Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Соловьев В.В. -> "Использование ЭВМ в молекулярной биологии. Введение в теорию генетических текстов" -> 7

Использование ЭВМ в молекулярной биологии. Введение в теорию генетических текстов - Соловьев В.В.

Соловьев В.В. Использование ЭВМ в молекулярной биологии. Введение в теорию генетических текстов — Новосибирск, 1988. — 93 c.
Скачать (прямая ссылка): ispolzovanieevmvmolekulyarnoy1988.djvu
Предыдущая << 1 .. 2 3 4 5 6 < 7 > 8 9 10 11 12 13 .. 30 >> Следующая

Артемьев и др. /38/ разбили 188 промоторов на группы соответственно их эффективности (пример группы промоторов, наиболее активно инициирующих транскрипцию, см. на рис. 16), выявили обобщенную структуру для сильных промоторов - два возможных блока Прибнова ( ktatatr или та та а тк ) и две структуры для блока ГиЛЬберта ( NTT(G/C) ТТвАСА (А/С)ЖШ (G/G)TT(G/G)A(G/C)
А(а/т) тт(G/т)). Кроме того, отмечено, что почти у всех сильных промоторов транскрипция начинается с нуклеотида А (90 %), и ему в 76 % случаев предшествует С.
На основании этих данных предложено оценивать силу промотора по соответствию с этими обобщенными структурами. Оказалось, что наблюдается хорошая корреляция между функцией соответствия
20
и активностью промотора. Предцринят также ряд попыток более строгой количественной оценки сходства анализируемого промотора и консенсуса с учетом оптимальности расстояния между блоками /37; 46 - 48/. Данные методы успешно применяются для выявления промоторных сайтов во вновь секвенированных последовательностях, однако для оценки активности определенного промотора необходимо учитывать ряд дополнительных факторов, не связанных с консенсусной структурой.
2.2.3.2. Структура окружающих последовательностей. Наиболее сильные промоторы, как правило, имеют А-Т-богатые участки ( > 70 % А + Т) перед
-35 блоком /38/. Такие легкоплавкие области могут облегчать раскручивание двойной спирали ДНК, усиливая тем самым эффективность промотора.
Вторым фактором, который может играть роль в снижении энергетического барьера при разъединении нитей ДНК во время инициации транетфипции , является наличие в структуре промоторов комплементарных палиндромов /36/ и перекрывающихся прямых повторов /50/.
Анализ последовательностей промоторов показал, что комплементарные палиндромы чаще всего локализуются в районе старта транскрипции, на участке мезду -10 и -35 блоками и в районе -35 блока /38/. Отмечено также наличие комплементарного палиндрома в районе +5 - +20. Предполагается, что он может быть сигналом диссоциации б-субъединицы. Исходя из этого анализа, выдвинуто предположение, что при продвижении РНК-полимеразы вдоль промотора формируется скользящая шпилька, уменьшающая энергетические потери цри раскручивании двойной спирали ДНК. Аналогичную роль могут выполнять и прямые повторы, поскольку показано, что существует достоверная корреляция мезду количеством таких повторов и силой промотора. В связи с этим цредложе-на модель формирования открытого комплекса, приведенная на рис. 10 /50/.
2.2.3.3. Наличие множественных промоторов. Еще одним фактором, влияющим на эффективность функционирования промотора, является присутствие множественных связывающих сайтов РНК-полимеразы в районе промотора. Эти сайты могут выполнять роль ловушек, увеличивая вероятность нахождения
21
А *П
——.--tAACAASHemeAAWlAtOCAAAfAAAfOOAtACACtAfAMWfOOfllAASTl _-^HCHAACTiAflWACAlACOmAHtAC«AH»aAtAWCAC*Cfi*AATnAA
HttflflWWflW
e с
A A
С A
A t
t f -tAACAAWCAWQAAXHAWna If UWOCA ~
fijVCRACASACOTRASmCOBASQMAfASCCACACCAAAftfAAA
f
-АЯо
«САООМ С *
a e
C 5
A f
С
0
f
A
AAMQAVTQAANlAtOfAAASAA
f
CACOtmittACQCASOtQASAfCCIfiACCAAAnAAA-
WcttAA
*
A
молекул РНК-полимеразы в локальной окрестности промотора. Ьас-промотор представляет пример такого устройства, имея в зоне инициации транскрипции три перерывающиеся про-моторные структуры /43/.
2.2.3.4. Влияние суперспирали-з а ц и и ДНК. Частично рашфутив двойную спираль ДНК, замкнем ее в кольцо, сшив концы друг с другом и предоставив молекуле возможность вновь образовывать нормальную В-форму структуры ДНК. В этом случае то напряжение, которое возникло при. раскручивании, будет компенсироваться захфучиванием кольца в сверхспиральную структуру /7; 51/. Когда суперспирализация обусловлена предварительным раскручиванием двойной спирали, то она называется отрицательной и наоборот.
Уровень су(персшграли-зации определяется балансом между цротивоположными активностями ферментов топоизомера-зы I (релаксирущий белок) и ДНК-гиразы (топоизомеразы II) (суперспирализирувдий белок) или их ингибиторов. Мутации в этих белках изменяют эксцрессию многих генов /36/.
Появляется все больше данных о том, что суперспирализация ДНК - один из важных уровней регуляции транскрипции генов /52/. Во-первых, в кольцевых плазмидах транскрипция может идти в 50 -
. fAACAASfGAAnOAAMIA *
mntACafAMMAtAfCCACAOCAAAfCAAA —
\
инпив*
Рис. 10. Модель формирования открытого комплекса
22
Один виток
z-днк
100 раз интенсивней по сравнению с линейной формой. Во-вторых, суперсшгрализованная ДНК, как правило, существенно более активно транскрибируется, чем релаксированная /53/.
Одним из потенциально важных механизмов регуляции трапскрш-ции за счет изменения суперсщрализации может быть переход участка ДНК из В- в Z-форму, поскольку образование одного витка 2 -ДНК уменьшает на два число отрицательных супервитков (рис. II) /54/.
Таким образом, нуклеотидные последовательности, 01фужающие собственно промотор, могут существенно влиять на его эффективность. Появляются экспериментальные данные, что изменение силы промотора более чем на порядок может быть обусловлено как последовательностями до -35 блока, так и после старта транскрипции /36; 45; 55/.
Предыдущая << 1 .. 2 3 4 5 6 < 7 > 8 9 10 11 12 13 .. 30 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed