Проблема белка. Том 3: структурная организация белка - Попов Е.М.
ISBN 5-02-001911-9
Скачать (прямая ссылка):
Самосборка полипептидной цепи 6 Свертывание белковой цепи 81-88 • механизм 247
- модель(и) свертывания белка
*- бифуркационная термодинамическая 472,473 --глобулярная 492, 493 .-кластерная 493, 494 --неравновесная термодинамическая 93-
95, 426, 482 f.- общая физическая 503, 504 --решетчатая 490, 491, 494-499 •г- статистико-механическая 492 --теоретические 484-500 i- экспериментальные 520-527 г.-эмбринуклеационная 494 --эмпирические 5(>0-520 t-GOR 1(11, 111) 514, 515
fCKpeTHH 371-384, 387 функции 372 jp структурные исследования 372-384 Стафилококковая нуклеаза, трехмерная t структура 74 Структурная организация белка (•птотеза(ы)
гидрофобная Козмана 73, 78 ?- кинетическая Уетлауфера и Ристау 240 Р- - о генетическом стереохимическом коде Г 527-543 ?— протамнновая 61 --расплавленной глобулы 84 --термодинамическая Анфинсена 239 f-- уреидная 61 г - Фодора 63
циклольная Ринч 63 S-- а-спиральная Полинга 71,72, 78 -теория(и)
Бергмана 63 --бифуркационная 7, 8, 88-100, 248, 413, 414, 425, 465, 473, 521, 523, 587
- гидантоиновая 63
— дикетопиперазиновая 62,64
- - диссипативных самоорганизующихся
структур 88, 91
1— Каррера 62
- - неравновесная термодинамическая 479,
577
— пептидная Фишера и Вальдшмидт-Лейнца 62, 66, 67
— протеиновая 60 --равновесных процессов 473
— спиразиновая 63
— термодинамическая двух состояний Брандтса 85
— Трензегора 62
--физическая 89, 100-109, 247, 414, 425, 465, 472, 474, 479, 482, 521, 548, 587, 588
— химическая 59-67
— теория ' элементарных рядов" 61 Субтилизин BPN' 510
Тахиплезин 540-542 Термолизин 513
Тертиапин 291, 292, 304-313, 316, 317, 325, 385
Тетрагасгрин 389, 392 Тиролиберин 389 Триозефосфатизомераза 497 (3-Трипсин, трехмерная структура 74
Уравнение Слэтера-Кирквуда 114
Фактор энтропийный 95, 96 Ферредоксин 515 Ферроцитохром с 181, 182, 184 Фиброин шелка 67-69 Фосфофруктокиназа 513
Химотрипсин
— лауэграмма 70 -а- 508,509
— трехмерная структура 74, 181, 184 Химотрипсиногеи, трехмерная структура 74,
506 Хроматин 53
Цнстинсодержащие пептиды, конформационный анализ 283 Цитохром с 515
Шапероны 77, 99
Шейп(ы) пептидного скелета 224
— БПП5 258, 259
Эластаза, трехмерная структура 74 Эндорфины 338-340, 353-362 -а- 338,339,353-360
— Р- 338, 339, 359-362 -у- 338,339,356-359 -6- 338,339,356-359 Энкефалины 244, 338-353
-Leu- 338, 340-342, 344, 345, 351-353, 392, 393
— рентгеноструктуриый анализ 344-346
— Met- 245, 338-355, 386, 389, 392, 393
— конформационный анализ 340-353
— рентгеноструктурный анализ 344-346 Энниатин В 285
Эрабутокснны 414, 422, 423, 589
ОГЛАВЛЕНИЕ
ПРЕДИСЛОВИЕ ОТ АВТОРА
ВВЕДЕНИЕ Биосфера научное мышление и проблема белка 9
Литература 57
Часть I
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ И ТЕОРЕТИЧЕСКИЕ ОСНОВЫ СТРУКТУРНОЙ ОРГАНИЗАЦИИ БЕЛКА
Глава 1 ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ЗАДАЧИ ПРОБЛЕМЫ БЕЛКА 59
1 1 Химическое строение белка 59
I 2 Пространственное строение белка 67
1 3 Структурная организация белка 75
Глава 2 ТЕОРИИ СТРУКТУРНОЙ ОРГАНИЗАЦИИ БЕЛКА 88
2 1 Бифуркационная теория свертывания белковой цепи 90
2 2 Физическая теория структурной организации белка 100
Глава 3 ТЕОРЕТИЧЕСКИЙ ПОДХОД К КОНФОРМАЦИОННОМУ АНА
ЛИЗУ 110
3 1 Механическая модель 112
3 2 Потенциальные функции невалентных взаимодействий атомов 113
Литература 126
Часть П ПРОСТЕЙШИЕ ПЕПТИДЫ
Глава 4 СТРУКТУРНАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ ПЕПТИДНОЙ ГРУППЫ
4 1 Конфигурация пептидной группы
4 2 Колебательные спектры амидов
4 3 Электронная структура пептидной группы
Глава 5 КОНФОРМАЦИИ СВОБОДНЫХ АМИНОКИСЛОТНЫХ ОСТ АТ
КОВ
5 1 Метиламиды N ацетил а аминокислот
4 2 N Метальные производные метиламидов N ацетил а аминокислот
5 3 Боковые цепн аминокислотных остатков
5 4 Аминокислотные остатки в свободном состоянии и белках
129
131
140
145
154
157
167
173
^JI а В а 6. КОНФОРМАЦИИ МЕТИЛАМИДОВ N-АЦЕТИЛДИ- И ТРИ-
ПЕПТИДОВ ................................................... 190
6.1. Метиламиды N-ацетилдипептидов............................. 194
6.2. Метиламиды N-ацетилтрипептидов............................ 197
|Л а в а 7. ТЕОРЕТИЧЕСКИЙ МЕТОД КОНФОРМАЦИОННОГО АНАЛИЗА
ПЕПТИДОВ И БЕЛКОВ .......................................... 219
7.1. Классификация пространственных структур пептидов и белков. 221
7.2. Алгоритм программы расчета конформаций.................... 233
7.3. Проблема множественности минимумов потенциальной поверхности пеп-
