Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Степанов В.М. -> "Молекулярная биология. Структура и функция белков" -> 49

Молекулярная биология. Структура и функция белков - Степанов В.М.

Степанов В.М. Молекулярная биология. Структура и функция белков — М.: Высшая школа, 1996. — 335 c.
ISBN 5-06-002573-Х
Скачать (прямая ссылка): strukturifunkciibelkov1996.djvu
Предыдущая << 1 .. 43 44 45 46 47 48 < 49 > 50 51 52 53 54 55 .. 140 >> Следующая

доменов нельзя указать отдельной из Д°менов протромбина
функциональной роли. Например, При активации, этот домен - первый
в структуре протеолитического "кР®*ш*-ли (остатки 66-144) - обеспечивает . связывание протромбина с фосфолипидом,
фермента папаина хорошо разли- Иалоиы еоогвегствует^-углерод-
чимы два домена, каждый из кото- атомам аминокислотных остатков; за-
рых имеет гидрофобное ядро. В N- чернены дисульфидные свяЬи. По-видимо-
концевом домене оно содержит два Такова жё третичная структура других
„ "кринглов" - функционально специализи-
остатка валина, два — изолейцина, , .
, 7 рованных доменов в ферментах Системы
один лейциНа, в С-концевом — гемостаза (в тромбине их два, в плазмино-два остатка валина, два лейцина, гене - пять) пять — изолейцина, два — фенилаланина. Между доменами, соединенными непрерывной пептидной цеп?ю, устанавливается ряд гидрофобных контактов. Во впадине, разделяющей домены, расположен каталитический центр, причем образующие его функциональные группы размещены в обоих доменах. Быть может, на ранних этапах эволюции папаина домены ¦ и имели какую-то функциональную автономию, но в современном ферменте она полностью утрачена (рис. 6.5). '
Чаще всего домены формируются автономным свертыванием последовательно расположенных участков полипептидной цепи, хотя известны случай, когда пространственная структура домена образована двумя далеко отстоящими друг от друга отрезками первичной структуры белка.
¦ У ' а ¦ ¦ ¦ " ’ ¦ ' I * '
Наличие доменов, видимо, создает структурные предпосылки для большей, чем в рамках единой пространственной структуры, внутренней гибкости, динамики белковых молекул, достигаемой
119
Рис. 6.5. Домены в структуре протеолитического фермента папайи - папай на
Прерывистыми линиями намечено направление впадины между двумя доменаг-ми, в которой связывается субстрат и размещен каталитический центр. Пептидная цепь завершает построение N-концевого домена к 110-му остатку и начинает формирование С-концевого со 111-го. Взаимодействие между доменами усиливается тем, что участок 1-16 N-концевого домена контактирует с С-концевым доменом, а С-концевой фрагмент последнего (остатки 208-212) - с N-концевыМ - доменом. В каталитический центр входят остаток Cys-25 (в N-концевом домене), His-159 и Asn-175 (оба - в С-концевом домене). Заштрихованными прямоугольниками обозначены дисульфидные связи
смещением доменов относительно друг друга. Зоны, прилегающие к междоменному контакту; представляют собой в первом приближении впадину, опоясывающую белок. Это облегчает размещение участков специфического связывания , белком различных лигандов, дегидратацию последних.
Предполагают, что домены соответствуют раннему этапу эволюции
пространственной структуры многих белков, образовавшихся из гло-
„ 1 ш
бул существенно меньшего размера. Например, необычно маленькая протеиназа вируса иммунодефицита человека (ВИЧ), пептидная цепь которой состоит всего лишь из 99 аминокислотных остатков, по способу свертывания похожа на домены пепсина — протеиназы, действующей по сходному механизму. Поскольку протеиназа ВИЧ активна только как димер, можно думать, что она эволюционно родственна
120
какому-то древнему предшественнику доменов пепсина. Интересно, что границы доменов часто соответствуют границам экзонов. Это опять-таки 'позволяет предполагать, что они-могли выступать как своеобразные блоки в процессе эволюции белков.
Домены составляют подуровень структурной организации белка на пути от вторичной к третичной структуре, и свертывание достаточно крупных (белковых глобул при биосинтезе белка проходит, вероятно, через стадию формирования доменов.
6.7. ОБРАЗОВАНИЕ ТРЕТИЧНОЙ СТРУКТУРЫ БЕЛКА ИЗ ЭЛЕМЕНТОВ ВТОРИЧНОЙ СТРУКТУРЫ
1
» * в\
¦ “ ' >
' Укладка элементов вторичной структуры: «-спиралей, Д-структур-ных отрезков, Д-изгибов — в третичной структуре подчиняется по-видимому, определенным правилам.
Упаковка й?-спиралей. Для поверхности о-спиралей характерно образование гребней, разделенных впадинами — "канавками". Чаще всего такой гребень образуется боковыми радикалами аминокислот, которые разделены тремя аминокислотными остатками — боковая цепь г-го остатка оказывается в контакте с боковой цепью (г + 4)-го остатка, последняя — с боковой цепью (г + 8)-го остатка и т.д. Реже встречаются гребни, образованные t-, (г + 3)-, (г + 6)-м остатками. Вхождение гребня во впадину соседней «-спирали требует, чтобы угол между осями спиралей был близок соответственно —50° для гребня типа i + 4 или 20° для типа i + 3. Это .обеспечивает достаточно плотный контакт между боковыми цепями, наблюдаемый в реальных белках. Расстояние между осями контактирующих о-спиралей составляет ,6,8 — 12 А в зависимости от длины боковых цепей (в среднем 9 А); среднее ^захождение" боковых цепей друг за друга в контакте 2,3 А. Таким образом, при упаковке «-спиралей в пространственной структуре непосредственйо взаимодействуют только концы боковых цепей аминокислотных остатков.
Предыдущая << 1 .. 43 44 45 46 47 48 < 49 > 50 51 52 53 54 55 .. 140 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed