Молекулярная биология клетки - Уилсон Дж.
ISBN 5-03-001999-5
Скачать (прямая ссылка):
В. На одну матрицу приходится около 0,07 транскриптов, что эквивалентно
примерно одному транскрипту РНК на 14 матричных молекул:
Транскрипты 7,2 х 109 транскриптов
------------- - ----------------------- х
Матрица Реакция
Реакция
х --------.---------= 0,07 транскрипт/матрица.
1,0 х 10 матриц
Низкая эффективность вашей реакции типична для транскрипции in
vitro. Соотношение 1 транскрипт на 14 матриц не обязательно
свидетельствует о том, что в синтезе РНК участвует 1 из 14
матричных молекул. Может оказаться, что на гораздо меньшем
числе матриц синтезируется большое число транскриптов. Например, на
одной из 140 матричных молекул может синтезироваться 10 транскриптов.
Литература: Sawadogo, М.; Roeder, R. G. Factors involved in specific
transcription by human RNA polymerase II: analysis by a rapid and
quantitative in vitro assay. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82, 4394-4398,
1985.
-27
A. Для обеспечения доступности промотора при сборке хроматина
достаточно, чтобы во время предынкубации в смеси присутствовал только
TFIID. Подобное заключение основано на том, что на дорожке 6 (рис. 9-22)
транскрипт отсутствует, а на дорожках 4, 5,
7 и 8 он имеется. Если бы требовался любой другой компонент, его
отсутствие привело бы к прекращению транскрипции в одном из этих случаев.
Фактор транскрипции TFIID связывается с ТАТА-боксом промоторов РНК-
полимеразы II. Его присоединение способствует такой сборке нуклеосом,
которая не препятствует транскрипции.
Б. Результаты, приведенные на рис. 9-22 (дорожки 9, 10, 11 и 13)
свидетельствуют о том, что TFIIA, TFIIB и РНК-полимераза II в присутствии
TFIID могут образовывать с промотором комплекс, который оказывается
стабильным при сборке и выделении хроматина.
B. Как свидетельствуют результаты эксперимента (рис. 9-22, дорожка 12),
для того, чтобы шла транскрипция, необходимо добавить только фактор
транскрипции TFIIE, поскольку все остальные компоненты уже содержались в
смеси во время предынкубации.
Литература: Workman, J.L.; Roeder, R.G. Binding of transcription
factor TFIID to the major late promoter during in vitro nucleosome
assembly potentiates subsequent initiation by RNA polymerase II. Cell 51,
613-622, 1987.
402 Глава 9
9-28
A. Поскольку РНК-полимераза блокируется пиримидиновыми димерами,
чувствительность транскрипции гена будет зависеть от расстояния между
промотором и зондом; это расстояние прямо пропорционально протяженности
мишени, повреждаемой ультрафиолетом. Так, если для образования
транскрипта полимераза должна пройти в два раза большее расстояние, то и
вероятность, что она натолкнется на участок, блокирующий транскрипцию,
возрастает в два раза.
Б. Транскрипция гена VSG в семь раз чувствительнее к облучению
ультрафиолетом, чем транскрипция генов рибосомной рРНК в области зонда 4,
расположенного на расстоянии 7 т. п. н. от своего промотора.
Следовательно, начало гена VSG отстоит от промотора на расстояние
примерно 50 т.п.н. (7 х 7). В этих расчетах принимается, что ДНК,
расположенная между промотором VSG и геном VSG, обладает примерно такой
же чувствительностью к ультрафиолету, что и транскрипционная единица
рибосомной РНК.
B. Если близлежащий ген примерно на 20% менее чувствителен к
ультрафиолетовому облучению, чем ген VSG, то скорость его инактивации
составляет 80% от скорости инактивации гена VSG. Следовательно, его
промотор расположен на расстоянии 40 т. п. н. (0,80 х 50 т.п.н). Если
близлежащий ген находится перед геном VSG на расстоянии 10 т.п.н., то его
промотор должен картироваться где-то совсем рядом с промотором гена VSG.
Следовательно, представляется весьма вероятным, что эти гены
транскрибируются с одного и того же промотора.
Литература: Johnson, P.J.; Kooter, J.M.; Borst, P. Inactivation
of
transcription by UV irradiation of T. brucei provides evidence
for a multicistronic transcription unit including a VSG gene. Cell 51,
273-281,
1987.
9-29
Одноцепочечные "хвосты" возникают потому, что концы мРНК
некомплементарны концам рестриктов. Следовательно, один из одноцепочечных
хвостов с каждой стороны-это ДНК рестрикционного фрагмента.
Одноцепочечный хвост на одном конце должен соответствовать 5'-концу мРНК,
которая могла бы образоваться на предыдущем экзоне, не представленном в
данном рестрикте. Одноцепочечный хвост на другом конце соответствует
отсутствующему в рестрикте З'-концу мРНК, которая могла бы образоваться
на нижележащем экзоне, или это просто ро1у(А)-конец. Без дополнительной
информации невозможно решить, каково происхождение каждого
одноцепочечного конца.
Литература: Berget, S. М.; Berk, A. J.; Harrison, Т.; Sharp, P. A.
Spliced segments at the 5' termini of adenovirus-2 late mRNA: a role for
heterogeneous nuclear RNA in mammalian cells. Cold Spring Harbor Symp.
