Проблема белка. Том 2: Пространственное строения белка - Попов Е.М.
ISBN 5-02-001697-7
Скачать (прямая ссылка):
Декапептидный лиганд в фермент-ингибиторном комплексе имеет конформацию (3-складчатого листа, вытянутого вдоль субстрат-связывающей щели (табл. 1.3 [373—379, 391]). Его карбоксиэтиленовая группа между двумя остатками Leu занимает в активном центре фермента положение чувствительного места субстрата и образует водородные связи с карбоксильными группами каталитических остатков Asp-32 и Asp-215. Конформационные состояния основных и боковых цепей всех остатков ингибитора в комплексе с ренином отвечают наиболее низкоэнергетическим формам свободных аминокислот, и в то
94
Таблица 1.3
Двухгранные углы вращения ср, ф, ш (град) основной цепи ингибитора СН-66 в активном центре реннна и ингибиторов U-85548e, JG-365 и MVT-101
в активном центре протеиназы HIV-X
Ренин Протеиназа HIV-1
Положение Остатки CH-66 Остатки U-85548e Остатки JG-365 Остатки MVT-101
остатков
Ф Ф (0 <P Ф (0 <P Ф (0 <p Ф (0
р5 His -76 114 -170 Val --- 11 175 --- ---
р4 Pro -81 147 -175 Ser -106 126 178 Ser -64 169 180 ---
Рз Phe -103 123 180 Gin -108 148 -177 Leu -123 138 178 Thr --- 125 -176
Р2 His -111 92 -178 Asn -138 101 -178 Asn -143 104 180 Пе -121 92 -178
Pi Leu(40 -101 44* 167* Leu OP) -97 63* 133* Phe (?) -94 47* 151* Nle m -92 72* 142*
Ч' Leu -89* 130 177 Val -56* 150 173 Pro -57* 174 175 Nle -92* 154 -179
Р2 Tyr -75 133 174 Пе -139 124 177 Пе -130 122 -177 Gin -151 123 178
Рз Tyr -130 145 -174 Val -126 157 --- Val -143 138 --- Arg -81 129 ---
Р' Ser -85 ---
*3начения углов отвечают нестандартным участкам Pj---ингибиторной цепи.
Таблица 1.4
Остатки ренина, атомы которых образуют близкие контакты с атомами ингибитора
СН-66 (< 4,2 А) [391]
Субстратсвязы- Остатки ренина, образующие субстратсвязывающие карманы
вающие карманы
S6 Leu-10, Ser-12, Phe-220, Leu-276, W7, W8, W138
S5 Ser-12, Pro-111, Leu-114, Ser-219, W7, W8
s4 Ser-219, Phe-220, His-287, W77, W138, W147
S3 Gln-13, Ser-77, Pro-111, Leu-114, Ala-115, Phe-117, Gly-217, Ser-218,
Ser-219, W7,W11,W77
S2 Tyr-75, Gly-76, Ser-77, Ser-218, Ser-222, His-287, Met-289, Val-300,
W77, W147
Si Asp-32, Gly-34, Tyr-75, Phe-117, Val-120, Asp-215, Gly-217
Si Gly-34, Ile-73, His-74, Tyr-75, Gly-76, Glu-128, Val-130, Val-213,
Asp-215, Ile-291, Val-298, Val-300, W76, W87
S2 Gly-34, Ser-35, Ile-73, His-74, Tyr-75, Glu-128, Val-130, Ile-291,
Thr-295, W28, W73, W74, W76
. S3 His-74, Tyr-75, Gly-76, Ile-291, Pro-292, Thr-295, W74, W75
S4 Pro-294, Thr-295, W75
же время, являясь развернутыми структурами, предоставляют наилучшие условия для эффективных взаимодействий с остатками активного центра фермента. В табл. 1.3 приведены значения двухгранных углов ср, ф и to, определяющих геометрию основной цепи ингибитора ренина (СН-66) [391] и трех ингибиторов аспартатной протеиназы HIV-1 (U-85548е, JG-365, MVT-101) [374—376]. Из сопоставления следует, что совершенно разные ингибиторы при ассоциации с активными центрами аспартатных протеиназ млекопитающих и ретровируса принимают близкие конформационные состояния. Во всяком случае, различия в значениях двухгранных углов ингибитора ренина и HIV-1 протеиназы не больше, чем различия углов ингибиторов одного фермента. Этот факт, как и данные табл. 1.2, свидетельствует о близких структурных мотивах субстратсвязывающих центров аспартатных протеиназ, независимо от их источника.