Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Соловьев В.В. -> "Использование ЭВМ в молекулярной биологии. Введение в теорию генетических текстов" -> 4

Использование ЭВМ в молекулярной биологии. Введение в теорию генетических текстов - Соловьев В.В.

Соловьев В.В. Использование ЭВМ в молекулярной биологии. Введение в теорию генетических текстов — Новосибирск, 1988. — 93 c.
Скачать (прямая ссылка): ispolzovanieevmvmolekulyarnoy1988.djvu
Предыдущая << 1 .. 2 3 < 4 > 5 6 7 8 9 10 .. 30 >> Следующая

10
2.1.1. ORi -реплтгаяшпт у бактерий. Анализ ohi -сайтов бактерий показал, что они состоят из участков, которые опознаются а связываются со специфическими белками, и спейсерных последовательностей, которые задают функционально значимые расстояния мезду этими участками. Размер 0S1 Л. coii 245 п.н. Когда нереплицирующуюся ДНК объединяли с от , то такая молекула была способна к автономной репликации /14/.
Детальный анализ структурных особенностей и выравнивание нуклеотидных последовательностей от -сайтов ряда энтеробактерий осуществлен Зискиндом и соавт. /15, 16/. Оказалось, что OKI достаточно консервативны (~70 - 80 %). Кроме того, отмечена их насыщенность А и Т нуклеотидами (59 -* 63 %), а также высокое содержание & А Т с-тракта (от 9 до II раз), который является сайтом метилирования лат -метилазы Е. coii
и, возможно, вовлечен в репарацию гетеродуплексов.
На основании сравнительного анализа и мутационных экейери-ментов построен консенсус минимального ОВТ бактерий (рис. 3) /16/ (прописными буквами обозначаются основания, присутствующие во всех бактериальных 02?! ; строчными - те, которые имеются в пяти от ; символами - присутствующие менее чем в четырех; приведены положения рестрикционных сайтов). Однако следует отметить, что такой фрагмент достаточен лишь дая односторонней репликации. Двухсторонняя репликация требует наличия в правой части этого района дополнительного фрагмента длиной 250 п.н. /17/.
Рис. 3. Консенсусная последовательность бактериального 0RI
Отличительной чертой 0RI , как и ряда других функциональных сайтов, является насыщенность прямыми и инвертированными повторами, способными формировать вторичные структуры ДНК /18, 19/. Кроме этих особенностей, в от -районе выявлены
«САСАдС'СМ АА»»ч»*С**сс6ТТ*ТтсТТтбоАТААСТАСс6вТТвАтСсл«5стттг1ч9сА9*9ттАтсСАС
eindlll^250
II
относительно консервативные промоторные последовательности. Экспериментальные данные свидетельствуют, что необходимость наличия РНК-полимеразы при инициации репликации, скорее всего, обусловлена способностью этого фермента открывать двойную спираль и возможно осуществлять синтез праймера /15; 17, 18/.
2.1.2. Ишшиятгия реплитсапии v dbaroB. Значительная часть информации о сигналах репликации получена при изучении ORI-районов различных фагов. Репликация таких двухцепочечных ДНК фагов, как Т7 и Т4,имеет много сходных черт с репликацией ^ высших организмов: репликация инициируется во множественных, сайт-специфических obi , ДНК-синтез двунацравлашпЗПГраз-рывный, запаздывающая цепь синтезируется с помощью коротких РНК-затравок /20/. По данным электронной микроскопии и мутационных тестов репликация фага 77 инициируется в специфическом сайте, локализованном на 15 % от левого конца генетической карты фага. Этот сегмент 200 п.н. содержит два тандемных промотора РНК-полимеразы фага 17 (Ф1.1А и Ф1.1В), за которыми следует А-Т-богатая область (рис. 4) /21/ (в прямоугольниках приведены два промотора; указано положение (АТ)-богатой области). Цредполагается, что РНК-шшмераза фага инициирует транс-
S’----CGCCAAATjCAATACGACGACTCACTftTAGAGGGtf|cAAACTCftAGGTCATTCGCAAGAGTGGCCT I I АТ
ПРОНОТОР 1.1 А
IjATrGACCrTCTTCCGGrJrAiiiTitiCGACrCACTArAGGAGft^CTTAAGGTTTAACTTTAAfiArnrTIY^nTnTT
ПРОНОТОР 1,1В AATTAGAGATTTAAATTAAAGAATTACTAAGAGAGGACTTYAAGT____3’
АТ - БОГАТЫЙ РАЙОН
Рис. 4. Нуклеотидная последовательность OBJ фага Т7
крипцию одного из двух промоторов, которая терминируется в А-Т-<5огатой области (включающей 8 повторов ТТАА) или транскрипт процессирувтся. ДНК-полимераза фага Т7 использует этот транскрипт как цраймер для инициации синтеза ДНК. Такой меха-
12
низм использования транскрипта наблюдается также в одноцепочечном фаге ЖЗ и двухцепочечной плазмиде со/Ш /21/.
Многие характеристики репликации были получены цри изучении этого процесса у одноцепочечных кольцевых фагов (MI3, 64, ФХ174). Наиболее простая система, в которой наблюдается инициация репликации непокрытой белком одноцепочечной фаговой ДНК или поли-Т матриц, требует лишь ДНК В-белка и цраймазы.
В такой неспецифической системе,общей для MI3, б-4, ФХ374 , синтезируются множественные праймеры, которые продлеваются с помощью холофермента ДНК-полимеразы III /22/.
В естественных условиях ДНК фагов покрыта SSB -белком, специфичным к одноцепочечной ДНК, а инициация репликации происходит в уникальных сайтах - на шпильках, не дестабилизированных SSB . В этой форме ДНК фагов MI3 праймируется с помощью FHK-полимеразы, а ФХГ74 и 64 - с помощью цраймазы.
т_т 2330
/ \
В районе шпилечных структур, занимающих
межгенную область в геноме MI3 и родственных ему одноцепочечных фагах FI и F3 , синтезируется цраймерная РНК /23, 24/. Этот процесс
I I
гт
2325 А•Т
I I
А•Т 2335
I I
в ФХ174 инициируется в уникальном сайте - шпильке размером 44 п.н.
(рис. 5), узнаваемой
2320 G•С
I I
G •С 2340
I I
2315 A G
А • Т
/ \
-белком, после чего формщ>уется праймосом-ннй комплекс. Праймеры,
I I
G А 2345
\ / С • G
Рис. 5. Шпилечная структура в области начала репликации фага ФП74 /22/
2310 'с • G7
Предыдущая << 1 .. 2 3 < 4 > 5 6 7 8 9 10 .. 30 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed