Химия протеолиза - Антонов В.К.
Скачать (прямая ссылка):
Субтилизин SSI 3,1 -10б - [2975]
BPN'
Папаин ZLyspNA 2,7 >10б 0,27-103 [2522]
Пепсин DnsPhePheOpp >1 -10б - [2976]
Пепстатин 7-105 - [2977]
Термолизин Фосфоамидон -3** - [2978]
1*5-10
*РА - фуроилакрилоил; ONp - n-нитрофениловый эфир; BPTI - бычий
панкреатический трипсиновый ингибитор; LBTI - трипсиновый
ингибитор из лимских бобов; SSI - белковый ингибитор
субтилизина; Орр - 4-пщэидиноцропиловый эфир; SBTI - соевый
трипсиновый ингибитор; pNA - n-нитроанилид; OTI - овомукоид
куриных яиц.
**Константа скорости инактивации фермента псевдопервого
порядка (с ), оценка из графика [2978].
рестройками как белка, так и лиганда. Осуществление всех этих процессе режиме дийфузионно-контролируемой реакции представляется маловероятным.
Как отмечалось в предыдущем разделе, уже в случае двухстадийной сз комплексообразования наблюдаемая скорость может быть ниже, чем скорс контролируемых диффузией процессов.
Действительно, в случае процесса
к.
"2
ЕЬ
(10)
-1
'-2
константа скорости образования комплекса EL* в условиях [E]q«[S1o дается уравнением:
Если распадом комплекса EL* можно пренебречь, то при низких концентрациях лиганда (ft1/fe_ [S3o<1) наблюдаемая константа скорости второго порядка образования этого комплекса будет:
Таким образом, если даже первая стадия проходит с диффузионно-контролируемой скоростью (fe =1-109 с*1), а величина Кв лежит в области 1.10-3 М, наблюдаемые константы скорости второго порядка, равные в большинстве случаев 1.10б-1.107 М-1с-1 (см. табл.67), могут быть следствием того, что вторая стадия (fe?) проходит с константой скорости около 103-1О4 с-1. Эти величины существенно ниже, чем скорости десольватации модельных соединений (108—1011 с-1 [2980,29811), но лежат в области типичной для констант скоростей кон-формационных изменений [1735,29791. Если fe^Sl /1г »1, то ft=fe?+fe_? и наблю-
даемая константа скорости может соответствовать fe? (если fe_?«fe?) или 1г_?.
К сожалению, имеется мало данных о величинах й? и 1г_? для типичных суб -стратов амидгидролаз (табл.68). В большинстве случаев такие исследования проводились с плохими субстратами или ингибиторами. Кроме данных, приведенных в табл.68, имеются качественные результаты, свидетельствующие о стадийности образования комплексов с амидгидролазами [2972,2976,2992-29971 и данные для ферментов других классов и неферментных белков (см., например: [2998-30031).
Структурные различия комплексов EL и EL* в большинстве случаев остаются неясными. Так, при взаимодействии субтилизина с арилборными кислотами имеются обоснованные данные [28641 о том, что первый комплекс является сорбционным, тогда как второй - продукт солеобразования борнокислого остатка и гидроксильной группы серина активного центра:
Е-ОН + PhB(0H)? E-0H-PhB(0H)? [E-0B(DH)?Phl-Н4.
Во многих случаях регистрируются конформационные изменения фермента (например, с арсанилазотирозинкарбоксипептидазой А), ступенчатое вытеснение красителя (пепсин-пепстатин) или изменение флуоресценции субстрата (папаин, трипсин).
fe =
+ к
1
1 + ------ [S1
к ,
О
Таблица 68. Константы скорости стадий образования и распада комплекса Eli* (схема 10)
Фермент ‘ Лиганд* Условия: v -1 Литера
t°С (pH) с-1 с турный
источник
Химо FATrpNIig 15(6,7) 1 ,5** 30 [2982]
трипсин Dns-Z>-TrpOEt - 19 9 [2983]
Профлатж.: (8,4) 500 7000 [2984]
Трипсин DnsArgOMe 21 (7,1 ) «3 0,6 [2985]
Лейпептин -¦ 166 0,0017 [2986]
STI 1580 750 [29871
Субтили- PhB(0H)2 15(6,5) 2420 262 [2864]
зин BPN' ж-ю2с6н5в(он)2 15(6,5) 332 24,6 [2864]
SSI 25(7) 774 - [2975]
Папаин MnsGlyValGlu- 25(6,5) 4000 15 [1820]
-LeuGly
MnB(G1y )gVal- 25(6,5) 2000 15 [1820]
-GluleuGly
ZLyspNA ---30(---) 0,91 1 -10-5 [2522]
60% Me2S0
Пепсин Пепстатин 25(5) 600 «0 [2977]
Фактор CT---ингибитор - 3,5-10-4 - [2988]
