Искусственные генетические системы. Том 1 - Патрушев Л.И.
Скачать (прямая ссылка):
Глава 1. Рациональный дизайн и редизайн белковых молекул .... 279
1.1. Проектирование новых белков и ферментов ........... 279
1.1.1. Энергетические требования, предъявляемые к новой белковой конструкции............................ 279
1.1.2. Выбор пространственной структуры............. 281
1.1.3. Комбинаторная проблема обратного дизайна белков ................................................ 281
1.1.4. Дизайн поверхности белковой глобулы.......... 282
1.1.5. Примеры использования методов рационального
дизайна........................................ 282
1.1.6. Ландшафт функциональности среди пространства
последовательностей белковых молекул .......... 284
1.2. Методы направленного мутагенеза ................... 286
1.2.1. Получение делеций и вставок.................. 287
1.2.2. Мутагенез с использованием олигонуклеотидов .... 290
1.2.3. ПЦР с перекрывающимися праймерами............ 294
1.2.4. Мегапраймеры в направленном мутагенезе....... 298
1.2.5. Мутагенез с использованием нонсенс-супрессоров ... 302
1.3. Химико-ферментативный синтез в создании полусинте-
тических полипептидов: лигирование синтезированных белков...................................... 306
1.3.1. Полусинтетические белковые молекулы в создании новых полипептидов ............................. 307
1.3.2. Сплайсинг и транс-сплайсинг белков в лигировании
пептидов ...................................... 312
1.3.3. Метод EPL в белковой инженерии............... 316
Глава 2. Направленная эволюция белков ....................... 319
2.1. Комбинаторные клонотеки последовательностей нуклео-
тидов............................................... 321
2.2. Методы введения случайных мутаций ................. 323
2.2.1. Химический мутагенез ........................ 324
2.2.2. Синтез ДНК с ошибками ....................... 326
2.2.3. Случайное объединение гомологичных и негомологичных участков генов............................. 327
2.3. Скрининг и отбор белков с требуемыми свойствами ... 332
2.3.1. Фаговый дисплей.............................. 333
2.3.2. Клеточный дисплей ........................... 349
2.3.3. Рибосомный дисплей и мРНК-дисплей............ 351
2.3.4. N-гибридные системы в исследовании белков ... 355
Глава 3. Достижения белковой инженерии....................... 369
3.1. Химические модификации белков ..................... 369
3.1.1. Искусственные поперечные сшивки в белках..... 370
3.1.2. Оптимизация ферментов для функционирования
в неводных средах ............................. 372
3.1.3. Молекулярный импринтинг...................... 374
3.2. Гибридные белки ................................... 375
3.2.1. Гибридные ферменты........................... 376
3.2.2. Зеленый флуоресцирующий белок (GFP) и его
аналоги в качестве белков-репортеров........... 382
3.2.3. Гибридные токсины ........................... 392
3.3. Экстремозимы ...................................... 397
3.3.1. Экстремофилы и их ферменты................... 397
3.3.2. Достижения белковой инженерии в повышении
стабильности ферментов ........................ 399
3.4. Белковая инженерия антител......................... 403
3.4.1. Моноклональные антитела ..................... 403
3.4.2. Рекомбинантные антитела ..................... 409
3.4.3. Антитела, обладающие ферментативной активностью: абзимы......................................... 427
3.5. Пептидные аптамеры ................................ 433
3.6. Изменение специфичности ферментов ................. 435
3.6.1. Проблема изменения специфичности ферментов:
желаемое и действительное...................... 437
3.6.2. Рестриктазы ................................. 442
3.6.3. Изменение стереоспецифичности ............... 444
Глава 4. Комбинаторная белковая инженерия в природе: ксено-
биоз? .............................................. 447
Глава 5. Белковая инженерия в поисках полипептидов, максимально отвечающих требованиям современной биотехнологии .................................................... 454
5.1. Изменение парадигмы оптимизации биотехнологических процессов.................................. 454
5.2. Современные технологии, позволяющие улучшать свойства ферментов................................. 455
Литература .................................................. 462
Предметный указатель......................................... 484
Англо-русский словарь использованных словосочетаний ......... 511
Contents
Editor-in-chief preface ................................................... 5
