Проблема белка. Том 3: структурная организация белка - Попов Е.М.
ISBN 5-02-001911-9
Скачать (прямая ссылка):
Cys3 Rj. B, R3 R3 Ri
f e f f f
t 4 R2222 B2222 R2222 R2222 R2222
Lys
f e f f f
Ala5 В R В В R
e f e e f
Pro6 R R R R В
f f f f e
Glu7 B311 R311 R311 R311 B3U
e f f f e
Thr8 B31 H31 Rn B31 Rj/
Предложенные пространственные модели молекулы апамина
Аминокислот Метод
TKA (ab initio) [85-89] КД [91] ЯМР [72, 92] ЯМР (2D) [81] Модельное построение
[90]
Шейп Конформа Шейп Конформа Шейп Конформа Шейп Конформа Шейп Конформа
ция ция ция ция ция
о e e / e /
Ala R R R R R
Leu10 f f / f /
r32 «32 «32 R32
Cys" e B,2 f / f /
R3 R> r2 R2
. . 12 e f / f /
Ala R R R R R
Arg13 f B2223 f / f /
«2221 R2223 «2223 R2223
Arg14 e B3222 f / f /
«3222 «3222 «3222 R3222
Cys'5 € R22 f / f /
R3 «3 r2 Ri
f B2I3 f / f /
Gin16 «213 «213 «212 R213
Gin17 e f / f /
R311 «311 «311 В311 R3n
His18 e f e e /
^93 B33 ^13 B33 B33
на основе результатов исследования спектров ЯМР и КД молекулы. Поскольку наблюдаемые спектральные характеристики значительно усту. пают по количеству описывающим структуру переменным и, к тому же далеко не всегда поддаются однозначной трактовке, то для построения структуры дополнительно привлекаются атомные модели, алгоритмы предсказания вторичных структур и всякого рода косвенные соображения, Очевидно, такой подход лишен предсказательной силы, а поэтому рассматриваемое ниже сопоставление рассчитанной априорно геометрии апамина с так называемыми экспериментально найденными структурами молекулы не может иметь контрольной функции и лишь преследует цель оценить последние с позиции предложенной автором и использованной в анализе пептида конформационной теории.
Известные "экспериментальные" структуры апамина и рассчитанная ab initio конформация молекулы, выраженные через идентификаторы и шейпы пептидного скелета, представлены в табл. III. 14. Приведенные в таблице данные (за исключением первой колонки) отвечают значениям двугранных углов ср, у и %, полученных К. Фриманом и соавт. [90] при минимизации энергии. Исходными приближениями служили структурные модели, предложенные в работах [72, 81, 91, 92]. За нулевые конформационные состояния боковых цепей, оставшиеся неопределенными в экспериментальных исследованиях, были приняты среднестатистические ориентации в белках, трехмерные структуры которых известны [93].
