Проблема белка. Том 3: структурная организация белка - Попов Е.М.
ISBN 5-02-001911-9
Скачать (прямая ссылка):
fete2 В -L -R -R -В -В -В 8,0
feh В -L -R -R -R -R -В 8,3
fetef В -L -R -R -В -R -В 9,6
fefej В -L -R -В -В -R -В 10,2
fefe-j В -L -R -В -В -В -В 10,6
fefefe В -L -R -В -R -В -В 11,2
eje В -В -В -В -R -В -В 11,3
Arg'-Lys46
Cys3S-Lys46
Шейп Конформация ^Луш1
fejfe 3 -R42---B43-B44---В45 -R46 0
fefefe-f В -L -R -В -R -В -В -R -R 9,0
fefefei В -L -R -В -R -В -В -В -R 9,4
fefeU В -L -R -В -R -R -R -R -R 9,8
fefefje В -L -R -В -R -R -R -В -R 10,2
fetejf В -L -R -R -В -В -В -R -R 10,8
fetefef R -L -R -R -В -R -В -R -R 10,8
fefeifl В -L -R -В -В -R -R -R -R 11,1
Примечай и е. Во всех конформациях фрагментов Arg'-Lys41, Arg'- Asn44 и
Arg -Lys участок Arg -Cys имеет одинаковую структуру. Различия в величинах энер|ии
С-концевых остатков при В- и R-формах не превышают 1,0 ккал/моль.
---
шр низкоэнергетических вариантов (0-12,0 ккал/моль) представлены Л^абл. IV.11. Расчет выявил у фрагмента Arg'-Asn44 лишь одну предпочтительную конформацию, которая отвечает лучшим состояниям фраг-
еггов Arg'-Arg42 и Arg'-Lys41, а также низкоэнергетическому по меж-аточным взаимодействиям состоянию свободного участка Cys38-Asn44. Однако предпочтительность глобальной структуры обусловлена прежде jjpero наилучшей комплементарностью между конформацией Cys38-Asn44 feife и одной из самых низкоэнергетических конформаций фрагмен-да Arg'-Cys38. Только в этом случае все остатки первого фрагмента, В8 нарушая средних взаимодействий, образуют многочисленные стабилизирующие контакты с удаленными остатками, суммарный энергетический эффект их составляет-27,1 ккал/моль. Распределение конформаций фрагмента Arg'-Lys46 по энергии не претерпевает серьезных изменений при удлинении белковой цепи на два остатка (Phe45-Lys46). Самая выгодная структура Arg'-Lys46 (/е^еъ\ Uo6ui = 0 ккал/моль; табл. IV. 11) представляет собой комбинацию глобальной конформации Arg'-Asn44 и (B3i-R3222) состояния Phe45-Lys46. В этом случае присоединенный участок оказывается сближенным с тетрапептидным фрагментом Arg20-Tyr23. Стабилизирующие контакты с удаленными в последовательности остатками 0(5разует также Lys46.
Таким образом, постепенная генерация белковой последовательности и анализ на каждом этапе большого числа конформационных состояний фрагментов Arg'-Lys41, Arg'-Arg42, Arg'-Asn44 и Arg'-Lys46 привели в конечном счете к выделению из многочисленных, практически изоэнергетич-щых структурных вариантов свободного участка Cys38-Ser47 единственной реальной трехмерной структуры фрагмента Arg'-Lys46. Ее однозначная детерминация определяется предпочтительностью участка Cys38-Lys46 образовывать стабилизирующие контакты с удаленными по цепи остатками (согласованностью между всеми средними и дальними взаимодействиями. Присоединение остатка Ser47, обладающего небольшой боковой цепью, естественно, не может существенно повлиять на энергетическое распределение конформаций фрагмента Arg'-Ser47 по сравнению с фрагментом Arg'-Lys46. Учитывая это обстоятельство и большой разрыв в энергии глобальной и следующих за ней структур, для дальнейшего анализа пространственного строения молекулы БПТИ оставлена лишь конформация Arg’-Lys46 типа/е/ез (Uaбщ = 0 ккал/моль) (см. табл. IV.11).
Фрагмент А1а48-А1а58. Конформационный анализ ундекапептидного участка БПТИ А1а48-А1а58 выполнен по схеме, согласно которой вначале рассчитывались шесть перекрывающихся дипептидных фрагментов и фрагменты Ala48-Asp50, Asp50-Met52 и Cys55-Ala58. Полученные для них Данные явились исходными для расчета пентапептида Ala48-Met52, который, в свою очередь, вместе с дипептидами Met52-Arg53 и Arg53-Thr54 стал базовым для анализа гептапептида Ala48-Thr54. Результаты его расчета и ванные по фрагментам Thr54-Cys55 и Cys55-Ala58 позволили оценить конформационные возможности всего ундекапептидного участка А1а48-А1а58. Структурные варианты фрагмента Ala48-Thr54 составили 96 конформаций с 4.2 различными формами основной цепи, принадлежащими 28 шейпам. Результаты минимизации их энергии свидетельствуют о том, что увели-
