Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Хедрик Ф. -> "Генетика популяций " -> 124

Генетика популяций - Хедрик Ф.

Хедрик Ф. Генетика популяций — Техносфера, 2003. — 592 c.
ISBN 5-94836-007-5
Скачать (прямая ссылка): genetikapopulyaciy2003.djvu
Предыдущая << 1 .. 118 119 120 121 122 123 < 124 > 125 126 127 128 129 130 .. 223 >> Следующая

шей оказались самцы, живущие вне стада, а еще 7 детенышей - самцы специфичного стада. Таким образом, у 7 из 14 потомков гены отца (но не гены матери) были получены не из стада, следовательно, оценка внешнего потока генов т= (0,00 + 0,50)/2 = 0,25. Хотя все самки, приносящие потомство от внешних самцов, периодически покидают свое стадо, они проводят вне стада не больше времени, чем самки, которые спариваются внутри стада.
Когда популяция подразделена на дискретные колонии или группы, можно построить матрицу миграций. В популяциях человека для создания такой матрицы обычно учитывают место рождения родителей и их детей. Поскольку записи рождений в некоторых популяциях велись в течение многих поколений, можно, оценить влияние потока генов между населенными пунктами или регионами в течение длительного времени. В большинстве других популяций доступны только кратковременные данные, что затрудняет оценку изменчивости генного потока во времени.
с. F-коэффициенты и другие показатели
дифференцированной популяции
Для оценки степени дифференциации в подразделениях популяции использовались разные способы. Наиболее наглядный подход для оценки генетической изменчивости (вариации) в подразделенных популяциях был предложен Райтом (Wright, 1951, 1965b). При этом используются три разных F-коэффициента (это корреляционные коэффициенты, отличающиеся от F-статистик для анализа вариансы). Такие F-коэффициенты нужны для разделения генетической вариабельности (изменчивости) на разные уровни: общий популяционный (Г), субпопуляционный (.S') и индивидуальный (/). Эти три величины (Fsr FlT и FIS) взаимосвязаны следующим образом:
FН1~ мера генетической дифференциации между субпопуляциями (всегда принимает положительные значения), F и F - меры отклонения от пропорций Харди-Вайнберга внутри субпопуляций и во всей популяции, соответственно (положительные значения обозначают дефицит гетерозигот, а отрицательные - избыток гетерозигот), (Weir, Cockerhan, 1984; Nei, 1986; Neigel, 1997). Общие меры дифференциации пригодны для всех подходов. Развивая эти идеи, Линч и Криз (Lynch, Crease, 1990) показали,
l-F/r=(l-F,r)(l-F/s),
р _ Frr F,s
st
(7.5)
что нуклеотидное разнообразие вида можно разделить на внутри- и меж-популяционные компоненты.
Ней (Nei, 1977, 1987) обнаружил, что эти коэффициенты можно выразить в терминах аллельных частот, и наблюдаемой и ожидаемой генотипической частот. Предположим, что в данном локусе имеется два аллеля, а в популяции - к субпопуляций. Тогда частота генотипа А7А2 в /-той субпопуляции равна:
Q, = 4,2 + ^,я4,(1-4,)>
где F[Sj - индекс фиксации в /-той субпопуляции (стр. 230). Это выражение можно преобразовать следующим образом:
р _ 6,-~g<2
ISi У* V .
4,0-4,)
Тогда индекс фиксации аллеля во всех субпопуляциях равен:
Fis=^Z=, (7.6а)
q-q
где Q = 'LwiQi - взвешенная частота генотипа А7А2 во всей популяции, а q='Lwjq- взвешенная частота аллеля А2 во всей популяции и q2 =Хи^,2. Итак, в каждой субпопуляции w.= 1/ к, если не известно о численности разных субпопуляций. Значимость FJS можно вычислить, исходя из выражения 2.17Ь:
X2=NFfs, (7.6b)
где N - количество индивидов в выборке и одна степень свободы. Частота генотипа А2А2 во всей популяции может быть выражена как
Q =(1 -FIT)q2 +F[Tq .
Это выражение можно преобразовать:
р - Q ~ я (п с. \
Fit —п . (7.6с)
4(1-4)
(Отметьте отличия от выражения 7.6а.) Затем можно определить величину Fsv подставляя F и FIT из выражений 7.6а и 7.6с в выражение 7.5:
f =iizii
4(1-4)
Это выражение согласуется с обычным выражением для FST,
<7Ла>
где V(q) - варианса частоты аллеля А . Из выражения 2.25а, получаем:
X2 = 2NFst, (7.7b)
где 2N - число гамет в выборке с одной степенью свободы.
В таблице 7.4. приведены два числовых примера, иллюстрирующие значение F-коэффициентов. В верхнем примере аллельные частоты в двух субпопуляциях равны, следовательно, нет генетической дифференциации между субпопуляциями. Однако, и FIS, и Fп положительны из-за дефицита гетерозигот в субпопуляции 2. В нижнем примере обе популяции соответствуют равновесию Харди-Вайнберга, таким образом, FIS = 0. Из-за различий частот аллелей между субпопуляциями и F/y и FIT положительны.
ТАБЛИЦА 7.4. Два гипотетических примера для иллюстрации значения F-коэффициен-тов
Субпопуляция А,А, а,а2 АЛ Я
1 0,25 0,5 0,25 0,5
2 0,35 0,3 0,35 0,5
Предыдущая << 1 .. 118 119 120 121 122 123 < 124 > 125 126 127 128 129 130 .. 223 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed