Генетика популяций - Хедрик Ф.
ISBN 5-94836-007-5
Скачать (прямая ссылка):
Lewis 0,243 (0,784)
Средняя
Задачи
1. При исследовании сайта SNP, сегрегирующего в популяции шимпанзе на нуклеотиды С и G, обнаружены следующие количества обезьян с разными генотипами:
С/С C/G G/G
11 42 64
Какова частота нуклеотида G и ожидаемая численность особей с указанными генотипами?
2. В результате популяционных исследований микросателлитного локуса у Drosophila обнаружены следующие генотипы:
AtA{ А{А2 А{А} А2А2 А2А} А}А}
8 38 121 27 252 401
Вычислите частоты всех аллелей и проверьте, отличаются ли они от соотношений Харди-Вайнберга.
3. Допустим, что частоты аллеля Л2 аутосомного локуса равны 0,8 у самцов и 0,4 - у самок. Вычислите частоты генотипов для последующих двух поколений, воспользуйтесь двумя последними уравнениями выражения 2.6Ь.
4. Предположим, что частоты аллеля Ах одного из локусов гапло-дип-лоида равны 0,0 у самцов и 0,3 у самок. Какова частота аллеля у этих двух полов в последующих четырех поколениях? Изобразите результаты в виде графика. Через сколько поколений частота аллеля у самок будет отличаться от средней частоты аллеля менее чем на
0,001?
5. Исследование аллоферментных локусов у самоопыляемых видов растений выявило следующие соотношения:
F FS S
25 14 21
Используя выражение 2.15а, вычислите для этих данных значение X2. Найдите х2, используя ожидаемые величины из выражения 2.16.
6. Исследование микросателлитного локуса в популяции змей выявило следующие соотношения:
Фенотип 120 120/122 122
Количество 17 18 14
Какова оценочная частота нуль-аллеля?
7. Частота новорожденных американцев европейского происхождения с аутосомно-рецессивным заболеванием муковисцидоз равна примерно 1 на 2500. Какова оценочная частота рецессивного аллеля и доля индивидов, гетерозиготных по этому аллелю? Какова доля браков между двумя носителями этого аллеля в свободно скрещивающейся популяции?
8. В популяции пятнистой совы обнаружено семь гаплотипов мтДНК в количестве 1, 4, 3, 21, 4, 1 и 7. Каковы оценочные частоты этих гаплотипов? Каково оценочное значение разнообразия мтДНК при поправке на малую выборку?
9. В выборке из английской популяции березовой пяденицы было 307 особей с темным фенотипом melanic, 5 - с фенотипом insularia и 448
- с фенотипом typical. Каковы оценочные частоты этих трех аллелей?
10. Допустим, что частота аллеля А] двухаллельного локуса равна 0,3. При какой наблюдаемой гетерозиготности величина F составит -0,05? Какой размер выборки требуется для обнаружения данной величины?
11. В выборках из двух человеческих популяций (х = 25 индивидов, у = 50 индивидов) обнаружены следующие частоты аллелей двух сайтов SNP:
С G Т G х 0,22 0,78 0,04 0,96
у 0,37 0,63 0,03 0,97
Для того,чтобы определить, достоверны ли различия между популяциями, вычислите величину %2. Определите значение D для каждого из локусов и для двух локусов вместе.
12. Предположим, что у пяти различных индивидов обнаружены следующие последовательности мт ДНК:
AATCGAGACTTTAGC
ATTCCAGAATTTAAGC AATCGAGACTTTAGC TATCGAGACTATCCC Каковы оценки величин рп и я?
13. С помощью одного из программных пакетов, перечисленных в таблице 2.1, решите одно из перечисленных выше заданий.
14. У индейцев гавасупаи найдены следующие ожидаемые и наблюдаемые значения гомозигот и гетерозигот по локусу HLA-A:
Какова вероятность наблюдения различий такой степени? Представьте, что вы проводите одностороннее тестирование, чтобы определить вероятность наблюдения данного или большего числа гетерозигот. Воспользуйтесь биномиальной формулой с ожидаемыми соотношениями двух классов, которые вычислены, исходя из ожидаемых количеств гетеро- и гомозигот в нижней строке.
15. Четыре последовательности длиной 900 п.н. различаются между собой по следующему числу пар нуклеотидов: 1,4, 2, 5, 6, 10. Какова оценка нуклеотидного разнообразия этих последовательностей?
Сайт 1 Сайт 2
Гетерозиготы
Гомозиготы
38
48,4
Наблюдаемые
Ожидаемые
84
73,6
ГЛАВА 3
ПОНЯТИЕ ОБ ОТБОРЕ
Важность великого принципа Отбора заключается в возможности отбора едва заметных различий.... которые могут аккумулироваться до тех пор, пока результат не станет очевидным для любого.
Чарльз Дарвин (1859)
Отбор - это своего рода корзина для бумаг, которая содержит все направленные изменения частоты генов, не затрагивающие мутации или интродукцию извне.
Сьюэл Райт (1955)
Естественный отбор представляет собой сложное явление, которое трудно оценить количественно, хотя он и считается основной движущей силой эволюции. Большинство фенотипических признаков, например форма тела и окраска у насекомых, размеры и физиологические параметры у млекопитающих, появились в результате естественного отбора. Эти признаки используются для классификации и ассоциированы с определенными видами. Другими словами, эти фенотипы были адаптивными для конкретной популяции, поэтому их частота увеличивалась и они стали характерными для данного вида. Считается, что такие фенотипические признаки отражают генетический состав популяции или вида. Эта «адаптационная» точка зрения сильно упрощает механизм эволюции фенотипов, поскольку некоторые признаки обусловлены историческими, не адаптивными причинами (Lewontin, 1978).
