Химия протеолиза - Антонов В.К.
Скачать (прямая ссылка):
11 ZAsnPhe(N02)-PheApm 0,45 0,84 540
12 ZValPhe (NOg) AlaApm 0,55 0,96 580
13 ZValPhe (N0? )-PheApm 0,31 0,17 1850
14 AcPhe(N02)-PheAlaAlaOMe 5,2 0,85 6100
15 ZLeuValPhe(N02)-AlaApm 4,3 0,59 7300
16 ZAlaAlaPhe(N0?)-PheApm 43,8 1,51 29000
17 ZGlyHisPhe-PheOpp 15,3 0,44 35900
18 ZGlyGlyPhe-PheOpp 71,8 0,42 1 ,8.105
19 ZGlyllePhe-PheOpp 12,6 * 0,07 1 ,8•105
20 ZPheGlyPhe-PheOpp 24,6 0,11 2,25 -105
21 ZGlyLeuPhe-PheOpp 134 0,03 4.46.105
22 ZALaGlyPhe-PheOpp 145 0,25 5.8.05
23 ZPheGlyGlyPhe-PheOpp 127 0,13 9.76.105
24 ZGlyAlaPhe-PheOpp 409 0,11 3,7-106
25 ZAlaAlaPhe-PheOpp 282 0,04 7,05*106
*Арш - NH(CH2)3N^_0; Opp - o<CH2)3\C J/i место расщепления
_/ показано дефисом,
В то же время изменение длины пептидов - субстратов химотрипсина - приводит к изменениям как й t, так и Кт в пределах двух порядков (табл.40).
Не только длина пептида, но и характер остатков, удаленных от расщепляемой связи, играют важную роль в ферментативном их расщеплении. Сравнение пептидов 18, 24 и 25 в табл.39 показывает, что замена глицина на аланин в положении Рг приводит к увеличению &cat/Km более, чем на порядок. В то же время аналогичная замена в положении Р3 увеличивает эту константу только в два раза. В случае субстратов химотрипсина характер отщепляемого остатка аминокислоты резко.меняет субстратные свойства дипептидов - введение в аланина вместо глицина увеличивает *cat/^m в 20 раз, замена же на валин почти не изменяет константу скорости; введение пролина приводит к потере субстратных свойств (й{ 75 мм) [1826].
Вторичная специфичность не обязятельно монотонно затухает с удалением от расщепляемой связи. У сериновых протеаз - трипсина и химотрипсина - сущест-
Таблица 40. Кинетические параметры гидролиза пептидов а-химотрипсином [1825,1841 ,1858]
j)( • к +, с-1 К , шМ к /К •.0 3,
Субстрат oat m cat ш
М-1с-1
AcPhe-NH2 0,22 21 0,01
AcPheGlyNH2 0,14 14,6 0,0096
AcPhe-AlaNH2 2,8 15,0 0,186
AcProPhe-NHg 0,7 24 0,029
AcAlaProPhe-NHg 2,3 2,2 1,04
AcProAlaPhe-NHg 0,44 18 0,024
AcAlaPhe-GlyNH2 0,355 23,2 0,015
AcProPhe-GlyNHg 0,705 14,9 0,051
ZGlyProPhe-NHg 0,096 2,4 0,04
ZGlyProPhe-GlyNf^ 0,08 2,0 0,04
ZGlyProPhe-LeuNH,, 0,225 1,5 0,15
ZGlyProPhe---LeuAla 0,35 0,5 0,7
ZGlyProPhe-GlyGly 0,26 1,3 0,2
ZGlyProPhe-GlyLeu 0,68 0,4 1,7
AcProAlaProPhe-NH2 2,8 3,4 0,82
AcProAlaProPhe-AlaNHg 18,7 1.6 11 ,7
AcProAlaProPhe-GlyNH2 11 ,0 4,6 2,39
AcProAlaProPhe-AlaAlaNHg 36,6 0,83 44
AcProAlaProPhe-AlaAiaAlaHH2 37 0,82 45
AcProAlaProPhe-PheMHg 8,0 0,21 38,1
’Место расщепления показано дэфисом.
венное значение имеют взаимодействия P„-S_ и Pc-Sc, тогда как взаимодейст-
о о Ь э
вия в "четных" подцентрах мало влияют на скорость гидролиза И 908]. На примере эластазы было показано [18441, что взаимодействия P3~S3 проявляются при ацилировании фермента субстратом. В случае зтого фермента первичная специфичность зависит от длины субстрата.
По-видимому, общим является то обстоятельство, что вторичная специфичность в данном локусе зависит от характера взаимодействий в другом (или других) локусах (см., напримет, табл.41).
jjj
Таблица 41. Отношение &cat/^m в субстратах типа Z-X-A-ArgpNA
А Х1 ч (Й ./К )_. :(Й /К )_
cat m Х.| cat m Х^
Тромбин Фактор Ха Фактор XIа Фактор XI1а С-белок
Gly Phe Gly 1.87 1.89 2.7 0.26 3,44
Phe Phe Gly 9.2 0.14 0,5 0,82 0,46
*По данны м [18( >8].
Отмечена также зависимость скорости гидролиза от состояния ионизации удаленной от гидролизуемой связи группы. Так, замена в брадикинине С-концевой карбоксильной группы на карбоксамидную счижрет скорость гидролиза Phe5--Se^e связи в 2,5 раза, но не влияет на расщепление связи Pro7-Phe8 эндоолигопептидазой В [1895]. Интересный пример роли конформационного состояния субстрата на его чувствительнс сть к гидролизу дипептидил-карбоксипептидазой приведен в работе [1901]. Замена остатка глицина в положении Pj соединения:
