Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Попов Е.М. -> "Проблема белка. Том 3: структурная организация белка" -> 199

Проблема белка. Том 3: структурная организация белка - Попов Е.М.

Попов Е.М. Проблема белка. Том 3: структурная организация белка — М.: Наука, 1997. — 604 c.
ISBN 5-02-001911-9
Скачать (прямая ссылка): problemabelkat31997.djvu
Предыдущая << 1 .. 193 194 195 196 197 198 < 199 > 200 201 202 203 204 205 .. 303 >> Следующая

Можно сделать еще одно замечание, общее для выполненных расчетов конформаций олигопептидов. Оно касается выбора исходных состояний аминокислотных остатков в самом начале фрагментарного анализа. Этот вопрос имеет принципиальное значение, поскольку на всех стадиях расчета олигопептида фигурируют только выбранные вначале состояния остатков. Используемые наборы конформаций монопептидов, как правило, менее представительны, чем количества состояний аминокислотных остатков, встречающихся в белках известной структуры. Например, согласно рентгеноструктурным данным остатки Lys и Arg в белках могут принимать ~ 30 различных конформационных состояний. Естественно допустить, что и у низкомолекулярных пептидов их число будет не меньшим. Во многих же расчетах олигопептидов, включающих остатки Lys и Arg, учитываются не более девяти конформационных состояний: по три для основной цепи (R, В, L) и по три для боковой цепи (%] ~ 60, 180, 60; %2 = Хз = %4 = 180°). Тем самым боковые цепи остатков фактически принимаются вытянутыми конформационно жесткими стержнями. При таком подходе, очевидно, нельзя рассчитывать на то, что найденные конформации олигопептида, действительно, представляют собой наиболее плотноупа-кованные структуры, обладающие минимальной энергией. Существенное сокращение объема вычислений за счет отказа от рассмотрения всех возможных состояний боковых цепей особенно подкупает авторов, по-видимому, тем, что оно не вступает в противоречие с их идейной позицией
в вопросе о приоритетном значении основной цепи в структурной организации пептидной молекулы.
Работы по конформационному анализу олигопептидов, перечисленные в табл. III.33, объединяет еще одна черта. Как результаты конкретных расчетов, так и использованные подходы ни в одном случае не прошли строгой экспериментальной проверки.
Принципы структурной организации олигопептидов. Выше были приведены мотивы, побудившие меня при формулировке общих выводов о характерных особенностях пространственного строения олигопептидов опираться лишь на расчетные данные собственных исследований (см. табл. 111.31). В результате можно сформулировать следующие принципы структурной организации низкомолекулярных природных пептидов.
1. В физиологических условиях пространственное строение природного Олигопептида описывается ограниченным набором низкоэнергетических компактных структур, стабильность которых обусловлена согласованностью всех внутри- и межостаточных невалентных взаимодействий.
2. Предпочтительные структуры олигопептида отличаются между собой шейпами пептидного скелета, в пределах одного шейпа - формами основной цепи и в пределах одной формы - ориентациями боковых цепей.
3. Смещение положения равновесия между предпочтительными структурами олигопептида осуществляется по определенному низкоэнергетическому механизму, включающему последовательные конформационные переходы.
4. Высокая чувствительность (легкая адаптируемость) положения конформационного равновесия природного олигопептида к окружающей среде (растворителю, рецептору, ферменту) и спонтанность конформационных переходов обусловлены строгой и альтернативной по своему характеру избирательностью низкоэнергетических конформаций к специфическим изменениям внешних условий.
Сформулированные принципы структурной организации природных олигопептидов являются необходимой основой для решения задачи структурно-функциональной организации этих соединений, обсуждаемой в следующем томе. Сейчас же важно отметить, что установление таких принципов подвело наше рассмотрение непосредственно к самому ответственному моменту исследования одной из фундаментальных задач проблемы белка - завершающему этапу изучения структурной организации белковых молекул и к решению вопроса о возможности априорного расчета их нативных трехмерных структур на основе известной аминокислотной последовательности, предложенной автором теории и разработанного им метода расчета. Перед обсуждением результатов конформационного анализа белков и количественной оценки функций дальних взаимодействий еще раз напомню о роли ближних и средних взаимодействий в структурной организации олигомерной аминокислотной последовательности.
При сравнении конформационных возможностей природных олигопептидов и белков следует иметь в виду некоторую условность такого разделения. Встречающиеся в природе последовательности содержат от нескольких единиц до многих сотен аминокислотных остатков. По мере

п/п
Природные олиго- и полипептиды
Число аминокислотных остатков в последовательности
Литературный
источник
_9_
J0
Л
Л
13
J4
15
16 17
J!
19
_20
2L
22
_23
24
2L
26
Л.
28
29
30
31
БПП,
БПП„
БПП„
Тимопеитин
Р-Казоморфин
Ангиотензин II
Окситоцин
Вазопрессин
Мезотоцин
Вазотоцин
Предыдущая << 1 .. 193 194 195 196 197 198 < 199 > 200 201 202 203 204 205 .. 303 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed