Проблема белка. Том 3: структурная организация белка - Попов Е.М.
ISBN 5-02-001911-9
Скачать (прямая ссылка):
сделать, однако, нельзя из-за неопределенности условий функционирования каждой из них. Для секретина отсутствуют данные рентгеноструктур. ного анализа. Поэтому пока невозможно сделать прямое сопоставление результатов теории и эксперимента. Можно лишь сравнивать найденные конформации секретина с известной кристаллографической структурой его гомолога - глюкагона, 29-членного пептидного гормона [244]. Т. Бланделл и С. Вуд - авторы рентгеноструктурного исследования этой молекулы (разрешение 3,0 А), отмечают реализацию на участке 6-27 последовательности а-спирали и конформационную подвижность N-концевого гексапептида, идентичного N-концевому участку секретина. В кристалле глюкагон является гомодимером, в связи с чем его структура, особенно на N- и С-концевых участках, хотя бы частично должна быть детерминирована межмолекулярными взаимодействиями. Склонность к самоассоциации была обнаружена и у молекулы секретина в водном растворе [238], что проявляется, однако, в меньшей степени, чем у глюкагона; она обнаруживается только при высоких концентрациях и у свободного фрагмента 7-27. Сопоставление структуры глюкагона с расчетными конформациями секретина выявило количественное совпадение геометрии центральных а-спиральных участков 7-22 обеих молекул. Следуя из теоретического анализа, конформационная подвижность гормона согласуется с наблюдаемыми изменениями его спектров КД при укорочении цепи и вариации внешних условий [232, 239].
Г л а в а 14 ПРИНЦИПЫ СТРУКТУРНОЙ ОРГАНИЗАЦИИ ПРИРОДНЫХ ОЛИГОПЕПТИДОВ
В 10-13 главах были обсуждены результаты теоретического конформационного анализа достаточно представительной группы олигопептидов Более полный перечень природных пептидов и их синтетических аналогов, пространственное строение которых рассмотрено автором данной монографии и сотрудниками до начала 1995 г., приведен в табл. III.32. Напомним, что наш интерес к пространственной структуре сравнительно низкомолекулярных пептидов связан, прежде всего, с белками, изучение структурной организации которых требовало получения детального представления о характере и значении средних межостаточных взаимодействий и умения давать им правильную количественную оценку. Согласно бифур-кацинной теории (см. разд. 2.1) сборка белка начинается с образования на локальных олигопептидных участках аминокислотной последовательности конформационно жестких нуклеаций, разделенных лабильными участками Их формирование должно иметь много общих черт, если почти буквально не совпадать, с процессом, особенно на первых его стадиях, свертывания белковой цепи. Поэтому априорный расчет трехмерной структуры белка, математическое моделирование механизма спонтанной, быстрой и безоши-
Природные и синтетические иентиды, изученные методом теоретического и конформационного анализа
№ п/п Природный пептид Число Синтетический аналог Литературный
амино источник
кислотных
остатков
1 бпп5* 5 [Gin2 ]-, [ Pro3 ]-, [ Vat4 ]-, [ Pro41- Л Lys2 ]-,[ N - Me Ala4 , [1,245-248]
[Ala2,Pro1]-, [Lys2,Pro4]-, [Phe1,Pro4]-пентапептид
2 бпп9 9 [4]
3 БПП|0 10 [5, 6, 249]
4 (}-Казоморфш1-5 5 [250]
5 Тимопегтгин 5 [Gly3]-, [Glu3]-, [Lys1, Arg2]-THMonenTHH [251]
6 Окситоцин 9 [106]
7 Вазопрессин 9 [107]
8 Вазотоцин 9 [107]
9 Мезотоцин 9 [108]
10 [Asp'j-ангиотензин I 10 [252]
11 [Asp'j-ангиотензин И 8 [Pro2]-,[Ala1]-, [Pro1]-, [А1а5]-,[Рго5]-Л Ala8]-, [Tyr8]-, [32, 252]
[lie8]-, [des- Phe8]-ангиотензин II
12 Ангиотензин III 7 [252]
13 [Asn'l-ангиотензин II 8 [252]
