Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Попов Е.М. -> "Проблема белка. Том 3: структурная организация белка" -> 254

Проблема белка. Том 3: структурная организация белка - Попов Е.М.

Попов Е.М. Проблема белка. Том 3: структурная организация белка — М.: Наука, 1997. — 604 c.
ISBN 5-02-001911-9
Скачать (прямая ссылка): problemabelkat31997.djvu
Предыдущая << 1 .. 248 249 250 251 252 253 < 254 > 255 256 257 258 259 260 .. 303 >> Следующая

Быть может, по этим или иным причинам Коэн, Стернберг и Тейлор [156-158] не стали обращаться к предсказательным алгоритмам, а сразу приступили к реализации второго пункта схемы, выбрав для демонстрации возможностей предлагаемого ими метода белки, изученные рентгеноструктурно, и взяв всю информацию о геометрии вторичных структур непосредственно из эксперимента. Они рассмотрели все способы упаковки Р-структурных сандвичей в 11 иммуноглобулиновых доменах, содержащих от 6 до 9 (3-складчатых листов. Для каждого домена рассчитано порядка 107— 108 различных сочетаний опытных вторичных структур. Количество
Значения двугранных углов <р, ф (град) некоторых остатков а-хнмотрнпсина н лизоцима на участках, считающихся регулярными вторичными структурами
Белок а-Сгшраль (3-Структура
Участок после Ф ? Участок после Ф ?
---- довательности довательности
Val231 -59 -39 Phe39 -110 131
Thr232 -49 -42 His40 -62 116
Ala233 -73 -13 Phe41 -121 -17
Leu234 -127 -3 Cys42 -161 164
Val235 -70 -25 Gly43 -105 178
Asn236 -62 ^5 Gly44 -170 172
Tip237 -63 -39 Ser45 -136 136
а-Химотрипсин Val238 -58 ---49 Leu46 -75 133
Gin239 -58 -42 lie47 -117 -15
Gin240 -65 -41 Asn48 -152 164
Thr241 -61 -43 Glu49 -71 -16
Leu242 -66 ---41 Asn50 -112 -9
Ala243 -57 ---40 Trp51 -136 147
Ala244 -85 -11 Val52 -123 135
Asn245 -130 20 Val53 -108 137
Val109 -57 -14 Asn39 -100 120
Ala110 -62 -36 Thr40 -70 -15
Trpm -67 -52 Gin41 -97 2
Лизоцим Arg1'2 -60 -42 Ala42 -60 136
Asn113 -85 -28 Thr43 -142 151
Arg114 -118 -9 Asn44 -141 125
Cys"5 -113 -51 Arg45 -83 135
Asn46 -109 151
Вариантов, отобранных для нахождения структур, напоминающих соответствующие кристаллические конформации доменов, составило от не-бкольких единиц до 4 тыс. комбинаций. Наименьшее среднеквадратичное отклонение атомов С“ оказалось равным 5,0 А. Эта цифра, учитывая небольшие размеры доменов (34-53 остатка) и использование в расчете Значительного экспериментального материала, свидетельствует о полной несостоятельности метода.
Аналогичная задача, отвечающая второй стадии комбинированного Метода, решалась в работе Бэржеса и Шераги [132], которая уже рассматривалась. В ней также конформационные состояния всех остатков Панкреатического трипсинового ингибитора были отнесены не с помощью эмпирических корреляций, а на основе кристаллической структуры молекулы. Оказалось, что рассчитанная с использованием такого идеального алгоритма предсказания, каким является эксперимент, конформация белка Даже отдаленно не напоминала его нативную структуру. Следовательно, Попытки уложить вторичные структуры в супервторичные и получить
грубое приближение глобальной конформации белка (второй этап комбинированного подхода), полагая успешно пройденным первый этап и считая известными не только а-спирали и P-структуры, но даже конформационные состояния остатков нерегулярных сегментов цепи, сталкиваются с непреодолимыми трудностями. Цель не может быть достигнута и на третьем этапе при использовании найденных ранее структур в качестве нулевых приближений для сверхупрощенных моделей (разд. 17.1).
Развитый в работах Ф. Коэна, М. Стернберга и соавт. [156-158, 168, 169, 171] подход не опирается на общую физическую теорию и единый метод расчета, устанавливающие логические и количественные связи между аминокислотной последовательностью белка и координатами атомов нативной конформации молекулы. Каждая стадия комбинированного подхода следует своим эмпирическим правилам, корреляционным соотношениям, предсказательным алгоритмам и методологическим приемам. Объединяющим (скорее, отягощающим) все его составные части началом служит традиционное, сложившееся еще в 1950-е годы, представление о пространственной организации белковой глобулы в виде ансамбля регулярных вторичных структур (концепция Полинга и Кори) с внутренним гидрофобным ядром и внешней гидрофильной оболочкой (концепция Козмана). Несмотря на отсутствие заметного прогресса и разочаровывающие результаты предсказаний, стремление решить проблему пространственной организации белков на основе эмпирического подхода не ослабевает ни в 1980-е, ни в 1990-е годы [107. Гл. 6, 7]. Оставаясь на тех же идейных позициях, работы последнего десятилетия приобретают большее разнообразие.
Предыдущая << 1 .. 248 249 250 251 252 253 < 254 > 255 256 257 258 259 260 .. 303 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed