Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Попов Е.М. -> "Проблема белка. Том 3: структурная организация белка" -> 286

Проблема белка. Том 3: структурная организация белка - Попов Е.М.

Попов Е.М. Проблема белка. Том 3: структурная организация белка — М.: Наука, 1997. — 604 c.
ISBN 5-02-001911-9
Скачать (прямая ссылка): problemabelkat31997.djvu
Предыдущая << 1 .. 280 281 282 283 284 285 < 286 > 287 288 289 290 291 292 .. 303 >> Следующая

взаимодействия почти со всеми остатками фрагмента Val3~Pro7 (_ц ^ ккал/моль), а гуанидиновая группа, имеющая целочисленный положительный заряд, - также и с С-концевым остатком Phe8, заряженным отрицательно (-2,9 ккал/моль). Остаток аспарагиновой кислоты практически не взаимодействует с остальной частью молекулы и ориентирован в окружающую среду. В конформации А2, энергия которой (0,9 ккал/моль) лишь незначительно превышает энергию А[, ситуация меняется: свободной оказывается боковая цепь остатка Arg2, а связанной - Asp1 В молекуле [Asn']-AT II в отличие от [Asp^-AT II отсутствует отрицательный заряд у одного остатка и резко ослабляется стабилизирующая энергия его электростатического взаимодействия с остатком Arg2. Это и служит причиной меньшей предпочтительности конформации А) по сравнению с конформацией А2, которая и становится наиболее выгодной.
К интересному результату, хорошо коррелирующемуся с биологической активностью [386], привел расчет AT III, отличающегося от AT II отсутствием в последовательности первого остатка. Удаление Asp1 существенно изменяет положение конформационного равновесия А <=> В, смещая его вправо. Наиболее выгодной становится конформация В4 (или В5, что одно и то же), а лучшая у AT II конформация А] приобретает высокую относительную энергию (7,4 ккал/моль) (см. табл. IV.26) и становится малореальной. Одна из причин повышения энергии по сравнению с В4 связана с большей величиной у этой конформации дестабилизирующей электростатической энергии взаимодействий положительных зарядов, принадлежащих основной и боковой цепям остатка Arg2. У конформации А] энергия ван-дер-ваальсовых взаимодействий остатка Arg составляет -14,0 ккал/моль, а у В4 —9,0 ккал/моль. Вторая причина смещения конформационного равновесия при отсутствии в последовательности ангиотензина N-концевого остатка Asp1 заключается в более компактной упаковке и, следовательно, в меньшей энергии дисперсионных межостаточных взаимодействий валентно-несвязанных атомов боковой цепи Arg2 в конформации В4 (-22,1 ккал/моль), чем в А] (-17,6 ккал/моль).
AT I - декапептид, содержащий в С-концевой части последовательности остатки His и Leu. Удлинение цепи заметно повлияло на распределение конформаций по энергии. Оно привело к большей детерминации конформационных состояний пептида, т.е. к ограничению конформационной свободы. Из структурного набора AT II фактически разрешенными остаются три конформации группы А (Аь А2 и А4), причем самыми низкоэнергетическими по-прежнему являются А[ и А2. Конформация А2 более выгодна по энергии, чем А], так как ее потенциальная поверхность более комплементарна поверхности дополнительного дипептидного фрагмента His9-Leu10. Заметное повышение у AT I энергии конформаций группы В, делающее их практически запрещенными, объясняется, во-первых, значительно более слабыми взаимодействиями участка His9-Leu10 с остальной частью молекулы (их энергия, например, у В! составляет -6,2 ккал/моль, в то время как у А2 и А| соответственно -11,3 и -9,4 ккал/моль), а во-вторых, потерей по стерическим причинам ряда стабилизирующих взаимодействий остатка Phe8, концевого у AT II и промежуточного у AT I
Энергетические матрицы внутри- и межостаточных невалентных взаимодействий атомов (ккал/моль) в конформациях А | (а) и В4(б) AT II (верхние строки) и [Рго3]-АТ II (иижиие строки)
а б
Asp1 Arg2 Val3 Tyr4 Val5 His6 Pro7 Phe8 Asp1 Arg2 Val3 Tyr4 Val5 His6 Pro7 Phe8
Pro3 Pro3
Asp1 0,1 -11,5 -0,2 0,2 0,1 0,1 0,1 0,6 Asp1 -0,4 -2,6 -0,2 0,1 0 0 0 -0,2
0,1 -12,0 -0,4 0,2 0,1 0,1 0 0,6 0,6 -2,0 -0,7 0,1 0 0,1 0 0,1
Arg2 0,4 -1,7 -2,7 -3,2 -1,2 -2,3 -2,9 Arg2 0,1 -1,8 -2,5 -3,0 -6,3 -0,4 -4,6
0,3 -2,7 -3,0 -3,7 -1,1 -1,6 -2,7 -0,7 -1,6 -2,4 -0,2 -0,4 -0,1 -6,6
Val3 0,5 -u -0,4 -0,1 0 -0,1 Val3 0,4 -1,1 -0,5 -0,1 0 0
Pro3 0,3 0,8 -0,3 -0,1 0 -0,1 Pro3 0,3 -1,0 -0,5 0 0 0
Туг4 1,6 -3,3 -4,9 -0,4 -0,3 Tyr4 1,4 -4,0 -3,7 -0,1 0,4
1,6 -3,3 -4,8 -0,4 -0,1 1,1 -3,9 -3,3 -0,2 0,3
Val5 0,9 -1,8 -0,9 -0,1 Val5 -0,7 -0,7 -0,4 -0,2
0,9 -1,7 -0,9 -0,1 -0,5 -0,7 -0,4 -0,2
Hls6 -0,1 -2,5 -4,9 His6 0,4 -3,1 -4,2
-0,1 -2,4 -43 0,1 -3,0
Pro7 0,1 -1,7 Pro7 0,2 -2,3
0,2 -2,0 0,2 -2,4
Phe8 1,5 Phe8 1.7
Предыдущая << 1 .. 280 281 282 283 284 285 < 286 > 287 288 289 290 291 292 .. 303 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed