Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Попов Е.М. -> "Проблема белка. Том 2: Пространственное строения белка" -> 122

Проблема белка. Том 2: Пространственное строения белка - Попов Е.М.

Попов Е.М. Проблема белка. Том 2: Пространственное строения белка — М.: Наука, 1996. — 480 c.
ISBN 5-02-001697-7
Скачать (прямая ссылка): problemabelkat21996.djvu
Предыдущая << 1 .. 116 117 118 119 120 121 < 122 > 123 124 125 126 127 128 .. 232 >> Следующая

260
конформационных свойств отдельных аминокислот. Для рибонуклеазы, субтилизина, карбоксипептидазы, рубредоксина и ряда других белков индекс предсказания Р близок к 0, т.е. точность предсказания "нона-пептидного" алгоритма практически отвечает случайному отнесению состояний. Таким образом, можно заключить, что подход к решению проблемы средних взаимодействий, предложенный Бэржесом и сотр., не является эффективным. Трудно согласиться с мнением авторов, что разработанный ими алгоритм может служить основой для установления связи между аминокислотной последовательностью и окончательной третичной структурой.
Любопытный эксперимент по проверке предсказательной способности различных эмпирических корреляций между первичной и вторичными структурами был проведен с аденилаткиназой. Исследователям, занимающимся разработкой предсказательных схем, были разосланы данные по аминокислотной последовательности белка с предложением определить его структурные особенности. При этом никто из них не был информирован заранее о результатах расшифровки трехмерной структуры аденилаткиназы. Полученные ответы с предсказаниями вторичной структуры белка были опубликованы вместе с экспериментальными данными [102]. Сопоставление теоретических и опытных данных, приведенных в табл. II.4, показывает, что ни один из методов определения вторичных структур не может считаться надежным.
В 1970-е годы большое внимание уделяется концепции а-спираль-ного механизма самоорганизации белковой глобулы, первоначально предложенной Шерагой и соавт. в 1971 г. [75]. Создание третичной структуры, согласно этой концепции, начинается с образования в развернутой белковой цепи преимущественно а-спиралей, которые служат инициаторами дальнейшей сборки макромолекулы. Спирализа-ция осуществляется за счет локальных взаимодействий. В процессе свертывания цепи взаимодействия спиралей, т.е. дальние взаимодействия, могут привести как к их дополнительной стабилизации, так и дестабилизации и разрушению.
На этой основе, предполагая, правда, сохранение спиралей, образовавшихся в начале структурирования, О.Б. Птицын и А.А. Рашин в
1973 и 1975 гг. описали самоорганизацию глобулярной конформации апомиоглобина [103, 104]. Процесс свертывания представлен несколькими последовательными стадиями. Первая стадия заключается в образовании на ряде участков цепи а-спиралей, наблюдаемых в нативной конформации белка. Спирали, как и в работе Гуццо [61], аппроксимируются жесткими цилиндрами. Далее соседние по цепи а-спирали агрегируют и образуют так называемые центры кристаллизации; последние, взаимодействуя друг с другом таким образом, что гидрофобные остатки оказываются экранированными от воды, собираются в окончательную компактную структуру. Метод не компьютеризирован и не приложим к белкам, построенным неполностью из а-спиралей. Ясно, что представление Птицына и Рашина о механизме самоорганизации белков глобулы может служить лишь
261
Таблица II.4
Предсказания вторичных структур аденнлаткнназы [102]
Количество предсказательных остатков
Авторы предсказательных а-Спираль 3-Структура 3-Изгиб
алгоритмов
Правиль Непра Правиль Непра Правиль Непра
ные вильные ные вильные ные вильные
К. Барри и С. Фридман 56 59 --- --- --- ---
(1974 г.)
П. Чоу и Г. Фасман 70 49 20 33 28 28
(1974 г.)
А.В. Финкелъштейн и 79 38 13 16 ---- ---
О.Б. Птицын (1971 г.)
Б. Робсон н Р. Пейн 42 71 --- --- --- ---
(1974 г.)
В.И. Лим (1974 г.) 82 52 13 16 --- -
К. Нагано (1974 г.) 61 55 22 54 38 35
Д. Котельчук и Г. Шерага 41 98 --- --- --- ---
(1968 г.)
П. Льюис и Г. Шерага 46 78 --- --- --- ---
(1970 г.)
П. Льюис и Г. Шерага --- --- --- --- 33 27
(1971 г.)
А. Бэржес и соавт. 21 87
(1974 г.)
качественной иллюстрацией правдоподобного пути самосборки высокоспиральных белков при непременном условии, что их трехмерные структуры уже известны. Сказанное справедливо и для серии более поздних аналогичных исследований Ф. Коэна и М. Стернберга (1979— 1983 гг.).
Предыдущая << 1 .. 116 117 118 119 120 121 < 122 > 123 124 125 126 127 128 .. 232 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed