Ферменты 2 - Диксон М.
Скачать (прямая ссылка):
Geis, 1969.)
Один из таких приемов состоит в изображении укладки полипептидной цепи
так, как это сделано для карбонат-дегидра-тазы (рис. 10.11). Указывая,
между какими аминокислотными остатками образуются Н-связи, можно по
крайней мере получить представление о том, какие участки цепи являются
соседними. В то же время такое изображение создает картину, не отражающую
в ряде случаев истинное положение вещей; например, остатки 43 и 44 в
действительности расположены рядом, а остаток 32 находится поблизости от
остатков 106 и 108. Трудно представить себе, что эта же самая структура
изображена на рис. 10.12, на котором остатки аминокислот не показаны, а
а-спираль и p-структура изображены в виде цилиндров и плоских стрелок
соответственно. Этот рисунок дает некоторое представление о плане
молекулы, хотя по нему трудно вообразить истинную укладку а-углеродной
цепи, которая показана в стереоизображении на рис. 10.17.
Другой, достаточно удобный, способ состоит в изображении а-углеродной
цепи на плоскости с помощью линий разной толщины: толстыми линиями
изображают участки цепи, находящиеся на переднем плане, а тонкими -
участки, находящиеся на заднем плане, как это сделано при изображении
молекулы карбоксипептидазы на рис. 10.13. Можно также использовать
760
Глава 10
Рис. 10.17. Карбонат-дегидратаза [2816].
черный и серый цвета разной интенсивности (рис. 10.14 и I 10.15) или
какой-либо другой цвет (рис. 10.16; см. вклейку). I Наиболее четко
трехмерную структуру фермента можно |
представить, изображая укладку а-углеродной цепи с помощью 1
стереодиаграмм, как это показано на рис. 10.17; стереокартину §
можно рассматривать с помощью любого простого доступного I
стереоприбора или даже - при соответствующем навыке - без I
всякого приспособления, правильно фокусируя глаза. Два сте- I
реоизображения могут быть напечатаны в красном и зеленом |
цветах анаглифным методом, и рассматривать их нужно через '
специальные цветные очки. Ряд изображений структур фермен- ;
тов, сделанных этим. методом, приведен в работе [838]. Одна- I
ко, чтобы получить правильное представление о структуре фермента,
желательно пользоваться либо моделью, либо несколькими ее изображениями в
разных ракурсах.
Особенности структуры
В этом разделе мы рассмотрим только те ферменты, которые не обладают
субъединичной структурой; ферменты, молекулы которых состоят из двух или
более субъединиц, будут рассмотрены в разделе "Четвертичная структура".
С помощью рентгеноструктурного анализа было установлено, что по форме
исследованные к настоящему времени молеку-
C'ggioS.
я <•
'О S3 з,
: у м н A ^ ' л*0^5
b S .
5 к ;
rj f< >1^1 J-
? " о СЗ н R g О t< G >,
c"X>>2" egg- ? g
"2cjjsg
t^g^oa(r) о ЛМ s
H-SgsY
sg^fag • " _ 8 c x
Я X A K. ^ Л |^ !.< Я J*) й> ЕГ X Я
t<o й 5 I
1 >> ^ В 1:0
1, о 2 л ^ : _, * в *~ 5 в я , 2ь я 5
! -- S Я __
i
• я О Я (М
fc X 19 i
" - О С. I
rs
., JOi N e; Я C
о О с " S 1 5 ч s
a - E
5 5<
Я S >"
w о X я ^ Si
аз О ^ о н o
a S
J-< н к о : s h о :
а я
S;s
5 O P ЧУ X t; 5 я
я у p
¦о t-
. " • °<M
^ R 55
! У g я s
!°S?S
ia?§o
' H " 5
о U s
U ? 2 3 ; § 2 s . № к i о ~ ^ c\j Л* 5
I С О Ef Я - и -в*
3° А -2 2 Я
bS Й ° " ? g ? & 5 ef
e.i:§
О * ~ X
t- ?r^
*•&* g
<? ? 1
irO Г; ^ J я ^
^ s я _ % v~S<*-
3 Q 7 " z, "а e я -3- w (c) й
< а "
Yg
о о о
? пз •в* Й- я о
§яе.
X
< а -rf '¦ fSN ,
S7 1
1 я а
а°° ~ со я
х a s н н Я В . н <и У cfiS
л Ef ? к и ? -
s о о. U
, Т. о g- ^
(r) вя
с ^ с-'-О л
i g s&g о 5 2,
! с S У I
2 г-SQ * :
3 а oj о 2
К Q
я а к з " S >. з
п |г н
я о S
Ч*о) я а з f- х я
к J • Я я у >>S у с Н 'О в н S
я О <1> <у rf
< с Л
°з
Х е S. & S г: ~
П Я Z2 ^ ЧУ
- и " О с; >,
а><с" я S 2
"Я СХ Я go
a re о о 2? es.
eas я - Я К< Ч О) 4> Я Я Я S Н Я OI
с о" a и \о о ю • ? as
я У р
0> Я * a S-8- у J Ooi Я " а г, и -' X С I
>, я g
я р. С
? S i
О s ?г 0^0 С ^ 'У ЗУ
§^". я CV
ш СУ я ^
• сз я к ; 'о з 2
1 У ' ?
, in Я h
5 * я а
(r) н S г о Я s с " н §¦ с я О о с
6 О '& с
я S СУ я з 2
У О У
s х-е
*5
2 " & S
_• а s ^ Sot-S" 2-я я * s
'Я|-0"0 " " ч ? CS-
1 V Я у •(c)* Я
О ST ef m ?•& ок УУ p. я
5ё5°
§1 fe?
1)
я ^
s ° s g
О ч У л
° - I ^ s
f~ а о о о х X'Qo - >> а о
*ЙЯ S S: с" ^
а йса о) а ^ ч " ' а & ^ 55 о> ? и л ел а
;§*-Sg
У О Я<^ 2 (S^a*
: вй§as
а>,н '
я о " 2 м я ¦? я >..я
.Йяо°
¦~ 1 W т о а i. с. с аса
ет > -
sgS*
^S'g g
с 4)
О
s5"S
2е? gg
о i- о О
о >> а g,
о Н а. с
1".2§
Я с С и
ЗУ WiHi:
Ic'S'Q't
я . о
>~.с> <Si i-Xi - . Я
a; ga
№
?|&с :° о JO " "С ?.
О j-
с?.?й g< ED
г>
I
54 §
ts. й! ¦mt' ^ -S?lt * I : .СЧ 1
S <N S Csi S О D ""; sr, S St. 5
esj а< й> С\| в ** §- в Со =с
§¦' - и? 'Jjjtb' .о-' ^ $St,..л_ Т''е^'
сг>?
- &, щ Ш Is / $ ?Г^
S ""¦ ' IS 'в * *аь 1 Щ .к
1 ' * р ь. -'Щ, °П' Ъ С\|!
ш
Структура ферментов
761
Рис. 10.18. Папаин. Вход в карман, в котором расположен активный цертр,
находится в верхней части молекулы, как изображено на рисунке; в нем
