Проблемы и перспективы молекулярной генетики. Том 1 - Свердлов Е.Д.
ISBN 5-02-002753-7
Скачать (прямая ссылка):
Одним из вирусных генов-кандидатов, который может быть ответствен за HIV-ассоциированный лимфомогенез, является ген tat. Выше уже были приведены результаты, полученные на трансп нных живстных, которые подтверждают участие гена tat в лимфомогенезе. Одним из возможных механизмов действия гена tat является Тat-onocpeдованная индукция гена бета-полимеразы, изменяющей стабильность ДНК в HIV-ассоциированнь’Х лим-фомах (Srivastava et al., 2001). В HIV-ассоциированных лимфомах обнаружили множество клеточных генов, потенциально ответственных за их развитие. Одним из таких генов является ген TCL1, детектированный с помощью вычитающей гибридизации (Teitell et al., 1999).
С целью получения более полной картины молекулярного механизма HIV-индуцированного лимфомогенеза нами была проведена серия экспериментов с использованием метода вычитающей гибридизации, позволяюще-
6. Проблемы и перспективы...
161
Таблица 4. Гены, ассоциированные с лимфомогенезом у человека
Ген Модификация Тип лимфомы Ген Модификация Тип лимфомы
АР 12, MLT Транслокация MALT ms Мутации B-NHL
bd-l (cyclin D1) Транслокация MCL, CCL rel Амплификация DLLC
bcl-2 Транслокация FL, DLCL cdc25A Активация B-NHL
bcl-3 Транслокация CLL pl5INKAb Инактивация DLLC
bcl-6 Транслокация DLCL pl6INK4a Инактивация MCL. DLLC
bcl-7A Транслокация BL p21Wafl Инактивация MCL
bcl-8 Транслокация DLBCL lyt-10 Транслокация B-NHL
bcl-10 Транслокация MALTL survivin Активация B-NHL
BTC-1 Транслокация B-CLL hoxc5 Активация ALCL
c-myc Транслокация BL, FL, DLCL pax-5 Транслокация LPL
mdm-2 Активация DLCL ALK Транслокация DLBCL, ALCL
p53 Мутации BL, B-NHL IL 7 Активация HD
p73 Гиперметили- BL IL-12 Активация HD
рование
Rb Инактивация CLL, IDL
Сокращения. HD - болезнь Ходжкина, DLBCL - диффузная крупноклеточная лимфома. ALCL -анапластическая крупноклеточная лимфома, LPL — лимфоплазмоцитоидная лимфома, B-NHL — В-клеточная неходжкинская лимфома, MCL - лимфома покровных клеток, DLLC - диффузная лимфома с крупноклеточным компонентом, CLL - хроническая лимфоцитарная лимфома, IDL -лимфома с промежуточной дифференцировкой, BL — лимфома Бёркитта, FL — фолликулярная лимфома, MALT - лимфома, ассоциированная с лимфоидными тканями слизистой оболочки, CCL -центроцитарная лимфома.
го идентифицировать гены, экспрессия которых усиливается или подавляется в лимфомах у HIV-инфицированных пациентов (Николаев и др., 1999; Tarantul et al., 2001; Ненашева и др., 2001). Общая схема метода, использованного в этих работах, представлена на рис. 54.
На первом этапе с помощью вычитающей гибридизации были исследованы популяции мРНК двух В-клеточных неходжкинских лимфом пациентов, инфицированных HIV-1: центробластная (CL) и иммунобластная (IL) (по классификации KIEL). По классификации REAL обе эти лимфомы относятся к диффузным В-клеточным крупноклеточным лимфомам (DLBCL). Для изучения спектра генов, которые усиливают свою экспрессию в этих лимфомах, были проведены вычитающие гибридизации с использованием кДНК, синтезированных на мРНК лимфомных клеток и нормальных лимфоцитов человека. В качестве трейсера при вычитающей гибридизации служили лимфомные кДНК, а в качестве драйвера кДНК нормальных лимфоцитов крови человека. После получения вычтенных библиотек кДНК осуществляли их двухэтапный скрининг. Примерно 10% клонов кДНК, полученных после вычитания, по данным двойного дифференциального скрининга, представляли собой лимфомоспецифические кДНК. После отбора специфических для лимфом клонов эти кДНК частично секвенировали и их последовательности сравнивали с существующими базами данных нуклеотидных последовательностей (табл. 5). В результате проведенного анализа было выявлено три типа клонов: (1) не имеющие гомологии с нуклеотидными последовательностями, представленными в существующих базах данных; (2) имеюшие гомологию с клонированным ранее кДНК неизвестной приро-
162
Таблица 5. Дифференциально экспрессирующиеся гены в CL и IL человека
Клон Регистрационный № Секвени- рованный фраг- мент (п.н.) Родствен-ный ген или кДНК Регистрационный № Сходство
п.н. %
Центробластная лимфома (CL)
hll-1 Y16696 139 Неизвестен _ Нет Нет
hi 1-2 Y16715 161 EST АЮ50976 104 95
hi 1-5 Y16713 255 Неизвестен - Нет Нет
hi 1-6 Y16702 194 A2(3)IgL X51755 71 84
hll-8 Y16712 183 Неизвестен - Нет Нет
hi 1-9 Y16700 203 XHgL/set X51755/M93651 48/154 96/97
hll-10 Y16708 272 EST AI377400 229 95
hll-11 Y16697 108 Неизвестен - Нет Нет
hll-12 Y16714 110 IFN-ind U22970 136 97
hi 1-14 Y16709 152 set M93651 152 97
hll-15 Y16706 143 Неизвестен - Нет Нет
hi 1-35 Y16711 109 Неизвестен Нет Нет
hi 1-45 Y16703 108 Неизвестен - Нет Нет
hi 1-61 Y16704 245 ND-I V00662 117 95
hi 1-76 Y16699 131 ND-IV V00662 151 94
hi 1-79 Y16707 129 ND-IV V00662 128 99
hi 1-86 Y16705 278 IFN-ind U22970 145 97
hi 1-98 Y16698 203 Л.1 Ig/set X51755/M93651 48/154 96/97
hll-101 Y17174 250 16S rRNA V00662 247 99
Иммунобластная лимфома (IL)
Ы2-201 Y17170 422 16S rRNA V00662 349 99
Ы2-222 Y17172 230 ND-IV V00662 175 98
Ы2-229 Y17171 364 AS-6 V006C2 328 99
