Проблема белка. Том 3: структурная организация белка - Попов Е.М.
ISBN 5-02-001911-9
Скачать (прямая ссылка):
35 Липотропный актон соматотропина 14 [Arg3]-, [Pro2,Lys3,Glu4]-актон [259]
36 Секретин 27 [Asn2]-, [Gin9]-, [Pro'3]-,[N-MeLeu13]-, [Asn15]-, [215,260-262]
[Ala4, Pro13]-, [D-Ala4. Pro13]-,[Pro13, D- Ala25]-,
[ Pro13, Ala25,Pro26 ]-, [ Ala4, Pro13, D- Ala25]-, [D - Ala4, Pro13,
D- Ala25]-, [D- Ala4, Pro13, Ala25,Pro26]-, [Ala4, Pro13, Ala25,Pro26]-
секретин
37 Фрагмент нейротоксина II 23 [ Pro18]-, [Met1, Pro18, ]-,[ThrH, Gin15, Pro18]-, [Met1, lie2, lie14, Pro18]- [263]
[Met1, lie2, Arg11, lie14, Рго18]-(^-нейротоксин
38 Панкреатический трипсиновый 58 [264]
ингибитор
* БПП - брадикининпотенцирующий пептид.
** ОП - опиоидный пептид.
бочной сборки белковой последовательности в физиологически активную конформацию и понимание причин возникновения и эволюционного развития гетерогенных полипептидов невозможны без установления принципов структурной организации менее высокомолекулярных пептидов и без разработки соответствующего метода расчета средних взаимодействий, уникальных в каждом конкретном случае. Между эволюционно отобранными олиго- и полипептидами нет четко очерченных границ или каких-либо принципиальных различий. Следовательно, физическая теория и расчетный метод конформационного анализа более простых молекул должны являться естественными составными частями физической теории и расчетного метода конформационного анализа более сложных молекул того же химического типа.
Знание пространственного строения и динамических конформационных свойств природных олигопептидов представляет также большой самосч оя-тельный интерес. Оно необходимо для исследования молекулярных механизмов узнавания, стимулирования, регуляции и т.д., иными словами, для выяснения структурно-функциональной организации многочисленных пептидных гормонов, медиаторов, модуляторов, антибиотиков, ионофорон и других низкомолекулярных физиологически активных пептидов. Априорный расчет конформационных возможностей олигопептидов приобретает здесь особый смысл, поскольку именно теоретический подход только и может (а следовательно, и должен) стать основой строгого решения необычной по своей общности, научной и практической значимости проблемы установления зависимости между структурой и функцией пептидов (подробно см. гл. 18).
Ближайшая задача заключается в обобщении результатов конфформа-ционного анализа рассмотренных и представленных в табл. III.32 природных олигопептидов. Для достижения этой цели нельзя было привлечь по соображениям исключительно объективного характера все имеющиеся литературные данные (см. ниже), и мы были вынуждены ограничиться выбором в качестве базовых отмеченных соединений. Это обусловлено рядом причин. Во-первых, расчет пространственного строения перечисленных в таблице пептидов во всех случаях строился на основе единой теории. Во-вторых, в их конформационном анализе использовался один и тот же расчетный метод, который исходит из естественной классификации пептидных структур и охватывает все возможные состояния любой аминокислотной последовательности. В-третьих, в расчете соединений, перечисленных в табл. III.32, использовались одни и те же потенциальные функции ван-дер-ваальсовых, электростатических и торсионных взаимодействий и водородных связей, одинаковая система их параметризации и единая валентная геометрия основных и боковых цепей аминокислотных остатков. Таким образом, выводы о характерных особенностях структурной организации молекул олигопептидов в этом случае можно формулировать, опираясь на унифицированный во всех своих деталях подход и на результаты исследования представительного набора объектов. При полуэмпири-ческом характере расчетной процедуры и потенциальных функций такое теоретическое и методическое единство является необходимым условием для корректного обобщения результатов, выявления общих закономернос-
jefi в структурной организации олигопептидов и формулировки далеко идущих положений. К этому, безусловно, следует добавить еще одно условие - соответствие результатов теории и эксперимента. Нами уже рыли рассмотрены причины принципиального и методического характера, объясняющие не совсем обычную для физических исследований ситуацию, когда реальность расчета, за редким исключением, не может быть подтверждена прямым сопоставлением теоретических результатов с опытными данными. Выше обсуждались возможные в данном случае подходы (см. гл. 10), которые и были использованы нами для апробации предложенных теории и физической модели структурной организации олигопептидов, а также всех деталей расчетной схемы.
