Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Александров А.А. -> "Компьютерный анализ генетических текстов" -> 52

Компьютерный анализ генетических текстов - Александров А.А.

Александров А.А., Александров Н.Н., Бородовский М.Ю. Компьютерный анализ генетических текстов — М.:Наука , 1990. — 267 c.
ISBN 5-02-004691-4
Скачать (прямая ссылка): komputerniyanalizgeneticheskihtextov1990.djv
Предыдущая << 1 .. 46 47 48 49 50 51 < 52 > 53 54 55 56 57 58 .. 119 >> Следующая

инвертируемые повторы, только что синтезированный освободившийся от полимеразы участок РЖ собирается в стабильную шпильку и при этом оставшийся кусок РНК как бы выдергивается из-под фермента. Наличке поли-U облегчает высвобождение РНК из транскрипционной машины благодаря слабому комплементарному взаимодействию.
Известен также механизм терминации с участием белкового ро-фактс-ра. Здесь нет уже ярко выраженных признаков вторичной структуры, а методы распознавания ро-зависимых терминаторов развиты слабее и менее эффективны.
Выборка прокариотических терминаторов на 1986 г. состояла из 4S независимых, 52 предположительно независимых и 20 ро-зависимых терминаторов (Brendel et al.,1986).
Сайты сплайсинга. Сплайсинг - это основной этап в созревании эукариотической мРНК, в результате которого вырезаются некодирующие куски молекулы РНК, называемые интронами, а оставшиеся кодирующие фрагменты (экзоны) объединяются в одну непрерывную молекулу мРНК. Поражает необыкновенная точность сплайсинга: вырезание происходит в строго определенном месте, не допустима ошибка даже на один нуклеотид. Принято считать, что в сплайсинге участвуют некоторые белки и малые ядерные РЖ; однако показано, что сплайсинг может осуществляться и без участия внешних агентов (автосплайсинг) (Kruger et al.,1982).
Сайты инициации трансляции. RBS-сайты (ribosome binding sites' ответственны за прикрепление рибосом к молекулам мРЖ в процессе инициации трансляции. От эффективности связывания рибосом во многом зависит экспрессия синтезируемого белка. Поэтому изучению этих сай-
тов было посвящено немало работ, а выборки rbs-сайтов содержат около 200 последовательностей (Stormo et al., 1982а).
В прокариотах участки мРНК, с которыми осуществляется связывание рибосом, содержат, как правило, последовательность, частично компле-иентарную 3'-концевому участку рибосомной 16S РЖ и называемую последовательностью Шайна - Дальгарно (Shine, Dalgarno, 1974). Наиболее консервативным фрагментом этого участка является кластер пуринов AGGAGG.
После связывания с молекулой РЖ рибосома должна найти инициирующий кодон. Обычно он располагается в 3-10 нуклеотидах от последовательности Шайна - Дальгарно и в подавляющем большинстве является AUG, гораздо реже GUG и еще реже UUG триплетом.
По-видимому, большую роль в инициации трансляции играет вторичная структура мРЖ. Похоже, что функциональные области (последовательность Шайна - Дальгарно и инициирующий кодон) предпочтительно находятся в свободном, неструктурированном состоянии (Ganoza, et al., 1987).
Другие сигналы. Список всех известых функциональных сигналов составляет на сегоднешний день более 200 наименований (Nussinov, 1986b). В этой же работе был проведен их статистический анализ, кор-ректость которого вызывает сомнение и прежде всего из-за разнородности выборки. Впрочем, можно считать, что все эти последовательности выполняют функцию связывания с белками и что такой анализ позволит выявить некоторые закономерности, отличающие подобные сайты от других участков ДНК.
Важными сигналами являются места начала репликации (ori-сайты), сайты интеграции транспозонов, фагов и вирусов, места атаки топоизо-мераз, "горячие" точки мутагенеза, а также многочисленные сайты связывания с разными белками.
В принципе, многие методы, применяемые для распознавания сигналов на нуклеотидных последовательностях, могут быть использованы и для распознавания сигнальных последовательностей в белках. Примерами сигналов в белках являются места процессинга, антигенные детерминанты, секреторные пептиды.
4.2. СТРАТЕГИЯ РАСПОЗНАВАНИЯ
Постановка задачи. Приведенные выше и многие другие функциональные сигналы имеют между собой общее свойство: во всех сигналах определяющую роль играет нуклеиново-белковое взаимодействие, узнавание ДЖ или РЖ отдельными белками и более сложными "ферментативными машинами". Нуклеиново-белковое узнавание может изучаться с разной степенью детальности. В последнее.время появляются данные о молекулярных структурах нуклеиново-бел:.овых комплексов, и пер-
спективность моделирования функционирования ДНК на молекулярном уровне не вызывает сомнения. Однако для большинства функциональных сигналов такое моделирование невозможно: слишком сложно устроены
ферментативные машины, к тому же во многих случаях неизвестны не только последовательности белков, взаимодействующих с ДНК, но и сами белки не идентифицированы. Поэтому выявлять общие черты последовательностей, несущих функциональный сигнал, приходится на уровне представления о нуклеиновой кислоте как о тексте, состоящем из букв - нуклеотидов (генетическом тексте). В результате изучения функциональных сигналов складывается такое впечатление, что обычно для выявления наиболее характерных для функционального сигнала черт оказывается достаточно рассматривать нуклеиновую кислоту как последовательность букв нуклеотидного алфавита.
Основной целью изучения функциональных сигналов является построение некоторого решающего правила, выделяющего сигналы на новой последовательности. Для этого необходимо придумать алгоритм, на входе которого будет нуклеотидная последовательность, а на выходе - ее свойства, и реализовать его в программе для ЭВМ. Программа может выдавать, к примеру, число 1, если предъявлен функциональный сигнал, к
Предыдущая << 1 .. 46 47 48 49 50 51 < 52 > 53 54 55 56 57 58 .. 119 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed