Биотехнология. Том 17 - Янулайтис А.А.
Скачать (прямая ссылка):
личной скоростью расщепляет определенные т5С гемнметилированные участки (иапример перекрывающиеся участки MMspI—Bgll н MHpall—Bgll). Однако ш5С диметилированный участок МНаеШ—Bgll полностью устойчив к действию Bgll [211, 274]. BssHII не расщепляет ДНК, модифицированную MHhal, в различных цепях которой гемиметилнроваиы цитознны, находящиеся в различных позициях Gm5CGCGC/GCGm5CGC [258]. MBstI модифицирует внутренний цитозин в последовательности GGATmCC, но пока неизвестно является ли модифицированный продукт ш5С или ш4С [231]. BstEII расщепляет полностью ш5С-замещениую ДНК фага ХР12 [258]. BstNI расщепляем Cm5CWGG, m5CCWGG n "SOSCWGG [258]. Aorl, Apyl, BspNI, Mval и TaqXI — изошизомеры BstNI также не чувствительны к Cm5CWGG [255]. BsuRI расщепляет неметилнрованную цепь в гемиметнлированной последовательности GGm5CC/GGCC [96, 393]. Cfr9il, эффекты скорости расщепления приведены в ссылке [106]. Dpnl расщепляет только dam метилированную ДНК. Его нзошизомерами являются Cful [55], Nanll, NmuEI, NmuDI и NsuDl [258]. Dpnl расщепляет ДНК XP12, модифицированную darn метила-зой [276] EcoRI не расщепляет гемиметнлированной последовательности Gm6AATTC/GAATTC. Нн EcoRI, ни RsrI не расщепляет диметилированной последовательности GAm6ATTC/GAm6ATTC [25*8]. EcoRI расщепляет гемиме-тнлированную последовательность GAATTm5C с пониженной скоростью н не расщепляет олигонуклеотида, в обеих цепях содержащего 5-метилцитозин (GAATTm5C) [91]. EcoRII изошизомерами, чувствительными к метилированию Cm5CWGG, являются AtuBI, AtuII, BstGIl, BinSI, Cfr5I, Cfrlll, EclII, Ecall, Eco27I, Eco38I н MphI [319]. EooRII ограниченно расщепляет гемн-метилированную последовательность m5CCWGG/CCWGG [410]. EcoRV расщепляет полностью т5С-замещенную ДНК фага ХР12 [258]. FokI приблизительно 2—4 раза медленнее расщепляет САТСш5С по сравнению с немоди-фицированнымн участками [258], Haell медленно расщепляет метилированную последовательность RGCGm5CY [211, 287]. Haelll расщепляет неметилнрованную цепь в гемиметилированной последовательности GGm5CC/GGCC [169]. Hinfl расщепляет GANTm5C, однако скорости расщепления неметилированной. гемиметилированной (GANTm5C/GANTC) и диметилированной (GANTm5C/ /GANTm5C)последовательностей различаются. Hinfl не расщепляет ДНК фага ХР12 [ 152., 258]. Неметилнрованную последовательность GANTC Hinfl расщепляет эффективнее, чем гемиметилированиую GANrm5C/GANTC, а последнюю эффективнее, чем GANTm5C/GANTm5C. Однако, разница в скорости расщепления неметилированных н полностью метилированных Hinfl участков не превышает 10 раз [182, 258, 2187]. Hpall расщепляет неметилнрованную цепь в гемиметилированной последовательности m5CCGG/CCGG. Скорости расщепления приведены в ссылке [106]. Kpnl согласно ссылке [299А], чувствительна к гемиметилированию участков GGTAm5CC и GGTACm5C. Одиако, Kpnl хорошо расщепляет га5С-замещенную ДНК фага ХР12 и ОТш6АС-модн-фицированиую ДНК вируса NY2A хлореллы [258 [. Вероятно, что MKpnl присуща ш4С модифицирующая способность. Maell медленно расщепляет неметилнрованную цепь в гемиметилированной последовательности Am5CGT/ /ACGT [258 [. Mbol изошизомерами, чувствительными к Gm6ATC метилированию, являются BssGII, BsaPI, BstXII, ВstEIII, Cpal, DpnII, FnuAII, FnuCI, Mmell, MnoIII, MosI, Ndell, Nfll, Nlall, Nsul, SinMI 319]. MboII расщепляет полностью ш5С-замещенную ДНК фага ХР12 [258], однако отмечено [152], что некоторые ш5С-содержащие гемиметилироваиные субстраты ие расщепляются этой рестриктазой. Mfll медленно расщепляет участки mSAGArCY [284]. MspI расщепляет как неметилнрованную, так и метилированную цепи в дуплексах Cm5CGG/OCGG [169, 384] и Cm4CGG/CCGG [106]. GGCm5CGG Mspl расщепляет очень медленно [99, 202]. Клонированная MMspI метилирует крайний цитозин (m5CCGG) [383, 384]. Однако, отмечено что хромосомная Moraxella sp. ДНК модифицирована в участках m5Cm5CGG [195]. Mvalj расщепляет неметнлированную цепь в гемиметилированной последовательности Cm4CWGG/CCWGG [258]. Nanll расщепляет только dam-метнлированную ДНК [258]. Nanll расщепляет MEcodam модифицированную ДНК фага ХР12 [258] Neil расщепляет m5Cm5CCGG метилированную ДНК [98, 195]. Вероятно,
второе метилирование элиминирует Cm5CGG эффект. Ncol блокируется MSecI (CCNG) [258]. Ncrl, выделяемая из Nocardia carnia Beijing, является изошизомерам Bglll [268]. Ndel расщепляет полностью ш5С-замещенную ДНК фага ХР12 [258]. Ndell расщепляет полностью ш5С-замещеииую ДНК фага ХР12 [258]. NmuDI расщепляет только dam метилированную ДН'К [258]. NmuEI расщепляет только dam метилированную ДНК [258]. Rsal расщепляет полностью ш5С-замещенную ДНК- фага ХР12 [258], ио не расщепляет ДНК вируса NY2A хлореллы, модифицированную в участках GTm6AC [258, 404], ДНК, выделенная из Rhodopseudomonas sphaeroides species Kaplan, расщепляется Asp718I, но не Rsal илн Kpnl [258]. Так как Asp718I и Kpnl расщепляет ДНК NY2A (GTm6AC), специфичность MRsal скорее всего GTAm4C. В ДНК R. sphaeroides содержится высокий уровень ш4С [130]. RsrI не расщепляет гемнметнлнрованную последовательность Gm6AATTC/GAATTC. Sau3AI расщепляет неметилированную цепь в гемнме-тилированной последовательности GATm5C/GATC [70, 358]. Sau3AI расщепляет m6AGATC с пониженной скоростью [284]. Изошизомерами Sau3AI, нечувствительными к метилированию Gm6ATC, являются Bce243I, Bsp671. BspAI, BspPlI, BsrPII, Cpel, FnuEI, MthI, iNsiAI, Pfal [319]. Sfil не расщепляет MBgll модифицированную ДНК [378]. Sfil расщепляет M Haelll модифицированную (GGm5CC) ДНК вируса Ad2 или фага Я, но не расщепляет полностью ш5С-модифицированнук> ДНК фага ХР12 [258]. Smal расщепляет неметилированную цепь в гемиметилнроваиной последовательности CCm5CGGG/CCCGGG [106, 384]. Smal может расщеплять Cm5Cm5CGGG метилированную ДНК [98, 195]. Вероятно, второе метилирование элиминирует эффект CCm5CGGG. В отношении Smal, имеются противоречивые результаты: метилирование m5CCCGGG, осуществляемое MAquI [200] или МНаеШ в перекрывающихся МНаеШ—Smal участках (GGm5CCCGGG) [258] блокирует расщепление рестриктазой Smal. Другими исследователями сообщается, что Smal ограниченно расщепляет гемнметнлнрованную последовательность m5CCCGGG [106]. SplI расщепляет GTm6AC-модифицированную ДНК вируса NY2A хлореллы [258]. TaqI очень медленно расщепляет Thm5CGA [182]. TaqI расщепляет полностью ш5С-замещенную ДНК фага ХР12 [258]. Xbal расщепляет гемиметилированную последовательность Tm5CrAGA/TCTAGA при использовании высоких избытков фермента (>100 ед Xbal/мкг ДНК), но не расщепляет этой последовательности при использовании 20—40-кратных функциональных избытков. XhoII медленно расщепляет неметилированную цепь в гемиметилированиой последовательности RGATm5CY/RGATCY. Xmal, согласно одной ссылке, [98], не расщепляет CCm5CGGG. В ссылке [106] приведены данные о пониженной скорости расщепления этой последовательности. XmnI расщепляет полностью ш5С-замещенную ДНК фага ХР12 [258]. XmnI с пониженной скоростью расщепляет ДНК, в обеих цепях которой метилирована последовательность GAAN.iTTm5C, [258].
