Генетика бактерий - Девис Р.
Скачать (прямая ссылка):
Rn
К =
(тыс. об/мин)2
¦ротору QSA, ротор JS-13 - ро-
ДНК фага X S = 34 Частицы фага X S = 400 Клетки Е. coli Ss 106
6. Измерение объемов, единицы
157
IV. Единицы
1 мкг= 1у = 10-6 г 1 нг=10-9 г
1 kb=1000 оснований одноцепочечной нуклеиновой кислоты 1 kb =1ООО пар
оснований двухцепочечной нуклеиновой кислоты 1 kb = 6,6 • 105 дальтон
(Да) двухцепочечной ДНК (натриевая соль)
1 kb = 3,3-105 Да одноцепочечной ДНК (натриевая соль)
1 kb = 3,4 -105 Да одноцепочечной РНК (натриевая соль)
1 kb ДНК может кодировать 333 аминокислоты, или примерно молекулу массой
37 ООО Да.
Белок в 10 000 Да = 270 пар оснований ДНК Белок в 30 000 Да = 810 пар
оснований ДНК Белок в 50 000 Да= 1,35 kb ДНК Белок в 100 000 Да = 2,7 kb
ДНК Белок в 200 000 Да = 5,4 kb ДНК 1 мкг/мл нуклеиновой кислоты ==3,0
мкМ фосфата 1 мкг/мл нуклеиновой кислоты длиной в 1 kb = 3 нМ концов 1 OD
двухцепочечной нуклеиновой кислоты=1,0 А2бо= ^ё50мкг/мл
1 OD одноцепочечной нуклеиновой кислоты=1,0 А26о=40 мкг/мл
Приложение 7
Расщепление рестриктирующими эндонуклеазами
I. Методика
1. В полипропиленовую пробирку от микрофуги внесите 18 мкл Н20 (минус
объем раствора ДНК).
2. Добавьте 2 мкл буфера для рестрикции 10Х (с высокой, средней или
низкой концентрацией соли; для подбора буфера см. разд. II).
3. Добавьте необходимое количество ДНК в 10 мМ трис (pH 7,4) и 1 мМ Ыа2-
ЭДТА.
4. Добавьте рестриктазу. Обычно 1 ед. фермента расщепляется 1 мкг ДНК за
15 мин. Хорошо перемешайте.
5. Инкубируйте в течение 30 мин при той температуре, которая указана в
разд. II (см. ниже) (обычно при 37°С).
6. Прогрейте в течение 5 мин при 70°С, чтобы инактивировать рестриктазу и
ферментные примеси, а также чтобы расплавить липкие концы у ДНК фага Я.
II. Свойства рестриктирующих эндонуклеаз
S Число сайтов
ч о О 0) ч в
и о cig я го н и я
Фермент к S =г го го о. >" Последовательность
н X о го о. о У S й § *с Я О. а X PBR322
сг е X о ?
X о s О)
X Н < Я 1Л
Асе! Средняя 37 GT' (??) АС 7 2
Alul > 37 AG'CT >50 16
Asul G'GNCC >30 15
Aval " 37 G'PyCGPuG 8 1
Avail 37 G'G CC >17 8
Avrll Низкая 37 CCTAGG 2 0
Ball "S3 TGG'CCA 15 1
BamHl Средняя 37 + G'GATCC 5 1
Bbvl Низкая 37 GC T)QC >30 21
Bell Средняя 60 + T'GATCA 7 0
Bgl I > 37 GCCNNNN'NGGC 22 3
Bgll I " 37 A'GATCT 5 0
Bpal GT' (a) (?)AC 7 1
В pul 6 2
Bs<EII 60 + G'GTNACC 11 0
Bs<NI Низкая 60 + CC' GG >35 6
Clal AT'CGAT 12 1
Dde I Средняя 37 C'TNAG >50 8
EcoRI Высокая 37 - G'AATTC 5 1
EcoRII " 37 'CC GG >35 6
Еяи4Н1 Низкая 37 GC'NGC >50 42
E/iwDII 37 CG'CG >50 23
Hael " (t)gg'cc(3 - 7
Haell " 37 \ A / V V PuGCGC'Py >30 11
Haelll " 37 GG'CC >50 22
Hgal Средняя 37 GACGCNNNNN' >50 11
CTGCGNNNNNNNNNN'
HgiAl Высокая 37 q(a)qc (I)'c 20 8
Hhal Средняя 37 GCG'C >50 31
HinclI " 37 GTPy'PuAC 34 2
Hindi I " 37 GTPy'PuAC 34 2
Hindi 11 " 37 + A'AGCTT 6 1
Hinfl " 37 G'ANTC >50 10
Hpal Низкая 37 GTT'AAC 11 0
Hpall 37 C'CGG >50 26
Hphl " 37 GGTGANNNNNNNN' >56 12
CCACTNNNNNNN'
Kpnl а 37 - GGTAC'C 2 0
Mbol Высокая 'GATC >50 22
Продолжение
Я ч о о О 4) 5 о Число в сайтов
Фермент К Я ' сг га сз ft В |о Л СЗ f- со я Последовательность
н Я 4> СЗ О, 4) § Ю Q. s PBR322
S Е ь
Н <ЙЮ
Mboll Низкая 37 GAAGANNNNNNNN' >50 11
Mnll CTTCTNNNNNNN'
Высокая 37 ССТС >50 26
Mspl Низкая 37 C'CGG >50 26
Mstl TGCGCA >10 4
Pstl Средняя 30 - CTGCA'G 18 1
Pvul Высокая 37 CGATCG 3 1
Pvull Средняя 37 CAG'CTG 15 1
Rsa I " 37 GT'AC >50 3
Sad Низкая 37 GAGCT'C 2 0
Sad I " 37 CCGC'GG 4 0
Sad 11 Высокая ACGT >10 6
Sail 37 + G'TCGAC 2 1
Sau 3AI Средняя 37 'GATC >50 22
Sa"96I " 37 G'GNCC >30 15
Smal 0) 37 CCC'GGG 3 0
Sstl Низкая 37 GAGCT'C 2 0
Sstll " 37 CCGC'GG 3 0
Sstl II Высокая ACGT >10 6
Taql Низкая 65 + T'CGA >50 7
Thai X 60 + CG'CG >50 23
Xbal Высокая 37 T'CTAGA 1 0
Xhol " 37 - C'TCGAG 1 0
Xmal Низкая 37 C'CCGGG 3 0
Буфер
NaCl
Трис
MgSO,
ДТТ
С низкой концентрацией соли О
Со средней концентрацией соли 50 мМ
С высокой концентрацией соли 100 мМ
(I) 20 мМ КС1
10 MM (pH 7,4) 10 MM 1 мМ
10 MM (PH 7,4) 10 мм 1 mM
50 MM (pH 7,4) 10 MM 0
10 MM (pH 8) 10 MM 1 mM
Приложение 8
Емкость векторов, образуемых на основе фага X
Размер вставки, приводя-Фермент Вектор щей к геному
нормальной
длины, kb
Размер вставки, приводящей к удлинению генома на 5% , кЬ
Мииимвльная вставка, при которой получается жизнеспособный фаг, кЬ
Используемые генетические маркеры
ait
red
EcoRl Xgtl-XB 13,4 15,9 1,1 - - XcI857
Eco RI Xgt4-0 10,0 12,5 0 + + Xcl 857
EcoRl Xgt5-/ac5 15,6 18,0 3,4 - -. Xcl 857
EcoRI Xsep6-/ac52 18,0 20,5 5,8 - - 21cl-
EcoRI Agt7-ara6 14,2 16,6 1,5 - 1 /-< +
?coRI Харон 4 18,8 21,3 6,6 - - Xcl-
EcoRI X607 9,2 11,6 0 - + 434cl+*
Hindi 11 X590 9,2 11,6 0 - + 434cl+*
Hindi 11 X760 14,7 17,1 2Д - - Xcl-
Sail Xgt30-Ec6 16,4 18,9 4,2 - + 21d"
Ssil Xgt40-0 9,7 12,1 0 - - Xcl857
¦Вставка в ген с! фага 434. Поэтому гибриды являются с1~ и образуют
