Проблема белка. Том 2: Пространственное строения белка - Попов Е.М.
ISBN 5-02-001697-7
Скачать (прямая ссылка):
lie-» Ala-55 » 0,7 0,8 1,3 0,5 0,6
Asn-»Ala-58 Оз-петля 1,9 2,0 2,2 № ?L9
1 .vs--->Are-62 » 0,3 0,4 0,4 м 0*9
He---»VaI-76 (^-Структура -0,1 0 0.9 0 0
Asn--->Ala-77 04-Петля 0 0 1,9 0 0
Tyr-»Phe-78 » 0,2 0,2 1,4 0,1 0,1
Asn-»Ala-84 » 0,4 0,3 2,2 0,2 0,1
lie--->VaI-88 Рз-Структура 0,9 1,3 1,4 0,7 0*9
Leu-»Val-89 » 0,1 0 0 0,5 0,1
Ser-»Ala-91 » 1,1 1,8 1,9 0,7 0,9
Ser--->Ala-92 ^2-Изгиб 1,7 2,6 2,7 0,6 1,0
He---»Val-96 (^-Структура 0,6 0,5 0,9 0,6 0,6
Thr--->Val-105 ^-Структура 0,7 1,1 2,2 0,3 0,5
He--->Val-109 С-Конец 0,1 0,1 0,8 0,2 0,2
Примечание. Выделены аминокислотные остатки, конформации которых в промежуточном (I) и
переходном (TS) состояниях Гшгоки конформациям в свернутой структуре барназы.
403
состояниях. Используя представленные в табл. III.6 данные, Фершт и сотрудники следующим образом описывают порядок структурирования белковой цепи барназы по ходу ее свертывания.
1. Укладка цепи начинается в промежуточном состоянии (I) и усиливается в переходном (TS) путем формирования главной гидрофобной нуклеации Nucli. Из 13 образующих Nucl, гидрофобных остатков у шести (Val-10, Leu-14, Ile-76, Ile-88, Ile-96, Ile-109) были опробованы конформационные состояния путем исследования соответствующих мутантов с "ненарушающими делециями". Оказалось, что конформации остатков Ile-76, Ile-109 отвечают развернутой форме (фь ф-г5 = 0, 0; 0,2, 0,2), Val-10, Leu-14 и Ile-96 — неопределенному состоянию (ф], фТ5 = 0,3, 0,3; 0,5, 0,6 и 0,6, 0,6) и лишь у одного остатка, 11е-88, конформации в промежуточном (ф; = 0,7) и переходном (фХ5 = 0,9) состояниях в той или иной мере могут соответствовать конформации в свернутой структуре белка (N). Таким образом, непосредственные результаты исследования не дают достаточных оснований для сделанного в работе заключения о раннем формировании Nuclj [139].
2. Далее, авторы утверждают, что нуклеация Nucl3 начинает образовываться в промежуточном состоянии, а в переходном уже представляет собой компактную структуру [139]. Этот вывод не только не подтверждается, а прямо противоречит имеющимся результатам исследований, представленным в табл. III.6 [138, 139]. Из семи остатков, входящих в Nucl3, значения ф! и фТ5 получены только для одного Leu-89. Но и они (ф! = 0,5, ф-Г5 = 0,1) скорее свидетельствуют не о денатурации конформационного состояния остатка, а об обретении им по ходу укладки белковой цепи большей свободы, что представляется малоправдоподобным.
3. В работе [139] говорится, что нуклеация Nucl2 не формируется вплоть до переходного состояния. Действительно, рассчитанные для четырех мутантов из восьми, входящих в Nucl2, значения ф] и фТ8<, попадают в интервал -0,3—0,1, что свидетельствует о конфор-мационной свободе остатков Ile-25, Val-45, Ие-51 и Туг-78 в состояниях I и TS', такой же, как у белковой цепи в состоянии D.
4. О поведении в процессе свертывания белковой цепи нерегулярных вторичных структур П,—05 авторы[139] дают следующее заключение. Петли П2, П4 и части петель Qb П5 остаются развернутыми вплоть до переходного состояния и лишь петля П3 приобретает детерминированную форму. Приведенные в табл. III.6 данные не противоречат сделанному выводу, хотя их так мало, что нельзя быть уверенным в его справедливости. Анализ мутантов с единичными заменами трех остатков в петле одного — в петле П2 и трех — в П4, действительно, указывает на развернутое состояние белковой цепи и местах мутаций, а с заменами двух остатков в петле Q3 — на свернутое состояние. Данные же о петле П5 в работе отсутствуют.
5. Элементы (3-структурной системы начинают образовываться на стадии промежуточного состояния и при подходе к переходному
404
состоянию приобретают завершенный вид. Вывод не подтверждается результатами их собственного исследования. Имеющиеся данные говорят об обратном. Из пяти (3-складчатых листов трехмерной структуры барназы, четыре, а именно: (3,, (32, Э4 и (35, не имеют сформировавшихся конформаций в состояниях I и TS. Более того, на этом участке ренатурации у них не обнаруживается и тенденции к структурированию. Только у (Зз-складчатого листа (последовательность 85—91) конформации остатков Ие-88 и Ser-91 приближаются к нативным (в обоих случаях ф] = 0,7 и фт5 = 0,9).
