Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Попов Е.М. -> "Проблема белка. Том 3: структурная организация белка" -> 223

Проблема белка. Том 3: структурная организация белка - Попов Е.М.

Попов Е.М. Проблема белка. Том 3: структурная организация белка — М.: Наука, 1997. — 604 c.
ISBN 5-02-001911-9
Скачать (прямая ссылка): problemabelkat31997.djvu
Предыдущая << 1 .. 217 218 219 220 221 222 < 223 > 224 225 226 227 228 229 .. 303 >> Следующая

На рис. IV. 15 приведены совмещенные карты ф-ц/ свбодного и встроенного в Arg’-Cys’4 и Arg'-Cys38 остатка Gly12. Как видно из рисунка, состояния остатка в обоих фрагментах соответствуют области низкой энергии монопептида. У Arg'-Cys14 конформационная свобода Gly12 уменьшается, и он может принимать значения ф, V)/ только в двух областях-вблизи 140, -80° и 100, 180°, причем первый минимум предпочтительнее второго на 1-2 ккал/моль. На участке Arg’-Cys14 различие в энергии двух потенциальных ям возрастает до ~5 ккал/моль, так как при значениях ф, V ~ 140, -80° у Gly12 имеет место сближенность многих остатков фрагментов
'-Cys14 и Cysl4-Tyr21 и образование между ними более эффективных, iM при -100, 180°, стабилизирующих взаимодействий. Однако эти имодействия, как было отмечено, невозможны у фрагмента '-Cys38 при наличии циклической структуры Cys14-Cys38. Минимум в jjfaatrm ф, V)/ —140, -80° становится запрещенным. При других значениях jfc.y, соответствующих второму минимуму (-100, 180°), частично сохра-Еротся старые контакты между Arg1-Cys14H Cys14-Tyr21 и, кроме того, ^разуется ряд новых, значительно более эффективных контактов этого участка с (3-структурой. Таким образом, несмотря на возникшие затруд-^ения, мы опять-таки приходим к согласованной в отношении всех средних (^дальних взаимодействий конформации фрагмента Arg’-Cys38. О степени регласованности взаимодействий в структуре молекулы БПТИ можно нудить по данным, приведенным на рис. IV. 16.
Рассчитанная для Arg'-Cys38 структура совпадает с геометрией этого участка в молекуле БПТИ, полученной с помощью рентгеноструктурного цилиза [9, 10].
Фрагмент Arg'-Ser47. Вначале были последовательно рассмотрены кон-формационные возможности ряда свободных ди-, три-, тетра-, пента-р октапептидов участка Arg39-Ser47. Результаты анализа фрагментов *rg39-Lys41 и Ala40-Ser47, а также найденная для Arg'-Cys38 конформация 6 дисульфидной связью Cys14-Cys38 были затем использованы для предсказания структуры Arg'-Ser47. Нонапептидная последовательность girg^-Ser47 включает объемные и лабильные остатки Arg39, Lys41, Arg42, Lys46, несущие целочисленные положительные заряды, и остатки Asn43, Asn44, Phe45, также обладающие достаточно объемными и подвижными боковыми цепями. Большая конформационная свобода остатков фрагмента Arg39-Ser47 и их способность осуществлять разные по своей природе ЙНергетически эффективные взаимодействия потребовали расчета много-Щсленных фрагментов постепенно увеличивающейся длины, каждый из ёоторых имел представительный набор структурных вариантов различных форм основной цепи и шейпов.
Расчет показал, что фрагмент Arg39-Ser47 в отношении средних взаимодействий является конформационно лабильным участком БПТИ. Хотя выполненный анализ не выявил для этого участка одной формы основной ^епи, обладающей бесспорной предпочтительностью по взаимодействиям Между входящими в его состав остатками, тем не менее он позволил (Сократить количество возможных вариантов для последующей оценки Дальних взаимодействий, что сделало реальным решение более сложной ЯйДачи. В частности, расчет показал, что для Arg^-Ser47 более предпочтителен развернутый характер основной цепи. Чрезвычайно мала вероятность образования на этом участке а-спиральных структур, в которых сказываются сближенными все одноименно заряженные остатки аргинина
¦ лизина. Нами также выполнен конформационный анализ свободных пен-•апептида Gly36-Ala40 и гептапептида Tyr35-Lys41, у которых были рассмотрены состояния всех возможных форм основной цепи соответственно 16 и 64 шейпов. Оказалось, что взаимодействия между остатками в пре-1елах этих фрагментов также не приводят к образованию жестких структур, изоэнергетичными являются практически все структурные вариан-
ся п тГ sO о - гм го г#- SO f--- 00 о* о гч <s m гч я о г* во о R ГП <N Я m m r- во
гч гч сы (N <s r^l Cl
ье О U. Phe СО 3 3 1 ? Ъ, (4 j*» О со ш (0 ЭД jg 4) ЬС U 4) и | Asn я (в >> Leu Cys ? 1ч 4) 13 ? >» Gly u>
а ? И ? О) О н J5 О ? o' >» < а Я а 1н >> JS ? 3 3 О 3 ? -C > 3 &
< н < н 04 &4
О (0-7,5)
299
2,7 (0-4,0) ,
21
0 (0-5,0) 408
2,8 (0—6,0)
70
1,3 (0-6,0)
56
0 (0-5,0) 8
, 0,8 (0-4,0) |
47
_______________________I
2,1 (0-6,0) 65
2,1 (0-7,0) 16
Предыдущая << 1 .. 217 218 219 220 221 222 < 223 > 224 225 226 227 228 229 .. 303 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed