Молекулярная биология клетки - Уилсон Дж.
ISBN 5-03-001999-5
Скачать (прямая ссылка):
1 нуклеотид
х -------- --------- = 8,8 нуклеотидов/молекула SSB-белка.
330 Да (нуклеотид)
Б. Если на отрезок одноцепочечной ДНК длиной 3,4 нм приходится 10
нуклеотидов, то 8,8 нуклеотидов будут занимать в длину 3 нм (если бы
одноцепочечная ДНК была полностью вытянута, она была бы вдвое длиннее).
Поскольку длина молекулы SSB-белка равна 12 нм, при насыщении этим белком
его молекулы скорее всего контактируют друг с другом и частично
перекрываются.
B. Незначительное связывание при низкой концентрации SSB-белка, но
почти количественное при его десятикратном весовом избытке предполагает,
что связывание SSB-белка с ДНК носит кооперативный характер.
Кооперативность означает, что как только связывается один мономер,
последующие мономеры могут связываться гораздо легче. Если такие мономеры
действительно перекрываются друг с другом при связывании, то, как следует
из расчета, приведенного в предыдущем пункте, кооперативность легко
понять как ситуацию, при которой у каждого мономера имеются два участка
связывания - один для ДНК, а другой для других мономеров. При этих
условиях связывание первого мономера с ДНК будет более слабым, чем
связывание последующих. Это происходит потому, что первый мономер
присоединяется к ДНК только через участок связывания ДНК, тогда как
второй мономер располагается рядом с первым, в результате чего
используются оба связывающих участка его молекулы. При графическом
изображении этого типа взаимодействия получается круто восходящая кривая
связывания в зависимости от концентрации.
Литература: Alberts, В. М.; Frey, L. Т4 bacteriophage gene 32: a
structural protein in replication and recombination of DNA. Nature 227,
1313- 1318, 1970.
5-34
А. Первый меченый рестрикционный фрагмент, который должен появиться
после начала реакции, это фрагмент с, затем метка постепенно появляется и
в других фрагментах, так что фрагмент а будет последним, который
становится двухцепочечным. Поскольку спаривание происходит между
антипараллельными цепями ДНК, этот порядок появления меченых фрагментов
означает, что инвазия начинается с З'-конца ( -)-цепи линейной ДНК и
миграция ветвей продолжается в направлении 3' -" 5' вдоль ( -)-цепи.
Б. Для того чтобы пометился последний фрагмент, требуется 20 мин. Это
означает, что скорость продвижения точки ветвления составляет около 350
нуклеотидов в минуту (7000 нуклеотидов/20 мин), или около 6 нуклеотидов в
секунду. По сравнению со скоростью
Основные генетические механизмы 299
5' - з'
репликации, составляющей 500 нуклеотидов в секунду, скорость миграции
ветвей, катализируемой белком гесА, очень низка. Присутствие участка
негомологичной ДНК, состоящего из 500 нуклеотидных пар, должно сильно
подавлять миграцию точки ветвления. Тем не менее белок гесА может
катализировать миграцию ветвей через такие участки негомологичной ДНК,
если они повторяются нечасто. При этом будет образовываться
двухцепочечное кольцо, из которого в виде одноцепочечной петли выступает
негомологичная ДНК (рис. 5-53).
Литература: Сох, М.; Lehman, I. R. The polarity of the recA protein-
mediated branch migration. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78, 6023-6027,
1981.
Область с отсутствием
Иногда вторгающаяся в структуру негомологичная цепь "перепрыгивает"
через разрыв, давая структуры с выступающей петлеобразной вставкой
Рис. 5-53. Влияние негомологичного участка цепи на миграцию ветвей,
катализируемую белком гесА (ответ 5-34).
5-35 Образование соединения Холлидея двумя родительскими дуплексами, а
также расхождение дуплексов и последующая репликация показаны на рис. 5-
54. Заметьте, что нижний дуплекс повернут относительно своей продольной
оси и З'-цепь передвинута наверх: таким образом перекрест цепей (в данном
случае З'-цепей) показать гораздо проще. Перекрещенные цепи должны быть
одинаковыми (либо обе 3', либо обе 5'); они не могут быть
комплементарными (одна 3', а другая 5')- Понимаете, почему?
Расщепление соединения Холлидея в результате разрыва З'-це-пей
представить легко, а для случая, когда происходит разрыв 5'-цепей, это
сделать труднее. Один из способов представить себе расщепление-это так
изомеризовать структуру, чтобы 5'-цепи стали перекрещивающимися, как
показано на рис. 5-63 в МБК.
Внимание
Нормальная 5'-полярность з"=
Рис. 5-54. Образование и разделение промежуточного соединения Холлидея с
последующей репликацией (ответ 5-35).
5'.
3'"
5'.
3"
5' = 3| =
5' = 3| =
з1-
5'= 3'=
. ОБРАЗОВАНИЕ ПРОМЕЖУТОЧНОГО j ПРОДУКТА ХОЛЛИДЕЯ
Внимание
¦t
5'_
3'-
3'-
5'=
Л
НАДРЕЗЫ
ЗАДЕЛЫВАЮТСЯ,
ПРОИСХОДИТ
РЕПЛИКАЦИЯ
3 =
1'-=
5' = 3' =
5' = 3' =
НАДРЕЗЫ
ЗАДЕЛЫВАЮТСЯ,
ПРОИСХОДИТ
РЕПЛИКАЦИЯ
Есть и другой способ выяснить соотношение между соединением
Холлидея и продуктами рекомбинации: сегмент нижнего дуплекса в структуре
