Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Попов Е.М. -> "Проблема белка. Том 3: структурная организация белка" -> 167

Проблема белка. Том 3: структурная организация белка - Попов Е.М.

Попов Е.М. Проблема белка. Том 3: структурная организация белка — М.: Наука, 1997. — 604 c.
ISBN 5-02-001911-9
Скачать (прямая ссылка): problemabelkat31997.djvu
Предыдущая << 1 .. 161 162 163 164 165 166 < 167 > 168 169 170 171 172 173 .. 303 >> Следующая

Набор начальных структурных вариантов Met-энкефалина формировался исходя из геометрии оптимальных конформаций отдельных аминокислотных остатков, известных из расчета соответствующих молекул метиламидов N-ацетил-а-аминокислот и оптимальных конформаций предварительно рассчитанного нами дипептида Phe4-Met5. Всего было получено 202 исходных конформационных состояния с 92 различными формами основной цепи, принадлежащими 16 шейпам, т.е. всем возможным в самом общем случае для пентапептида. На рис. III.24 представлено энергетическое распределение конформаций, полученных после минимизации энергии при вариации двугранных углов ф, \у, со и % всех остатков. Из приведенной гистограммы следует, что оптимальные конформации различных форм и шейпов основной цепи, образованные из самых выгодных состояний остатков, существенно отличаются по энергии. Дифференциация оптимальных структур Met-энкефалина имеет место не только по шейпам, но и по формам основной цепи и конформационным состояниям. Предпочтительность для данной последовательности структур со свернутой основной цепью по сравнению с развернутой достаточно очевидна, поскольку у свободной молекулы только в этом случае сближенными оказываются боковые цепи Туг1 и Phe4, Met5. Шейпы пептидного остова efff, effe и jffc/предоставляют возможность для образования в условиях плотнейшей упаковки стабилизирующих контактов между N- и С-кон-цевыми остатками. Следует отметить, что у последовательности Met-энкефалина, имеющей два смежных остатка Gly, энергетически выгодное
°1 1
1-
2- 1 2
ё 3- - 4 2
о 1 - - -
S
4-
5 1 1 1 1 1
*
* 5
а 2 2 - 2 - - - 1
- 1 - 2 - 4 - 3

8- 1 2 - 2 - - 2 - 8 - -
9 8 1 3 - 2 3 - 1 2 1 - - 2
7 2 3 1 2 - 11 3 1 3 - 1 1 2 1
Конфор 19 14 8 11 4 8 36 12 14 6 4 16 22 4 9 25
мация
Форма 4 12 4 5 4 6 4 7 6 4 4 6 8 4 6 8
Шей п й» 1eeef \ •2L (U й» fc й» •а. •а. ? § ? ? 1
й» 5! -а -а. й» ? -а. (U
й» й»
Рис. 111.24. Энергетическое распределение оптимальных конформаций Ме(-энкефалина
свертывание основной цепи осуществляется не за счет а-спиральных R-форм остатков, а путем комбинации иных форм, различных у разного типа структур. Так, например, самая лучшая а-спиральная конформация полностью свернутого шейпа ffjf с формой основной цепи RRRRR уступает около 6,0 ккал/моль наиболее выгодной конформации этого же шейпа с формой BHRBL.
В табл. Ш.21 для пяти самых низкоэнергетических конформаций разных типов Met- и Leu-энкефалинов приведены величины энергетических вкладов в конформационную энергию от дисперсионных, электростатических и торсионных взаимодействий и водородных связей. Таблица интересна тем, что демонстрирует неодинаковую природу стабилизирующих сил у конформаций разных шейпов и, следовательно, указывает на возможность эффективного воздействия внешних факторов на положение конформационного равновесия. Глобальная конформация Met-энке-фалина (Uo6ui = 0 ккал/моль) наиболее компактна, так как имеет минимальную энергию дисперсионных взаимодействий. Следующая за ней конформация шейпа fffe (Uo6m =1,5 ккал/моль) предпочтительнее по энергии электростатических взаимодействий и водородных связей. Расчет проведен применительно к условиям полярной среды с использованием диэлектрической проницаемости ? = 10 и энергии оптимальной водородной связи UBC = -1,5 ккал/моль. При переходе к неполярной среде и гидрофобному окружению уменьшается величина е, увеличивается (/вс и, кроме того, понижается значение внутримолекулярных дисперсионных взаимодействий
Относительная энергия (1/^) и энергетические вклады ван-дер-ваальсовых ({/вдв), электростатических (VM), торсионных (Uropc) взаимодействий н водородных связен (1!ж) (ккал/моль) у предпочтительных оптимальных конформаций разных шейпов молекул Met- и Ьеи-энкефалинов
Шейп Конформация ^ойщ ^вдв
Met-энкефалин
efff B213BHR23B212 0 -18,1 -1,6 1,0 3,8
Jffe B232LHB23R222 1,5 -12,6 -2,8 -1,4 3,5
ffff ®232^®B23^22 2,4 -13,3 -1,6 -1,1 3,5
Предыдущая << 1 .. 161 162 163 164 165 166 < 167 > 168 169 170 171 172 173 .. 303 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed