Генетика популяций - Хедрик Ф.
ISBN 5-94836-007-5
Скачать (прямая ссылка):
ТАБЛИЦА 9.16. Возможные генотипы и частоты аллелей (в скобках) в двухаллельном, кодоминантном локусе при различных комбинациях мать-ребенок и исключенные отцовские генотипы
Мать Ребенок Исключенный Вероятность
отцовский генотип исключения
V, (л2) А,А,(Р,) А2А2( Р\ ) Р\ Pi
л, А2(р2) АА^р\) Р\Рг
aASp№ АгА2{р\) р\р\
А1 А2 (2РЛ) А) А2(У2) - -
AjAipJ2) лД(л) Р\ Pi
А2А2 (р\) А, А2(р,) А2Аг( Р\) PxPi
Л2А2(р2) А,А, <Р?) Р\Р\
цовства равна 0,875. Но если таких локусов 100 (например в случае однонуклеотидных полиморфизмов), (Wang et al., 1998), то эта вероятность будет равна 9,6 х 10~10.
При относительно малом количестве пригодных для такого анализа двухаллельных локусов вероятность исключения отцовства не очень высока. Одно из разрешений этой проблемы - использование высоковариабельных локусов, например гаплотипов HLA или гипервариабельных ПДРФ-марке-ров и микросателлитной ДНК. Если в локусе п аллелей, тогда:
Pr* = -|ХХл2^2(4-за -з Pi)
(=1 ^ 1*=1 1*1
(Weir, 1996), и если частота каждого аллеля равна 1/и, то:
, 2пъ + п2 - 5п + 3
Рг* =1----------i------•
п
Допустим, имеется 20 локусов с равными частотами аллелей, тогда вероятность исключения отцовства равна 0,898, что выше, чем в предыдущем примере.
Для наглядности рассмотрим пример из таблицы 9.17, где представлены генотипы двух локусов HLA матери, ребенка и двух предполагаемых отцов (Terasaki, 1978). Оба гена HLA-A и HLA-В имеют большое количество аллелей, и гаплотипы, состоящие из этих аллелей можно считать одной единицей, так как вероятность кроссинговера между ними в одном поколении достаточно мала. Очевидно, что гамета матери должна содержать гаплотип Л1-58, а гаплотип гаметы отца - А 11- В12. Предполагаемый отец 1 не образует таких гамет, поэтому он может быть исключен.
ТАБЛИЦА 9.17. Гипотетические двухлокусные HLA-генотипы матери, ребенка и двух предполагаемых отцов
Предполагаемый отец
А1 1 2
517 А26 ВП
Мать АЗ 514 А\\ 512
АЗ BW44 - АП 512
ОС А\ 58
(Ребенок)
Следовательно, при отсутствии других кандидатов отцом является второй индивид. Если же имеются другие кандидаты на отцовство, то этот вывод не может быть окончательным, а вероятность - точной.
На рисунке 9.16 суммированы вероятности отцовства, полученные при анализе гаплотипов HLA-A и HLA-В в 590 случаях спорного отцовства. Полученное распределение вероятностей вполне бимодально: вероятность в одной группе равна 0,0 (отцовство исключено), и вероятность в другой группе варьирует между 0,85 и 1,0. Из всех изученных случаев (Terasaki, 1978), в 25% вероятность отцовства исключена, поскольку равна 0,0 и в 64% вероятность отцовства превышала 0,9. При более детальной идентификации аллелей локуса HLA с использованием других последовательностей ДНК и большого числа локусов HLA, вовлеченных в гаплотипы, вероятность исключения отцовства заметно возрастает. Ш.Л-гаплотипы использовали также для определения других предполагаемых родственных связей, например поиска прародителей (дедушек и бабушек) у потерявшихся аргентинских детей (см. пример 9.8).
Пример 9.8. Как отмечалось, до появления других высоковариабельных маркеров для определения отцовства у человека широко применялись вариабельные //АЛ-гаплотипы. При необходимости применение этого подхода можно расширить и для других родственников. Главным стимулом для такого расширения стала произошедшая за период 1975-1983 годов пропажа, по крайней мере, 9000 аргентинцев. Среди них было много детей, которые были насильно увезены армией или полицией, или родились у находившихся в заключении женщин. Во многих случаях родители этих детей были среди пропавших аргентинцев, большинство из которых оказались убитыми. Многие из таких детей жили в семьях военных, которые называли себя их биологическими родителями, а в действительности похитили их у заключенных в тюрьмы матерей.
15
10
0.0 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1.0
Обоснованная вероятность отцовства
Рисунок 9.16. Вероятность отцовства, вычисленная для 590 случаев спорного отцовства при использовании системы HLA (по Terasaki, 1978).
Если все четверо прародителей живы, а ребенок имеет гаплотип, которого нет ни у одного из них, то прародительство может быть исключено. Но если гаплотипы ребенка представлены также и у прародителей, то можно определить вероятность прародительства (родства). При редкости исследуемых гаплотипов в популяции вероятность прародительства может быть вполне высокой. На рисунке 9.17 представлена родословная юной аргентинки Паолы Эвы Логарес - жертвы похищения, подобранной полицейским и его женой (Diamond, 1987). В этом случае оба предполагаемых родителя умерли или пропали, ЖЛ-гаплотипы ребенка были обнаружены у предполагаемых прародителей. Один ее HLA гаплотип, А2 - В5, был пред-
