Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Антонов В.К. -> "Химия протеолиза " -> 146

Химия протеолиза - Антонов В.К.

Антонов В.К. Химия протеолиза — М.: Наука, 1991. — 504 c.
Скачать (прямая ссылка): himiyaprotezana1991.djvu
Предыдущая << 1 .. 140 141 142 143 144 145 < 146 > 147 148 149 150 151 152 .. 278 >> Следующая

Рис.93. Зависимость конформационной энергии боковой цепи Ser195 в а-химотрипсине
от угла вращения вокруг связи С -С (у] „ )
[3024] “ р 19Ь
Ц ккал/моль
-26 --30 -
-зн -
-120 -90 -60 -30 0 30 ВО 90 120° Хт
ниже, чем энергии других конформаций.
Вообще, поскольку яенформации аминокислот в белках совпадают с конформациями изолированных остатков, введение относительно небольшого лиганда вряд ли может внести существенные изменения.
Йвучение сгек^ов КД комплексов показывает, что обычно связывание лиганда изменяет эллиптичность в области поглощения ароматических фрагментов, но не затрагивает области поглощения пептидных групп (см., например: [3025-30271). Исключение могут составлять некоторые pH-зависимые конформационные переходы. Так, лиганды (индол, ацетилтрютоф&ламид) могут смещать равновесие между активной и неактивной конформациями химотрипсина, существующее при рН>8, в сторону активной формы. Это сопровождается изменением как дисперсии оптического вращения белка, так и изменением рК& группы 11е16, что приводит к поглощению протонов из среды [2307,3028]. Кинетика таких переходов подробно описана в работе [3029]. Сходные субстратиндуцируемые изменения наблюдались в бром? лагае [2309].
Кристаллографические исследования комплексов амидгидролаз с субстратоподобными соединениями позволили иде инфицировать ряд конформационных изменений, характер которых будет подробно рассмотрен в следующем разделе.
Эффективным способом регистрации конформационных изменений является введение "репортерных" меток. В качестве таких меток могут служить хромофорные группы [3030], спиновые метки [3031], флуоресцентные метки [3032] и т.п. Хорошим примером использования этого подхода служит исследование карбоксипептидазы А, модифицированной азосочетанием по остатку Туг248 с диазоарса-ниловой кислотой [1964 и цит. в ней лит.]:
Арсаьллазогтэугтп координирована в молекуле карбоксипептидазы А с ионом Zn2+, что приводи"1 к появлению интенсивней полосы при 510 нм и соответствующей полосы в-спектрах кругового Дцфоизма. Связывание субстратов, конкурентных ингибиторов фермента, и некоторых других соединений приводит к исчезновению этой полосы вследствие конформационных изменений, нарушающих связь азогруппы с металлом. Эти исследования выявили наличие нескольких участков связывания тигандов в активном центре карбоксипептидазы. Замена в карбокоипептидазе А иона Zn2+ на Со2+ позволяет использовать изменение, происходящее в ферменте при связывании лигандов методом магнитного кругового дихроизма [-30331. Комплексы арсанилазо ',Туг248)-карбоксипептидазы А были исследованы также методом Раман-резонансной спектроскопии [3034,30351.
Следует отметить, что в комплексах ферментов с лигандами часто сохраняется B03J ожчость свободного вращения и перемещения групп лиганда (например: [3036I). Возможно, что поле белка, как это отмечено для кристаллического поля [30371, может (цаже способствовать саобо щому вращению.
-NH-CH-00-
6.5. Структура комплексов
Наиболее полную информацию о структуре комплексов ферментов с субстратами дают кристаллографические исследования. Имеется данные о структуре довольно большого числа комплексов амидгидролаз с субстратоподобными соединениями, "квазисубстратами" и ингибиторами, т.е. веществами, практически не подвергающимися химическому превращению в условиях кристаллографического эксперимента. Кроме того, известна структура ряда производных амидгидролаз, имитирующих различные стадии ферментативного катализа (табл.69).
Следует подчеркнуть, что выводы о- структуре комплексов ферментов с истинными субстратами, делаемые на основе этих данных, следует воспринимать с известной осторожностью.
Таблица 69. Рентгеноструктурный анализ комплексов и производных амидгидролаз
Фермент Лиганд или производное* Разре R-фактор Литера
шение-, турный
о источник
A
а-Химотрипсин For-i-TrpOH 2,0 _. [1329]
n---CH3CfHAS02-E 2,0 - [1221 ]
Ind-CH=CHCO-E 2.5 - [1328]
n-EC Н,(ОН-о)СН=СНСО-Е 1 ,9 0,203 [ЗС'38]
О о
СН2=СНСН=С(CH2Ph)СО-Е 1,9 0,195 [2700]
С6Н5СН2СН2В(0Н)2 1 ,8 0,2 [3039]
SLPI 2,3 0,19 [3040]
BPTI (модель) 2,0 - [3041 ]
омт-з 1 ,B 0,'.68 [3042]
Трипсин Бензамидин 1 .9 0,23 [1233]
BPTI 1 ,9 [3043,
Предыдущая << 1 .. 140 141 142 143 144 145 < 146 > 147 148 149 150 151 152 .. 278 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed