Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Пташне М. -> "Переключение генов. Регуляция генной активности и фаг" -> 16

Переключение генов. Регуляция генной активности и фаг - Пташне М.

Пташне М. Переключение генов. Регуляция генной активности и фаг — М.: Мир, 1989. — 160 c.
ISBN 5-03-000854-3
Скачать (прямая ссылка): pereklucheniegenov1989.djvu
Предыдущая << 1 .. 10 11 12 13 14 15 < 16 > 17 18 19 20 21 22 .. 56 >> Следующая

Репре сор
Сго
0»3
•iis
А С
Рис 2 НА Взаимодействия аминокислот с парами оснований Чтобы понять как располагаются определенные аминокислотные остатки в этих узнающих спиральных участках и как они пронумерованы, сравните приведенную схему с рис 2 3 и 2 11Б В обоих белках боковые остатки (группы, обозначенные R) аминокислот 1 2 5 и 6 направлены в сторону ДНК а остатки 4 и 7 в сторону белковой глобулы И в репрессоре и в Сго белке консервативные амино кислоты в узнающих спиральных участках (Gin и Ser в положениях 1 и 2) контактируют с консервативными парами оснований операюра (положения 2 и 4) С основаниями в положении 3 оператора репрессор не контактирует а Сго предпочитает ТА пару паре CG В положении 5 репрессор предпочитает ТА пару паре CG а Сго наоборот В положении 8 «рука» репрессора, которая здесь не показана предпочитает CG пару ТА-паре Эти представления не исчерпывают всех возможных ситуаций Например аминокислота лежащая за концом спирального участка 3 может контактировать с парой оснований в положении 6 оператора В обоих случаях изображена только половина операторного участка Вторые половины соответствуют консенсус последова тельности приведенной в табл 2 2
51
4*
Репрессор фага Л
Рис 2 11Б Узнающие спирали вынуты из большого желобка ДНК, с которой они взаимодействуют Обратите внимание на соответствие положений выступающих боковых групп аминокислот и оснований, с которыми они кон-
Обе узнающие спирали начинаются с дипептида глутамин-серин (Gln-Ser), а дальше последовательности различаются. Оба белка используют Gin в положении 1 и Ser в положении 2, чтобы образовать контакты с парами оснований 2 и 4 оператора соответственно. Это как раз те положения в
52
Белок Сго фага А
тактируют Основания оператора пронумерованы так же, как в табл 2 2, и три пары оснований, по которым различаются 0R1 и 0R3, отмечены звездочками Черным ромбиком обозначен центр симметрии оператора
операторе, которые, как показано в табл. 2.2, одинаковы во всех операторных половинах. Таким образом, репрессор и Сго используют одни и те же аминокислоты для контактов с идентичными основаниями во всех операторных участках.
Другие аминокислоты в узнающих спиралях позволяют
5^
К ДНК N—с'' н
.''Ч'" н сн2—си2—с -
5 «
\^J
Малый f f Т Большой
желобок 1*1 желобок
/Ч#А
| сн3
н
Глутамин
Рис 2.12 Взаимодействие одной из аминокислот с парой оснований Изображено контактирование глутамина с основанием А со стороны большого желобка. Между боковой цепью аминокислоты и экспонированными атомами основания образуются две водородные связи.
Спираль 1
Спираль 3
glyigto р gl^Wn! asnj \ ser aia \ /
Репрессор
Рис. 2 13. Консервативные аминокислоты в биспиральных узнающих элементах репрессора и белка Сго. В спирали 2 обоих белков имеется аминокислота (ala), которая взаимодействует с другой аминокислотой в спирали 3 В репрессоре ala взаимодействует с валином, а в Сго-с изолейцином. Эти связи обеспечивают правильное взаимное расположение спиралей. Той же цели служат аминокислоты мостика, соединяющего два спиральных участка Боковая цепь метионина сходна с боковыми цепями лейцина и валина
двум белкам различать операторные участки. Так, аланин (Ala) репрессора контактирует с основанием в положении 5, а аспарагин (Asn) и лизин (Lys) в Сго-с основаниями 3 и 5 соответственно. (Lys в белке Сго, кроме того, контактирует с основанием 6.) Обратите внимание, что пары оснований в этих положениях в двух операторных половинах различаются.
54
«Руки» л-репрессора контактируют с основаниями 8 и 9 оператора и также помогают репрессору различать разные операторные участки.
На рис. 2.12 изображено более детально взаимодействие одной из аминокислот с парой оснований, отмеченное схематически на рис. 2.11. Gin образует две связи с атомами аденина (А), экспонированными в большой желобок.
На рис. 2.13 показано, какие аминокислоты биспиральных элементов репрессора и белка Сго, находящиеся в одинаковом положении, совпадают или химически родственны (консервативны). (Эти консервативные аминокислоты не участвуют в узнавании специфических последовательностей.) Три из этих аминокислот расположены в изгибе, соединяющем две спирали, а две аминокислоты, соединенные на рисунке прерывистой линией, лежат по одной в каждой спирали. Эти остатки обеспечивают, по всей вероятности, постоянство угла между двумя спиралями. Шестой консервативный остаток расположен на «вершине» спирали, которая предшествует узнающей спирали. Он взаимодействует с фосфатной группой остова одной из цепей ДНК, обеспечивая тем самым правильное положение биспирального элемента относительно ДНК.
Многие известные и предполагаемые специфические ДНК-связывающие белки из целого ряда организмов имеют такое же или очень близкое расположение консервативных остатков, как репрессор X и Сго. В некоторых случаях такое расположение аминокислот использовалось в качестве теста на существование биспирального элемента, частью которого является узнающая спираль. Сходство не захватывает всю область биспирального элемента, а ограничивается лишь отдельными участками, которые, очевидно, фиксируют взаимное пространственное положение спиралей.
Предыдущая << 1 .. 10 11 12 13 14 15 < 16 > 17 18 19 20 21 22 .. 56 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed