, которая не исключает реализацию Гормоном ряда разнообразных функций, требующих строго специфических .Взаимодействий с различными рецепторами. Выделены два вероятных Семейства низкоэнергетических структур молекулы с точностью до значений двугранных углов вращения (или координат всех атомов) и величин .Энергии невалентных взаимодействий каждой структуры. Определение Истинной иерархии найденных оптимальных конформаций секретина
