Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Попов Е.М. -> "Проблема белка. Том 3: структурная организация белка" -> 224

Проблема белка. Том 3: структурная организация белка - Попов Е.М.

Попов Е.М. Проблема белка. Том 3: структурная организация белка — М.: Наука, 1997. — 604 c.
ISBN 5-02-001911-9
Скачать (прямая ссылка): problemabelkat31997.djvu
Предыдущая << 1 .. 218 219 220 221 222 223 < 224 > 225 226 227 228 229 230 .. 303 >> Следующая

Рис. IV. 16. Схема расчета конформаций фрагмента Arg’-Cys38 молекулы БПТИ
Для каждого участка последовательности приведены под чертой - количество рассчитанных структурных вариантов, над чертой - относительная энергия состояния. вошедшего в глобальную конформацию Arg1 - Cys^8, и энергетический интервал отбора конформаций (в скобках, ккал/моль)
с В- и R-состояниями остатков. Результаты расчета позволяют дположить, что детерминация конформационного состояния ледовательности БПТИ на участке Cys38-Ser47 осуществляется вным образом за счет дальних взаимодействий, обеспечивающих при форке нативной структуры белка плотную упаковку этого фрагмента с ^нее сложившейся конформацией предшествующего участка Arg’-Cys38. Л^ледствие большого количества низкоэнергетических по средним взаимодействиям конформационных состояний Cys38-Ser47 дальнейший ц?иск наиболее предпочтительной структуры участка Arg'-Ser47 |рключается в последовательной генерации цепи, начиная с Cys38, и количественной оценке взаимодействий присоединяемых остатков с уже цйденной для Arg'-Cys38 структурой. При наращивании белковой цепи ^рачала до Lys41, затем до Arg42, Asn44, Lys46 и, наконец, до Ser47 учитывались конформационные состояния остатков фрагмента Cys38-Ser47, ;ечающих низкоэнергетическим вариантам свободных фрагментов ;39-Lys41, Ala^-Ser47 и Tyr35-Lys41.
.При рассмотрении участка Arg1-Lys41 оценены взаимодействия большого набора конформационных состояний Cys38-Lys41 с жесткой структурой Arg'-Cys38. У присоединяемого фрагмента учитывались В- и R-формы яргатка Cys38 и все комбинации В-, R- и L-форм основной цепи остатков Arg39, Ala40 и Lys41, составляющих максимально возможные для тетрапеп-^ида восьми шейпов пептидного скелета, а также полученные из пред-
Евующего анализа конформационные состояния боковых цепей Arg39 и . Найденные величины относительной энергии конформаций участка -Lys41, попадающие в интервал 0-20,0 ккал/моль, приведены в |бл. IV. 11. Расчет свидетельствует о высокой чувствительности кон-|рмационной энергии Arg'-Lys41 к структуре фрагмента Cys38-Lys41. сотен рассмотренных вариантов в указанный широкий энергетический рвал попали лишь восемь конформационных состояний Arg'-Lys41. зкоэнергетическими являются только две конформации с Ua6щ = 0 и &2 ккал/моль. Они имеют одинаковые (B38-L39) состояния дипептида ($rs38-Arg39, которые обеспечивают поворот основной цепи, сближенность фрагмента Arg39-Lys41 с предшествующими остатками и образование с Ими многочисленных стабилизирующих контактов. В расчете фрагмента 4tfg'-Arg42 приняты во внимание все конформации Arg‘-Lys41, приведение в табл. IV.11. Для Arg42 варьировали допустимые по средним взаимодействиям положения его боковой цепи при В- и R-формах остатка. 6 интервал 0-20,0 ккал/моль попали 28 структурных вариантов. Самыми предпочтительными оказались структуры Arg'-Arg42 с состояниями С-кон-
W 39 41 42
^бвого пентапептида В38-Ьзз22“В40-Вз222~^3222 (^общ = 0 ккал/моль) шейпа
*3*b38-l^2 -B40-R3222“B3222 (^общ = ОД ккал/моль) шейпаfe-J.
'1 Исходные структурные варианты фрагмента Arg'-Asn44 сформированы fl 28 конформаций фрагмента Arg!-Arg42 с относительной энергией ф 0 до 20,0 ккал/моль и (В-R)- и (R-R)-фopм дипептидного участка W043-Asn44 с ориентациями боковых цепей, выгодными по средним взаи-уДействиям. Результаты минимизации энергии при варьировании дву-фанных углов основной и боковой цепей лабильного участка Cys38—Asn44
Относительная энергия (ккал/моль) конформаций фрагментов Arg'-Lys41, Arg'-Asn44 и Arg'-Lys44 молекулы БПТИ
Arg'-Lys41
Cys38-Lys41
Шейп Конформация ^общ
fef B^-L^-R^-B41 0
fei В -L -В -В 2,2
егf В -В -R -В 12,4
efi В -R -R -В 12,8
В -В -L -В 15,5
Ф В -R -R -В 16,7
[В-В-В -в 16,7
еъ В -R -L -В 19,2

Arg'-Asn44
Cys38-Asn44
Шейп Конформация ^общ
b38-l39 -В40---В41 -R42-B43-B44 0
Предыдущая << 1 .. 218 219 220 221 222 223 < 224 > 225 226 227 228 229 230 .. 303 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed