Молекулярная биология клетки - Уилсон Дж.
ISBN 5-03-001999-5
Скачать (прямая ссылка):
центра связывания должны быть на одной и той же стороне спирали. Большие
бороздки (или малые бороздки) располагаются на одной и той же стороне
спирали, если в промежутке между центрами изгибов укладывается целое
число ее витков. Таким образом, можно ожидать, что минимум относительной
подвижности (r/мс-конфигурация) будет соответствовать тому, что
расстояние между центрами изгибов равно целому числу витков спирали.
Аналогичным образом максимальная относительная подвижность (т/иис-
конфигурация) будет достигнута, когда центры изгиба находятся на
противоположных сторонах спирали, т. е. когда количество витков между
центрами изгибов равно половине целого числа.
B. В случае минимальной подвижности конструкции с одним участком
связывания САР и одним участком связывания (A5N5)4, центры изгибов
разделены 101 нуклеотидом (рис. 9-6, Г). Если на один виток спирали
приходится 10,6 нуклеотида, то центры изгибов разделяет 9,5 витка
(101/10,6 = 9,5).
Г. Поскольку минимальная подвижность определяется тем, что число
витков между центрами изгибов равно половине целого числа (г/ис-
конфигурация), одна и та же бороздка спирали не может оказаться
обращенной внутрь в центрах обоих изгибов. В противном случае, как уже
обсуждалось в пункте Б, центры изгиба при r/мс-конфигурации были бы
разделены целым числом витков. Таким образом, в центрах двух изгибов
внутрь должны быть обращены разные бороздки. Поскольку известно, что в
сайте (A5N5)4 внутри изгиба проходит большая бороздка, (как было сказано
в задаче), то участок связывания САР должен быть изогнут так, чтобы в
центре изгиба внутрь него была обращена малая бороздка.
Литература: Zinkel, S. S.; Crothers, D. M. DNA bend direction by
phase sensitive detection. Nature 328, 178-181, 1987.
Gartenberg, M. R.; Crothers, D. M. DNA sequence determinants of
САР-induced bending and protein binding affinity. Nature 333, 824-829,
1988.
9-8
А. Микрококковая нуклеаза может разрезать лишь ту ДНК, которая не
связана с нуклеосомами. Таким образом, ее мишенью служит
Клеточное ядро 389
Рис. 9-35. Схематическое изображение ДНК, связанной с поверхностью
нуклеосомы, и вызванного этим взаимодействием стеричес-кого препятствия
для воздействия ДНКазы I (ответ 9-8). Стрелками указано положение
фосфодиэфир-ных связей, наиболее доступных для действия ДНКазы I.
Сайты разрезания
ДНКазой I
Н W н и н
ДНКаза I
Нуклеосома
ДНК
Вид сбоку
Вид с торца
линкерная ДНК, расположенная между нуклеосомами. Чтобы обработка
микрококковой нуклеазой могла привести к образованию лесенки полос,
нуклеосомы должны равномерно располагаться вдоль ДНК, т. е. отрезки
линкерной ДНК между нуклеосомами должны быть примерно одинаковой длины.
Действительно, лесенка с интервалом, соответствующим разнице в 200
нуклеотидов, свидетельствует о том, что длина линкерной ДНК вместе с
длиной нуклеосомной ДНК составляет 200 нуклеотидов.
Б. Если продлить время обработки ядер нуклеазой так, чтобы разрушились
большие участки ДНК, то практически каждый линкер-ный участок будет
надрезан, а вся линкерная ДНК расщеплена на небольшие фрагменты.
Оставшаяся ДНК (т. е. входящая в состав нуклеосом) должна будет дойти до
самого конца геля. На самом деле когда ставят такой эксперимент, то ДНК
располагается в зоне, соответствующей длине фрагментов примерно в 140
нуклеотидов. Именно такой размер имеет структура ДНК, уложенной витками
вокруг гистонового кора и образующей нуклеосому. Этот результат
свидетельствует о том, что длина линкерной ДНК в хроматине из печени
крысы составляет примерно 60 нуклеотидов.
В. Как показано на рис. 9-35, если ДНК связана с какой-либо
поверхностью, то наиболее доступными фосфодиэфирными связями будут те,
что дальше всего отстоят от этой поверхности. В соответствии с
особенностями геометрической структуры сайта связывания ДНКазы I лишь
верхняя часть спирали будет доступна для расщепления. Возникающая при
электрофорезе лесенка полос имеет интервал, соответствующий разности длин
фрагментов, равной 10 нуклеотидам, потому что примерно столько
нуклеотидов приходится на один виток спирали. Следовательно, доступные
фосфатные связи будут располагаться с интервалами примерно в 10
нуклеотидов.
Литература: Prunell, A.; Kornberg, R.D.; Lutter, L.; Klug, A.;
Levitt, М.,
Crick, F.H. Periodicity of deoxyribonuclease I digestion of
chromatin.
Science 204, 855-858, 1979.
9-9 Присутствие фракции, устойчивой к нуклеазе, в хроматине, но не в
чистой ДНК дает возможность предположить, что у марсианского
микроорганизма ДНК входит в состав структур, подобных нуклеосомам,
которые и защищают ее от микрококковой нуклеазы. Поскольку при жесткой
обработке самый мелкий фрагмент состоит примерно из 300 нуклеотидов, то
структура, подобная нуклеосоме, должна защищать фрагмент ДНК примерно
