Проблема белка. Том 3: структурная организация белка - Попов Е.М.
ISBN 5-02-001911-9
Скачать (прямая ссылка):
13 Оксишцин 9 [48, 114]
14 Вазопрессин 9 [48, 114]
№ п/п Природный пептид Число Синтетический аналог Литературный
амино источник
кислотных
остатков
15 Люлиберин 10 [D-His2, D-Trp3]-, [D-His2]-,[?>-His2, Pro3 [48,280]
[D-His2, Leu3]-люлиберин
16 Вещество Р 11 [48]
17 а-Меланотропин 13 [48]
18 Соматостатин 14 [48]
19 Сигнальный N-концевой пептид 16 [282]
иммуноглобулина
20 N-концевой фрагмент мелиттина 20 [283-286]
21 Аламетицин 18 [289]
22 Грамицидин S 10 [292-297]
Рассчитанные значения конформационных параметров глобальных конформаций тиролиберина (литературные данные)
Аминокислот Конформа Значение конформационного параметра, град
[249,250] [251] [248] [252] [253]
<Glu‘ ? -45 15 134 165 175
His2 Ф -156 -90 -54 -60 4
V 154 75-120 -41 120 80
Xi 60 -60 -23 180 50
Х2 82 90 171 60 50
Pro3NH2 V 168 75 7 150 30
первой работе допущено необоснованное упрощение конформационной задачи, заключавшееся в предложении о том, что самой выгодной формой основной цепи является а-спираль. Поэтому выбор всех нулевых приближений боковых цепей для минимизации энергии был осуществлен для единственной фиксированной а-спиральной формы пептидного скелета с помощью сечений потенциальной поверхности Xi-ХгБолее объективный и детальный анализ конформационных возможностей тетрагастрина проведен в работе [48]. В результате авторами получен набор из 22 структурных вариантов основной цепи, которые при оптимальном расположении боковых цепей обладают относительной энергией ио6щ < <7,5 ккал/моль. Ни одна из этих структур не имела а-спиральной формы (R-R-R-R), считавшейся самой предпочтительной в работе [273]. Напротив, найденная глобальная конформация молекулы обладает полностью развернутой структурой пептидного скелета (В-В-В-В), а энергия всех других конформаций увеличивается с ростом отклонения цепи от вытянутой формы.
Расчетные исследования пространственного строения Met- и Ьеи-энке-фалинов проводились неоднократно (см. табл. III.33), но как уже было отмечено ранее, отсутствовало единое мнение о конформационных возможностях этих простейших лигандов опиоидных рецепторов. Г. Шерага и соавт. [181] при расчете Met-энкефалина в качестве исходных приближений выбрали регулярные структуры и различные формы (3-изгибов основной цепи, а также низкоэнергетические конформационные состояния монопептидов, flH-(Phe4-Met5) и три-(Туг1-01у3) пептидных фрагментов. Все регулярные структуры гормона, в том числе а-спираль, имели высокую энергию. Самыми предпочтительными оказались конформации с формой B-H-R-B-B (шейп jfffe). Они имеют P-изгиб на участке Gly3-Phe4 и водородную связь между ОН-группой боковой цепи Туг1 и карбонилом основной цепи Gly3 или Phe4. Боковые цепи остатков метионина и фенилаланина ориентированы в среду и конформационно свободны. В более поздних исследованиях Г. Шераги и соавт. [188-190] лучшая по энергии конформация имела форму основной цепи В-Н-В-В-В (шейп ffee). Дж. Де-Коэн и
соавт. [167, 180] при исследовании конформационных возможностей того асе Met-энкефалина использовали иной подход. Нулевыми приближениями служили комбинации двугранных углов, отвечающих различным типам свернутых и развернутых форм дипептидов, исследованных ранее Э. Ролс-тоном, Дж. Де-Коэном и Р. Вальтером [265]. Всего было рассчитано 400 конформаций основной цепи. Для каждого варианта из этого набора был оценен вероятностный фактор путем учета конформационных состояний боковых цепей. При поиске окончательных структур энкефалина минимизация энергии по независимым геометрическим параметрам не проводилась. В отличие от результатов [181] сделан вывод о примерно равной стабильности свернутых и развернутых структур.
