Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Фрайфелдер Д. -> "Физическая биохимия " -> 123

Физическая биохимия - Фрайфелдер Д.

Фрайфелдер Д. Физическая биохимия — М.: Мир, 1980. — 580 c.
Скачать (прямая ссылка): fizicheskayabiohimiya1980.djvu
Предыдущая << 1 .. 117 118 119 120 121 122 < 123 > 124 125 126 127 128 129 .. 218 >> Следующая

1,800 1,700 1,600 1,500
Плоттшопшь, г/см3
РИС. 11-48.
Влияние бромида этидия на плотность ДНК в CsCl.
В части А смесь равных количеств ковалентных колец (/) и незамкнутых колец (2) центрифугировали в CsCl в присутствии различных количеств бромида этидия. Плотность понижается до достижения насыщения, когда разделяются два компонента. Ковалентные кольца связывают меньшее количество бромида этидия и поэтому имеют большую плотность. В части Б показан результат фотометрирования седнментограммы ДНК из штамма Е. coll, содержащего колициногенный фактор, прн центрифугировании в CsCl, содержащем бромид этидия. Заметьте, что здесь имеются отличия от рис. 11-43, где сателлнт-ная ДНК отделяется от ДНК краба, состоящие в том, что ДНК колициногенного фактора (3) и Е. coli (4) имеют одинаковую плотность и разделяются только потому» что ДНК фактора является ковалентным кольцом.
ную долю ДНК, которая соответствует ДНК плазмиды. Эта величина будет минимальной в связи с тем, что при выделении ДНК в некоторых ковалентных кольцах могут происходить одноцепочечные разрывы, что приводит к движению этой ДНК в главной зоне. При выделении зоны плазмиды из градиента молекулы ДНК можно обнаружить под электронным микроскопом и определить их молекулярную массу. Поскольку молекулярная масса хромосомы Е. coli известна, можно затем рассчитать минимальное число молекул плазмидной ДНК на клетку.
/ 3
2
I
Плотность
РИС. 11-49.
Метод, позволяющий различить ковалентный димер и два связанных ковалентных мономера (ковалентный катснан) с помощью центрифугирования в CsCl в присутствии бромида этидия.
Зоны ковалентного димера и катенана находятся в одном положении (Л н В), однако при введении в половину молекул одноцепочечпых разрывов (рентгеновским облучением или ферментативным методом при обработке ДНКазой) ковалентный димер превратится в незамкнутый (расщепленный) кольцевой димер {Б), а ковалентный катенан даст смесь, главным компонентом которой будет одно ковалентное кольцо, связанное с одним незамкнутым кольцом, и, кроме того, в смеси присутствует некоторое количество незамкнутых (расщепленных) колец (Г). 1 — ковалентные кольца; 2 — одно ковалентное кольцо + одно незамкнутое кольцо; 3 — незамкнутые кольца.
Пример 11-Ц. Отличие димеров ДНК от катенанов. Молекулы ДНК иногда при взаимодействии могут образовывать кольцевую структуру, молекулярная масса которой в 2 раза больше, чем мономера. Такая димерная структура может быть истинным кольцевым димером или двумя связанными мономерами (катенаном). В CsCl в присутствии бромида этидия обе эти структуры будут давать совпадающие зоны. Рассмотрим теперь, к чему приведет введение одного одноцепочечного разрыва в каждую из этих структур. Если молекула представляет собой димерное ковалентное кольцо, то в градиенте ее зона претерпит сдвиг до положения, соответствующего расщепленному кольцу (рис. 11-49). В случае
же катенана один одноцепочечный разрыв превратит одну из единиц в незамкнутое кольцо; плотность при этом будет средней между плотностями ковалентного и расщепленного колец, т. е. посередине между двумя положениями зон. Если катенан состоит из двух связанных единиц с различной молекулярной массой, то введение одноцепочечного разрыва даст две промежуточные зоны, соответствующие двум комбинациям ковалентного и незамкнутого колец.
Мэтью Мезельсон и автор этой книги использовали данный метод для того, чтобы показать, что ДНК профага вставляется в бактериальную ДНК. Штамм Е. coli, содержащий кольцевой половой фактор с местом присоединения для фага подвергали лизогенолизу. Половой фактор вместе с присоединенным профагом выделяли и комбинацией центрифугирования в щелочном градиенте сахарозы и в CsCl, содержащем бромид этидия, показали, что он обладает кольцевой структурой большей величины. Однако этот тест не давал возможности сделать выбор между двумя альтернативами, так как лизогенная форма могла представлять собой большее кольцо или катенан, состоящий из связанного полового фактора и кольца К. После введения одноцепочечных разрывов при обработке рентгеновскими лучами кольца получали плотность, совпадающую с плотностью линейной ДНК, причем не было обнаружено зон с промежуточной плотностью. Отсюда был сделан вывод, что лизогенная форма представляет собой непрерывное кольцо.
где dr/dt — скорость движения частицы. Если во время t = t0 граница находится на расстоянии г0, а во время U — на расстоянии Ги то
Приложение
Определение s
Из уравнения (2) следует, что
0)2Г сО2/*
dr
7t
или
siti — tо) = — [In (ГО — In (г0)],
ИЛИ
s = — [наклон графика зависимости In (г) от времени].
Кромка
РИС. 11-50.
Результаты фотометрирования фотографий седиментирующей ДНК фага Т7 Е. coli, полученных с помощью системы измерения ультрафиолетового поглощения через шесть различных периодов центрифугирования (время центрифугирования увеличивается слева направо).
М — мениск, d0-~ расстояние от кромки сравнения до мениска. Обратите внимание, что с течением времени увеличивается расстояние между мениском и границей. Расчет значения г из d0 и гх приведен в тексте
Предыдущая << 1 .. 117 118 119 120 121 122 < 123 > 124 125 126 127 128 129 .. 218 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed