Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Антонов В.К. -> "Химия протеолиза " -> 148

Химия протеолиза - Антонов В.К.

Антонов В.К. Химия протеолиза — М.: Наука, 1991. — 504 c.
Скачать (прямая ссылка): himiyaprotezana1991.djvu
Предыдущая << 1 .. 142 143 144 145 146 147 < 148 > 149 150 151 152 153 154 .. 278 >> Следующая

00 d. tc 3085]
ValTrp [3086]
Ph (СН ) СН(СООН)ValNHCH(СООН)СН Тгр 1 ,9 0,171 [3087]
E-CH2C0N(OH)LeuOMe 2,3 0,17 [2695]
HSCH2CH(CH2Ph)COGlyOH (S) 1 ,7 0,183 [2629]
HSCH2CH(CH2Ph)HHC0CH2C00H (Д) 1,7 0,187 [2629]
(Н0)2Р(02)ИНЪеиИН2 1,6 0,179 [2893]
ZGlyPLeuLeuOH 1,6 0,177 [2728]
ZPhePLeuAlaOH 1,7 0,17 [2728]
Сосфоамидон 2,3 [3085]
Разре-
шение,
Литера-
турный
источник
D-Ala-D-Ala
пептидаза
Цефалоспорин С
2,3
0,106
[3088]
Ind. - индолил; SLPI секреторный лейкоцитарный ингибитор протеаз; BPTI - основной панкреатический трипсиновый ингибитор; 0МТ-3 - третий домен овомукоида индейки;
SBTI - соевый трипсиновый ингибитор; PSTI - панкреатический се1феторный трипсиновый ингибитор; АРРА - п-амидинсфенилпиро-виноградная кислота; CI2 - химотрипсиновый ингибитор 2 из зерен ячменя; SSI - субтилизиновый ингибитор из Streptomycee;
Е-64 и Е-б4с - см. разд.5.9-6; Sta - статин; Lysta - 4,8-диамино-
3-оксиоктановая кислота; PCI - ингибитор карбоксипептидазы картофеля; GlyP и PheP - фосфорные аналоги Gly и Phe (NHCH Р0?).
В этом разделе мы остановимся на некоторых общих вопросах структуры комплексов амидгидролаз, а затем подробно рассмотрим отдельные примеры, касающиеся структуры комплексов представителей четырех групп рассматриваемых ферментов.
6.5.1. Конформация субстрата в активном центре
Необходимым условием образования стабильного комплекса фермента и лиганда является комплементарность взаимодействующих участков реагирующих молекул. Комплементарностъ можно определить [30891 как наличие в таких участках вза-
Рис.94. Участок Ван-дер-ваальсо-вой оболочки" [3089] молекулы а-химотрипсина
имно дополнительной Ван-дер-ва-альсовой оболочки (рис.94), так что наружные части одной молекулы совпадают с внутренними частями другой.
У конформационно-жестких лигандов тип Ван-дер-ваальсовой оболочки фиксирован, однако для большинства субстратов амидгидролаз как конформация, так и, следовательно, вид оболочки могут в опредзленных пределах изменяться.
Возникает вопрос: на< колько ооответвует конформация субстратов амидгидролаз в растворе и' в активных центрах ферментов?
Пределы конформационной подвижности пептидов относительно невелики - они возможны в рамках энергетически разрешенных областей, показанных на картах Рамачандрана (см. разд.1.4.2). Конформационные изменения в активных цент-
рах амидгидролаз при связывании субстратов также обычно невелики и носят локальный характер. Поэтому следует оэггдать, что конформационные изменения субстрата при связывании ферментом не должны быть значительными.
Сходство конформадиИ. производных Ы-ацетил-^-фечилзлгшйна в растворе и в ‘ктивном центре химотрипсина было постулировано [20293 на основе сравнения кинетики гидролиза субстратов этого фермента, имеющих ограниченную конфор-мационную подвижность (см. рис.66). Аналогичный' подход был использован [3090] для доказательства вытянутей конформации боковой цепи остатка Lys в комплексах с трипсином.
Этот вывод нашел подтверждение в исследованиях [зо?1] ШЕ*к#мплексов ацетил- и трифторацетилтриптофана с химотрипсином, резонансных Раман-спект-ров тиоацилпапаина и других цистеиновых протеиназ [3092,3093], а также в расчетах конформации субстратов методом атом -атомных потенциалов [3024, 3094]. Наконец, результаты кристаллографического анализа к&лыексов химотрипсина с субстратоподобными ингибиторами окончательно подтвердили этот вывод (табл.70). Наблюдаемые отличия в конформация-основной цепи субстрата иногда бывают связаны с особенностями кристалзмеикой упаковки белка. Так, в кристаллах комплекса химотрипсина с формилтриптофаном ориентации лиганда, по-видимому, несколько искажена из-за препятствий, создаваема второй молекулой фермента, контактирующей с субстратсвязывающим участком [1329].
Таблица 70. Конформация ссноеной цепиiнекоторых аналогов субстратов в активных центрах амидгидролаз
Фермент Лиганд* Угол Двугранный угол в Литера-^
положении турный
рг Р1 Р2 источник
Трипсин BPTI Ф -*¦ I -120 -94 -112 [3044]
Ф VJ! 49 170 79
SBTI Ф - -135 ОМГ> - [3046]
Ф -115 со со
I
Химотрипсин For-i-TrpOH Ф -86 1 - --- 11329,
Ф 3 3059]
Предыдущая << 1 .. 142 143 144 145 146 147 < 148 > 149 150 151 152 153 154 .. 278 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed