Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Свердлов Е.Д. -> "Проблемы и перспективы молекулярной генетики. Том 1" -> 93

Проблемы и перспективы молекулярной генетики. Том 1 - Свердлов Е.Д.

Свердлов Е.Д. Проблемы и перспективы молекулярной генетики. Том 1 — М.: Наука, 2003. — 372 c.
ISBN 5-02-002753-7
Скачать (прямая ссылка): perspektivimoleculyargenetiki2003.djvu
Предыдущая << 1 .. 87 88 89 90 91 92 < 93 > 94 95 96 97 98 99 .. 199 >> Следующая

Из клонотеки генов хромосомы 19 клонировали рекомбинантные фаги, содержащие последовательности, сходные с генами tat/rev. Анализ этих последовательностей показал, что в отдельных из них содержится по несколько фрагментов, имеющих гомологию с зондом. Это свидетельствует о соседст-вовании в геноме человека некоторых tat/rev-подобных элементов.
Секвенирование одного из гибридизующихся фрагментов хромосомы 19 человека показало (рис. 56), что в нем в районе от 240 до 340 п.н. содержится несколько участков размером от 13 до 27 п.н., имеющих от 71 до 78% гомологии с зондом, которые расположены в клонированной последовательности и гене tat/rev колинеарно. При сравнении последовательности этого фрагмента с базами данных нуклеог идных последовательностей обнаружено заметное сходство (score >100) одной и той же области фрагмента
173
Xbal
PstI
Bglll Sail Alul SspI SspI EcoRI BamHI Bglll f_1_i_1__i_1_1
1 cctagggggaaccacaccaccacgtacagtcattagggtcgatgagccctccgactccgt 60
61 cctcttagtaacttggatcctccaccttcaacgtcaatcagttctagtgtggtaacgtga 120
121 qqtccaaccaqttttctcqttctqaqqaqttttttttttttttttttttttcacat actt 180
181 tggatatatatgaacatacaattaaaacataaaacgattaaatgactcacatgaattatc 240
241 aaatctqtctaaaattacat qacaaataccaaaaaatatatqt qttaacatactaqatqt 300
301 txqccqtt qaaaaatqaaaaaaataaaqttatcaaaaaaataaaqaaact qattaaqaaq 360
361 acqqtqtatqaaqqtcacqatqtaattttatcttcqtqaccqqtccqaqacaccqacrtqt 420
421 cccctagg 428
В
с генами tat/rev 1 100 148 п.н.
Рис. 56. HIV-1 taf/rev-подобный элемент хромосомы 19 человека
А — рестриктазная карта клонированного фрагмента хромосомы 19 (линией снизу указан секвенирован-ный фрагмент, гибридизирующийся с геном tat, который назван /Мы428). Б - последовательность нуклеотидов фрагмента Д/и428 (участки гомологии с зондом подчеркнуты). В - участки последовательности Л/и428, имеющие сходство с геном tat (заштриховано несколько участков размером от 13 до 27 п.н., имеющих от 71 до 78% сходства с зондом, которые расположены в клонированной последовательности генома человека и генах tatlrev HIV-1 колинеарно)
Alu428 (примерно со 150 по 300 п.н.) с множеством различных участков генома. Степень гомологии составляла от 50 до 65%.
В геноме человека с помошью гибридизации в мягки х условиях обнаружено также множество нуклеотидных последовательностей, имеющих частичную гомологию с другим регуляторным геном HIV-1 - nef. При гибридизации геномных ДНК с зондом, содержащим ген nef, часть длинного концевого повтора (LTR) HIV-1 и часть гена env, были выявлены последовательности, имеющие частичную гомологию с HIV-1, которые диспергированы в геномах как у человека, так и у мыши. Сходную картину наблюдали и при гибридизации с ДНК шимпанзе. По мере ужесточения условий гибридизации и отмывки фильтров наблюдали постепенное уменьшение сигнала на автографах, что свидетельствовало о наличие у разных классов млекопитающих гетерогенного семейства геномных последовательностей, имеющих частичную гомологию с использованным зондом.
Для более детальной характеристики этих элементов из клонотеки генов хромосомы 19 человека были выделены и охарактеризованы рекомби-
174
нантные фаги, имеющие частичную гомологию с геном nef. По данным скрининга и результатам гибридизации в точках общее число элементов генома человека, имеющих частичную гомологию с геном nef составляет
Юз-104.
Блот-гибридизация клонированных рекомбинантных фаговых ДНК, содержащих фрагменты геномной ДНК человека, с геном nef показала, что в мягких условиях, как правило, несколько рестрикционных фрагментов каждой фаговой ДНК дают положительный сигнал. Это указывает на то, что в геноме человека отдельные «^/-подобные элементы, как и ^/-подобные элементы, сближены между собой. Некоторые независимо клонированные последовательности генома имели сходную картину рестрикции, рестриктная картина других несколько отличается.
Компьютерный анализ двух из клонированных л (/-подобных нуклеотидных последовательностей (размером 399 п.н. (RP399) и 258 п.н. (В258)), проведенный с помощью программы DNA-SUN, показал, что в обоих фрагментах имеются небольшие области гомологии с геном nef HIV-1 (рис. 57, А, Б). Следует отметить, что частичную гомологию с обеими клонированными последовательностями имеет один и тот же участок гена nef (с 8832 по 8851 п.н.), расположенный сразу за инициирующим AUG-кодоном и непере-крывающийся с LTR. Фрагмент В258 кроме короткой области подобия с геном nef имел гомологию с А/м-повторами человека. Но наибольший интерес представляет собой последовательность фрагмента RP399, в котором рядом с короткими участками, гомологичными гену nef присутствовал довольно протяженный участок (75 п.н.), имеющий 67% гомологии с геном env. Важно отметить, что ген env соседствует в геноме HIV-1 с геном nef. Следовательно, клонированный нами фрагмент имеет сходство не только с геном nef а с env I nef-областью генома HIV-1.
Анализ базы данных EMBL позволил обнаружить значительную гомологию фрагмента RP399 (66-75%) еще с четырьмя секвенированными ранее последовательностями: с клонами EHS-1 и EHS-2, выделенными при скрининге библиотеки генов человека с помощью гена env HIV-1 (Horwitz et al., 1992), и разными участками двух РНК-co держащих вирусов (вируса гепатита С и ротавируса человека). Кроме того, в RP399 имеется открытая рамка считывания (ORF), способная кодировать полипептид размером не менее 72 аминокислотных остатков. Таким образом, принципиальным моментом является обнаружение в геноме человека env/nef-подобной последовательности HIV. Маловероятно, что такое совпадение случайно.
Предыдущая << 1 .. 87 88 89 90 91 92 < 93 > 94 95 96 97 98 99 .. 199 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed