Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Янулайтис А.А. -> "Биотехнология. Том 17" -> 21

Биотехнология. Том 17 - Янулайтис А.А.

Янулайтис А.А. Биотехнология. Том 17 — Москва, 1989. — 204 c.
Скачать (прямая ссылка): fermentiserekteciiiihpremenenie1989.djvu
Предыдущая << 1 .. 15 16 17 18 19 20 < 21 > 22 23 24 25 26 27 .. 107 >> Следующая

Среди рестриктаз обсуждаемой группы особенно выделяется последовательность нуклеотидов, узнаваемая рестриктазой Sfi I [301] (табл. 8, тип 17). Она представляет собой октануклеотид, разделенный 5-тью любыми основаниями: 5'-GGCC (N)5GGCC. Это самая протяженная последовательность среди всех идентифицированных участков, узнаваемых специфическими эндонуклеазами.
Разнообразие типов построения участков, узнаваемых рестриктазами, дополняют так называемые «вырожденные» палиндромы, в определенных позициях которых допускается присут-
ствие нескольких альтернативных оснований. В настоящее время идентифицирован пока единственный вырожденный тетрануклеотид (5'-PuGCPy), являющийся субстратом для
6 ферментов (табл. 8, тип 18). Остальные 13 таких типов представлены гексануклеотидными последовательностями, узнаваемыми 122 ферментами (табл. 8, типы 19—31). Еще два варианта типов построения узнаваемых участков занимает промежуточное положение между разорванными и вырожденными последовательностями, поэтому выделены в отдельную I г группу. Представители этой группы PpuM. I [319] и Dra II [122] узнают гептануклеотидные последовательности: 5'-PuGG(A/T)CCPy и 5'-PuGGNCCPy соответственно. Ре-стриктазы, представленные типами 18—25 и 32—33, в местах «вырожденности» способны отличить пурины от пиримидинов, но не G от А, или С от Т. Поэтому субстратом для ферментов этой группы служит не одна, а несколько близких по структуре последовательностей нуклеотидов, в том числе и истинные палиндромы. Например, на основе общей структуры участка 5'-GPuCGPyC, узнаваемого рестриктазой Асу I [121], могут быть написаны 4 различные последовательности: 5'-GGCGCC, 5'-GACGCC, 5'-GGCGTC и 5'-GACGTC. В действительности этот фермент узнает только три последовательности, так как 2-ая и 3-тья из них являются комплементарными.
Другие варианты вырожденных гексануклеотидных палиндромов в табл. 8 представлены 26—31 типами построения. Для них характерна возможность наличия в определенных местах как пурина, так и пиримидина, природа которых для каждого конкретного узнаваемого участка является фиксированной. Так, например, в последовательности 5'-(A/T)GGCC(A/T), узнаваемой рестриктазой Нае I [319], в первой и последней позиции может находиться аденин или тимин в любом сочетании. Таким образом эта рестриктаза узнает три, различающиеся по структуре участка: 5'-TGGCCA, 5'-AGGCCA и
5'-AGGCCT.
Среди всех рестриктаз, узнающих «вырожденные» гекса-нуклеотидные палиндромы, особенно выделяется Sdu Г (тип 31), в двух местах узнаваемого сайта селективно дискриминирующая только один из четырех возможных нуклеотидов: 5'-G(G/A/T)GC(C/A/T)C [192]. Таким образом этот фермент способен расщеплять субстрат в 6-ти различающихся па структуре участках.
Среди охарактеризованных специфических эндонуклеаз рестрикции также имеется группа ферментов, узнающих несимметричные последовательности нуклеотидов (табл. 8, типы 34—37). Эти участки по своей структуре напоминают последовательности, узнаваемые рестриктазами III типа (см. табл. 1). Всего идентифицировано 58 таких ферментов, узнающих: 22 различных последовательностей.
Уже сейчас разнообразие нуклеотидных последовательностей, узнаваемых специфическими нуклеазами, представлено большим числом вариантов. Работа по поиску рестриктаз далеко не завершена. С каждым годом появляются ферменты с новой субстратной специфичностью и пока не видно признаков снижения темпов роста их числа (см. табл. 2). Вариабельность структуры узнаваемых последовательностей в настоящее время уже такова, что кажется вполне вероятным со временем обнаружить рестриктазу для любой последовательности нуклеотидов, по меньшей мере являющейся производным типов, представленных в табл. 8. Интенсивное развитие работ по поиску новых ферментов рестрикции позволяет надеяться, что со временем будет получен ответ и на этот вопрос.
4.2. Релаксированная специфичность рестриктаз
Еще одним проявлением специфичности рестриктаз, имеющим непосредственное отношение к структуре узнаваемых участков, является свойство снижать субстратную специфичность, т. е. производить рсщепление ДНК в участках, отличающихся по структуре от канонической последовательности, узнаваемой ферментом. Это явление было зарегистрировано в случае рестриктаз EcoRI [236, 297, 373], ВашН I (140, 236], Bsu I [170], Hha I [236], Hind III [181], Tthlll I [346] и некоторых других ферментов [112, 236]. Пониженная субстратная специфичность (релаксированная, «звездочная» — обозначается, например, EcoR I*) проявляется при определенных условиях проведения ферментативной реакции. В первую очередь они заключаются в использовании избытков рестриктаз. Ряд факторов — изменение pH и ионной силы инкубационной среды, замена ионов магния на некоторые другие ионы двухвалентных металлов, добавление органических растворителей (глицерин, диметилсульфоксид, этанол и т. д.) способны стимулировать проявление пониженной субстратной специфичности рестриктаз [140, 170, 181, 236,
248, 297, 373]. Они никогда не реализуется в исчерпывающем фрагментировании ДНК (не наблюдается эквимолярности между продуктами реакции).
Предыдущая << 1 .. 15 16 17 18 19 20 < 21 > 22 23 24 25 26 27 .. 107 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed